20世纪下半叶以来，区域治理在国际关系研究中有了明显的独立性，它既是各种国际关系变量发挥作用的实验场，也是学术界尝试解析全球治理的分析层次。基于上述概念界定与系统分析，本文尝试把区域连结、区域建制和区域大国三个变量提取出来（如下图所示），作为区域治理的基本变量进行论述。
（一）区域治理的变量
首先是区域连结（regional connectivity）。这一概念最早出现在东盟2010年的报告中，后在国际文本中得到广泛使用。区域连结首先是物理性的连结，其次是一种社群网络的连结。在区域体系中，由技术革命带来的物质性、社会性联系越来越强，影响了不同单位之间的组合分化、权力分配与制度建构。这种相互联系是复杂和不确定的，但通过学科工具和计量方法，这种连结能力可以通过相关指数和参数设置来体现。区域治理进程中主客体间的互动程度，以及制度对区域权力结构的嵌入程度都可以由此得到反馈。
作为区域治理中的常规变量，区域连结可以通过一套公共政策参数和指标体系来追踪治理进程、检验治理成效。如《东盟互联互通总体规划2025》(MPAC2025)已计划通过提升可持续的基础设施、数字革新、无缝物流、优化流程和人员流动等五个方面来增进东盟物理性的、机制上的和人际间的区域连结。
其次是区域建制（regional institutionalization）。区域建制是指区域组织的编制、系统和机构设置。区域建制通常始于区域国家“政府间主义”的合作，经过了一个“区域主义”由观念到实践、区域组织由构想到实体的过程。二战结束以来，随着殖民体系的瓦解，区域的本体属性在国际关系中开始增强，区域组织通过区域性的制度建设，成为具备国际法人资格的行为体。
区域建制通常包括秘书处、委员会、议会、法院等区域性的治理机构。秘书处是区域组织运转的协调机构，委员会负责决策和执行，区域议会和区域法院是区域组织的立法和司法机关，是区域建制化发展到较高阶段的产物。不同的区域组织建制化程度不同，如《里斯本条约》生效后，欧盟的建制程度和制宪水平都达到新高，而其他区域组织的建制依然比较松散。但是，根据相关研究，进入21世纪，国际社会中至少有20个区域组织已经具备了国际法资格、秘书处、委员会和议会等最基本的区域建制。
再次是区域大国（regional power）。大国是国际关系中最主要的行为体，它可能会退出全球机制，但却一直是区域权力结构中的关键变量。与在全球体系中一样，大国在区域中也处于权力的顶端，如美国在北美的单极地位。在没有系统突变（如环境因素或域外力量）的情况下，大国主导的权力结构依然是强有力的，对区域治理进程有决定作用。
作为区域治理的关键变量，区域大国是一种在国家组群长期互动中可以保持自身稳定并决定区域走势的力量。区域大国在区域治理中的角色通常体现在两个方面：一方面，区域大国在区域中拥有单边和多边的地理和资源优势，能保证区域治理的领导力，培育稳定的域内合作机制。另一方面，区域大国具备在全球多边权力机构和域外机构中的协调和代议能力。大国兴衰的历史经验表明，大国把权力嵌入到区域建制中才能巩固其领导权，传统的结盟策略在区域治理中已很难奏效。
综上所述，区域连结、区域建制和区域大国是区域治理的重要变量，区域连结是监测和评估区域治理的依据，建制化程度代表区域治理的水平，区域大国的霸权属性是区域治理中的关键因素。区域连结和区域大国在区域治理中是相互独立的变量（如上图中所示），区域治理中的权力分配和利益关系通过区域建制来体现。
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区域连结、区域建制和区域大国三个变量在区域治理中的共存与互动，形成了区域治理的运作机制。机制即广义上的制度，是确定游戏规则的、被认可的实践模式。区域社会发展的不同阶段，以及不同类别的公共事务都有正式或非正式的制度安排与之相适应，相关的运行机制也与不同区域的地理、历史与文化相契合。区域治理的机制是多样的，其中最重要的是协调、管理和监测机制。
首先是区域协调机制。区域协调是一种以区域为单元的多边对话机制，主要是通过现行区域建制，凝聚区域共识，保持区域连结，推进区域治理。区域协调通常发生在接触频繁的邻国之间，主要通过缔结条约、发表声明等形式来保证协调的有效性。区域协调包括对内协调和对外协调。区域内协调通常发生在区域建制化程度较低的阶段和长期保持协调但却缺乏善治的地区。区域外或区域间协调机制是以建制化程度较高的区域组织为主导的双边或多边协调。例如，以欧盟为主导的区域间双边协调机制欧亚峰会、欧拉峰会、欧非峰会等。以区域为建制的双边或多边协调既是区域治理能力的体现，同时也在塑造区域身份。如前所述，区域大国通常是区域协调中的关键角色，在它们所处的地区决定着地区安全关系的模式，以及地区安全动力与大国动力之间的全球层面互动的方式。
区域协调一般是通过会议制度（congress system）就相关事项进行对话、磋商与谈判。现行国际社会中的区域协调基本上都是以平等相处、睦邻友好、不诉诸武力或以武力相威胁为原则。秘书处是区域协调的中枢机构，通常通过议程设置对相关事项进行协调和应对，秘书处还通过成立“专门委员会”、“区域名人小组”等来推动区域协调。
区域协调的实质是区域内的关系治理，通过维系区域连结来推动区域内的社会化。据统计，区域组织因国家间冲突而推迟或取消区域首脑峰会的情况进入21世纪以来大为减少，区域协调逐渐成为国际社会的普遍共识，也是区域治理中最基本的运行机制。
其次是区域管理机制。区域管理的职能通过区域权威机构得以实现，如前所述的委员会、议会和法院等是建制化程度较高的权威机构。部长会议对首脑会议负责，是共同体最重要的执行机构。根据区域建制化程度的高低，区域管理通常是如下两种机制的结合。一是政府间主义的联席机制。政府间主义既承认建制化在国际政治中的重要性，也承认不同政府的政治偏好。政府间联席机制使不同国家的同类职能部门得以对接，有利于区域公共事务的协作，现行的区域组织内部基本上都建立了政府首脑会议、部长会议、技术和专门委员会等为主体的常规化联席机制。二是联邦主义的宪法机制。区域组织在国际法上已经具备了独立的法律人格，根据缔约协议，区域组织具备直接承担国际权利和义务的法人资格。区域治理的公共机构,如理事会、议会和法院在区域治理的实践中产生，并依据宪法原则行使类似于一国之内的行政、立法和司法权力。不同的区域还会根据各自需要成立相应的机构负责金融货币、安全防务等专门事务。所有机构的运转费用由区域组织的成员国以会费的方式分摊，这些机构在法律上和实际上是区域治理的委托代理机关，行使区域性的行政、立法和监督等权力。
区域建制体现了不同国家在其中的权力分配和制度安排，是区域治理的建制化机构。当区域治理进入高级阶段，其运行机制通常会在政府间主义和联邦主义之间徘徊，一方面，联邦主义的宪法机制是区域建制化的内在要求；另一方面，政府间主义通常是协调不同利益的现实选择。从长远看，联邦主义的宪法机制是区域治理的制度保障，“即使少数服从多数的制度安排业已形成，非多数主义机构（non-majoritarian institutions）在后国家背景下的作用也会得到强调”。
最后是区域监测机制。区域监测是跨学科的区域知识在区域公共事务中生产、应用和反馈的机制。通过数据统计和参数设置，区域监测机制可用于追踪治理进程，以总结、纠偏并提供咨询。监测过程的目的是产生一套可靠的数据，然后由不同的利益相关者使用，互动或参与区域治理项目。当前的区域治理专业化要求越来越高，跨境族群分布、环境和生态评估、地理信息和空间资料等都可以进行高维数据分析（high-dimensional data analysis）。随着数字技术的发展，区域治理中历史数据和典型案例的收集、统计和分析越来越便捷，通过提取变量，设定参数，创建数据模块，可以为区域治理设计科学的监测模型和评估体系。成功的区域监测结果有助于巩固区域治理，促进区域间的相互作用，这对于域内欠发达的小国来说尤为重要。
区域治理的监测通常来自国际组织、政府或非政府的相关组织，区域组织通常都有专设的机构。在所有的区域组织中，欧盟有最发达的监测机制。欧盟统计局（EUROSTAT）负责欧盟数据库的采集和管理，分门别类的专家委员会对区域相关指标进行监测、评估和分析，形成评估报告，通常会体现在欧盟年度报告里。当然，区域治理的评估从指标设计到具体操作以及结果的使用，都是一个相当复杂的过程，区域监测面临着“指标可用性、监测任务专业化和监测机构的管理能力”等挑战。
总体而言，区域治理机制是多样的，是不同区域变量在治理体系中的多样组合与不同运作，协调、管理和监测都是治理方式，协调是柔性的管理，管理是协调的制度化，协调和管理是治理的主要内容，监测使其更加科学。三种机制之间并没有清晰的界限，三种机制的相互联系构成了一个动态的区域治理体系。其中，区域建制里孕育着区域规范，通过区域连结和区域大国进行物质的体现，对区域协调、管理和监测机制有规训意义。
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