西晋灭吴后，南方士族被排斥，仕进很困难，南方士族对中原士族的独霸仕途，当然不能满意。江南曾一度是个政治上不稳定的地区。晋末动乱，这里虽未像中原那样备罹战祸，但同样也是个多事之邦。江南士族在这块舞台上扮演着主要角色。半年前，他们刚刚消灭了企图割据江东的广陵相陈敏。江南士族所显示出来的力量，使司马睿感到，如果不能充分保障江南士族的利益，他将无法在建邺站住脚根。不过，这时的江南大族也特别需要一个有号召性的、并能尊重他们利益的西晋皇室镇戍江南，以使南方的政局能够处于相对稳定的状态。然而，司马睿不是他们所理想的人物，因为他属于皇室的疏属，素无名望而又无业绩。司马睿到达建邺半年之久，没有任何当地大族主动地向他靠拢，表示亲近。王导意识到问题的严重性，要想在吴国旧境内建立以中原士族为骨干的东晋朝，联络南方士族便成为极其重要的事务，于是与时在建邺的族兄青州刺史王敦商议，决定选择一个合适的机会，共同排演一场专供南方士人欣赏的节目，以提高司马睿的威望。
永嘉二年（308年）三月三日，建邺士庶照例在水边举行一年一度的禊祓（xì fú）活动。这一天，在王导的安排之下，司马睿乘坐华丽的肩舆，由威风凛凛的仪仗簇拥着，出游观禊。王导、王敦以及北来的大族名士都骑马跟在仪仗的后面作为扈从。这个阵势大大出乎江南士族的预料，他们受到了极大的震动，意识到司马睿是南渡的北方士族将来要拥戴的领袖，不能轻视。正在现场的江南士族领袖纪瞻、顾荣等人急忙在道左进行参拜，表示他们对司马睿的恭敬。
观禊之后，王导为司马睿进一步谋划，企图以通过拉拢纪瞻、顾荣等人的手法，实现使整个江南士族集团归附的目的。王导代表司马睿亲自登门拜访顾荣等人。经过这一番往来，顾荣等人认为司马睿是可以接受的，于是皆应命而至。司马睿把一大批江南士族委以重任，并让顾荣等人参与有关军府政事的机要活动。自此之后，一个以南北士族为核心的江东政权初步形成了。
太兴元年（318）三月丙辰日，42岁的司马睿名正言顺地坐上了皇帝的宝座，东晋王朝正式建立。在登基的典礼中，司马睿突然给王导出了一道难题，要他与自己一起共坐御床。这一提议实在出人意外，它使王导一时非常尴尬。皇帝要求臣下同坐御床共治天下，在中国封建社会的历史上实属罕见。司马睿要王导同坐御床，表面上示以尊崇，实际上则在暗示他应该有所收敛。
晋元帝只想做个偏安的皇帝，王导也只想建立一个王氏当权的小朝廷，他们的目光专注在江东内部的权利分配上，从来不作北伐的准备，而且还反对有人主张北伐，而且谁主张北伐，谁就被排斥，至于实行北伐的祖逖，当然要遭到冷酷的对待。祖逖是当时最识大体最有才能的杰出人物。中原大乱，祖逖率亲友数百家来投晋元帝，要求率兵北伐。
313年，晋元帝给他豫州刺史名义，又给一千人的食粮和三千匹布，叫他自己去募兵、造兵器。祖逖率部曲百余家渡江北上，在淮阴铸造兵器，募兵得二千余人。祖逖军纪律严明，得广大民众的爱护，屡次击败石勒军，收复黄河以南全部土地。晋元帝给祖逖镇西将军的称号。321年，祖逖准备渡黄河击石勒，收复河北。晋元帝却派仅有虚名的戴渊做征西将军，都督司、兖、豫、并、雍、冀六州诸军事、司州刺史。真正出征的祖逖官职是镇守；根本不出征的戴渊官职是出征，而且祖逖已收复的和未收复的州，都归戴渊统辖，这显然是不信任祖逖的表示，祖逖感到前途无望，忧愤成病，就在这一年死去了。
晋元帝深怕臣下在北伐中立功，建立起崇高的威望，对自己的帝位不利，却不想想专和臣下在内部计较权利，自己原来就很有限的一些威望将愈益缩小，对帝位的保持更加不利。晋元帝不满意王氏的骄横，想削弱王氏势力。他引用善于奉迎的刘隗、酗酒放肆的刁协作心腹，暗中作军事布置。王导被疏远，仍能保持常态，士族一般都同情他，刘隗、刁协反陷于孤立。
王敦是晋武帝司马炎的女婿，本来是个野心家。永昌元年（322年），素有野心的王敦以诛刘隗为名，在武昌起兵，直扑石头城（即建康）。王导为保全王氏家族利益，暗助王敦。王敦攻入建康，杀戴渊等，刘隗投奔石勒。司马睿一败涂地，无奈之下，司马睿“脱戎衣，著朝服”对王敦说：“你如果想当皇帝，早和我说啊，我把皇位让给你，还当我的琅邪王去。何苦让百姓跟着受苦呢？”司马睿近似哀求的话，并没有抚平王敦的野心。不久，王敦便自己为自己加官进爵，自封为丞相、都督中外诸军、录尚书事。司马睿皇帝徒具虚名而已，朝中任何事情都由王敦做主。王敦看到太子司马绍有勇有谋，便想以不孝而废之，后因百官皆不从而作罢。四月，王敦还师武昌，遥控朝政。此后，王敦更加猖狂，以至于司马睿和他的朝廷成了摆设。
司马睿见无法动摇王导势力，自己名为天子，号令却不出宫门，渐渐忧愤成病，卧床不起。他想到大臣中只有司徒荀组对自己比较忠顺，就任命他为太尉兼领太子太保，打算让他参与朝政，钳制王导。不料司徒荀组受任不久就病死，司马睿更加忧伤，病势加重。永昌元年闰十一月初十日（323年1月3日），晋元帝忧愤病逝。终年47岁，在位6年。谥号元皇帝，庙号中宗，葬于建平陵（江苏江宁）。遗诏由太子司马绍继位。
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