关于建文帝的下落，古来争议颇多：宫中自焚说。 《明太宗实录》记载，明成祖望见宫中烟起，匆促派人去救火，可现已太迟，建文帝就此被烧死。史书中记载了建文帝已死，并记载朱棣为建文帝准备葬礼，却没有记载葬礼局面和墓地在何方。所以，专家置疑，这种实录缺少客观性，大多是明成祖为了留下千古威名而命史官有意编撰。《明史》中说“宫中火起，帝不知所终”。所以有人估测一个宦官穿戴建文帝的衣裳做了替身，葬身火海之中，而建文帝则由贴身侍卫程济等人帮着从地道里逃走了。
隐姓埋名做道人或和尚说。这种观念的持有者揣度，在靖难之役后，建文帝为躲避叔叔朱棣的追杀而藏在三清山，做了全真道人，并化名“詹碧云”，建设了大规模的三清宫等道教场所，而山上“明冶山詹碧云藏竹之所”就是他的墓冢。这种说法在明代书本《本身录》和《清除遗事》中也有记载。
关于建文帝落发的当地也有多个版别，有的说是重庆的龙行古镇，有的 说是云南武定狮子山，有的说是江苏普济寺等。
归来说。 《英宗实录》中有记载，英宗年间，有一位90岁的和尚到了北京城中，称个人是建文帝，得到了英 宗的优待，最终终老北京城。
流亡海外说。 《明史·郑和传》中有记载说，明成祖之所以一而再、再而三地派郑和下西洋，是因为他置疑朱允炆没有死，而是逃到了海外。
乃至还有人说他去寻觅张三丰，寻访得道之法。
风趣的是，史料记载明朝时有不少人假充个人是建文帝，招摇撞骗。史学家们以为，这八成是因为朱棣凶恶无常、凶恶毒辣，大家对之心生怨气。不论朱允炆下落何处，最终都会是一个孤魂。即便前史重演，恐怕朱允炆的悲惨剧仍是会分毫不差地从头演出。
