咸丰十年（1860年）五月，重建两年多的清军江南大营再次被太平军攻破，清廷在长江下游仅剩两处完土——冯子材勉强支撑的镇江和依靠西洋雇佣军拒外敌的上海。不久，曾国藩的湘军攻克太平军上游重镇安庆。是时，躲避在上海的江苏巡抚薛焕、团练大臣庞钟璐等人公推太仓绅士钱鼎铭前往安庆求援，作申包胥泣于秦哀公之请。于是，曾国藩的门生、福建延建邵道台李鸿章被老师荐为援军统帅。同治元年（1862年）四月初，李鸿章率13营士兵约9000人先后乘坐雇佣的英国商船从安庆出发，前往上海抵御太平军并收复失地，从此正式走上历史舞台。李鸿章是安徽合肥人，他的部下也大都来自安徽江淮一带，因此被人称为“淮军”。
淮军创始人李鸿章
李鸿章投奔曾国藩之前，跟随他的会试座师安徽巡抚福济在庐州镇压太平军。福济带兵没打过像样的胜仗，驾驭部下却有很多花样，挑唆将领们相互猜忌，以达到控制目的。李鸿章耳濡目染，将学会的这一套手段尽数用在淮军将领身上，不使部下和睦相处，用他自己的话说“时时以不肖之心待人，以防众人合而谋我！”
淮军诸将与李鹤章的矛盾
早期淮军班底中坚人物主要有在安徽办团练的刘铭传、潘鼎新、吴长庆、周盛波兄弟、张树声兄弟以及太平军降将程学启等人。李鸿章五弟李鹤章时为淮军前敌总指挥，入则出谋划策、出则调兵遣将。实际上，李鹤章军事才具极为有限，因此很为淮军诸将领看不上。在湘军中不得志的郭松林、杨鼎勋跟随淮军奔赴上海，起初为李鹤章部下偏将，屡立战功后逐渐轻视主帅，经过刘铭传等人拉拢，合力排挤李鹤章。李鸿章也知道五弟才具平常，又遭诸将嫌弃，于是让李鹤章另统一支偏师，之后刘铭传等人独立成军，不相统属，只由李鸿章直辖。对于淮军的这次人事变动，有人评论说“铭军、盛军、鼎军、树军本来像没有翅膀的鸟，如今有了郭、杨两人的加入，就可以一飞冲天了。当然，淮军也由此开始从湘军中逐渐蜕变出来。”
李鸿章与程学启的矛盾
程学启耻于太平军降将身份，兼且投降后妻儿皆被太平军报复所杀，与太平军作战时身先士卒，奋不顾身，是淮军有名的悍将。程学启最心狠手辣的举动就是在苏州杀了投降的太平军四王四天将，当时投降的太平军约有十万之众，这是一股不可忽视的军事力量，此前太平军就有降而复叛的先例，所以有“受降如受敌”的说法。因此，在程学启的建议下，李鸿章杀掉开城投降的四王四天将，又杀了两千多抗命不从的太平军战士，彻底解决了降将带来的后顾之忧。但李鸿章毕竟是读书人出身，虽然同意了程学启杀降，却偏偏于心不忍的怼了一句“君亦降人矣！”一下子戳中程学启的痛处，脸色顿时极为难看，转身而去。后来程学启进攻嘉兴时，被太平军的洋枪击中胸口及太阳穴，伤重不治，口中反复呓语“君亦降人矣”而死，可知李鸿章无意间一句话让他抱憾一生，至死不释。
李鸿章与吴长庆的矛盾
袁世凯的伯乐吴长庆与李鸿章是姻亲，但是两人却不太对付，缘于李鸿章轻视吴长庆。当刘铭传等人独立成军时，同为老资格的吴长庆的庆字营却划给了刘秉璋。刘秉璋也是个厉害角色，是李鸿章父亲李文安的学生，后来官至四川总督，也是淮军中除李鸿章外唯一的翰林出身。好在刘、吴两家是世交，刘秉璋也能知人善任，相处尚算融洽。后来吴长庆因军功被保至副将，按清代惯例二品以上官员皆是红顶子，副将是从二品武官也在此数。李鸿章看到军功保案，跟刘秉璋开玩笑说：“你部下最平庸的人，现在也可以戴红顶了！”这话后来被吴长庆闻知，极为愤怒。淮军将领倚重于李鸿章的后来大都出任封疆大吏，如刘铭传任台湾巡抚、潘鼎新任广西巡抚、张树声任两广总督、刘秉璋任江西巡抚等。但经此事后吴长庆却独树一帜，开始结交朝贵为声援，笼络文人以通生气，却由于没有受到李鸿章的鼎力推荐，至死没能出任方面大员。
袁世凯的伯乐吴长庆
李鸿章与吴毓芬、吴毓兰两兄弟的矛盾。
吴氏兄弟起初跟随李鸿章父亲李文安在合肥办团练，加入淮军时隶属于程学启，以“华字营”行于军旅。淮军攻打嘉善时，“华字营”与刘秉璋亲庆军因抢功发生纠纷，那时程学启已死，刘秉璋以势压人，将“华字营”统领吴毓芬绑起来抽了几鞭子作为惩戒。吴毓芬找到李鸿章告状，说：“我已积功保至道台衔，大清开国两百多年，从没听说过可以鞭打道台的，大帅你要替我做主！”湘淮军的惯例是只看军中级别，从不以朝廷官阶定身份，吴毓芬是营官，而刘秉璋时为统领，级别高于吴毓芬。因此，李鸿章责备吴毓芬说：“你好歹也读过几天书，不知道在军中要服从军法吗？”吴毓芬气愤不过，不久即辞别归乡。
过了一段时间，李鸿章偶遇“华字营”某军官，忽然想起吴毓芬，便问说：“主将跟你有书信往来吗？”那名军官也是死心眼，说有往来，并从袖中拿出给李鸿章过目。李鸿章看后盛怒不已，信上说：李宫保这个人不值得相处，你们瞅机会也溜之大吉吧。此后，李鸿章绝口不提吴毓芬。
吴毓芬走后，吴毓兰代替其兄统带“华字营”驻扎扬州。同治六年冬，东捻军领袖遵王赖文光突破六塘河防线，沿运河南下淮安、宝应，围剿的淮军诸将穷追不舍，吴毓兰在扬州瓦窑铺设伏，一战而擒赖文光。《清史稿》对此评价说：低阶小官吴毓兰以擒获巨憝显名。功名之际，遭际固难测哉！ 但是这桩大功劳并没有给吴毓兰带来显赫地位，官阶依然是道员候补，几乎原地踏步。后来有人问李鸿章：“吴毓兰立此大功，为何没有赏赐？”李鸿章说：“时间太久，大概是朝廷忘记了吧！”
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