税收优惠：1.对农民专业合作社销售农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，免征增值税；2.一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额；3。对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税；4.对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
用水用电优惠：1.规模化生猪、蔬菜等生产的用水、用电与农业同价；2.电力部门对粮食烘干机械用电按农业生产用电价格从低执行的政策。
国家给予农村合作社的补贴政策有土地流转补贴、贷款补贴、购农机补贴、种粮补贴、农资综合补贴、生猪标准化规模养殖场(小区)建设、农业保险补贴、粮食最低收购价政策、退耕还林补贴、草原生态保护补助等。具体项目的申报还要根据各省市的具体情况有些不同。全国很多地区对合作社土地流转有补贴，比如浙江新昌县对流转土地种植水稻20亩(蔬菜30亩、其他50亩)以上给予经营业主和流出户一次性奖励每亩150元。
根据财政部去年年中发布的《农业综合开发推进农业适度规模经营的指导意见》规定，要加大对新型农业经营主体建设高标准农田的支持力度。要求在试点阶段，主要选择高标准农田建设年度项目区域范围内的新型农业经营主体进行扶持，对个别流转耕地面积较大的，也可以在项目区域范围以外单独立项扶持。降低合作社等申报主体成立时间和单个项目治理面积等“门槛”，简化项目申报程序；探索先建后补、以奖代补等多种扶持方式;对符合条件的新型农业经营主体，可按照谁申报、谁实施、谁管护的原则，将项目建设和管护权一并移交;扩大资金使用范围，财政资金除用于水电路等基础设施建设外，还可对育秧设施、粮食晾晒烘干设备、仓储物流、农机具库棚等配套设施进行适当补助。继续开展高标准农田建设财政补助形成资产交由农民合作社特别是土地股份合作社等新型农业经营主体持有和管护试点，扩大试点范围，跟踪试点成效，及时总结经验。建立依托新型农业经营主体推进高标准农田建设、使用、管护一体化的新机制，保证农业综合开发建设成果长期发挥效益。
鼓励农民合作社等新型农业经营主体，通过贷款、融资担保等方式获取资金开展高标准农田建设，发展生产技术先进、经营规模适度、市场竞争力强、生态环境可持续的现代农业。对用于高标准农田建设的贷款，中央财政予以贴息。拓宽融资渠道，除政策性银行外，把商业银行、农村信用社等金融机构贷款也纳入贴息范围。允许采取银行贷款、财政补助、自筹资金“三位一体”、贷补结合方式，吸引金融资金投入高标准农田建设，进一步加快建设进度。
另外，在专项扶持类方面，国家对农民专业合作社也有扶持。国家农发办在《关于开展新型农业经营主体申报实施农业综合开发高标准农田建设项目试点的意见》规定，积极支持新型农业经营主体申报实施高标准农田建设项目。单个项目申报实施面积，原则上农民合作社试点项目平原地区不低于500亩、丘陵山区不低于300亩，对农业综合开发土地治理项目，每亩土地财政资金补助不超过1500元/亩。
在产业化项目的扶持方面，国家农发办68号文件对项目内容进行了明确规定，要求2016年国家农业综合开发产业化经营项目原则上要需符合《农业综合开发扶持农业优势特色产业规划(2016-2018年)》，主要包括：经济林及设施农业、畜禽水产养殖等种植养殖基地项目;粮油、果蔬、畜禽等农产品加工项目;农产品储藏保鲜、产地批发市场等流通设施项目。
农业综合开发产业化经营项目包括财政补助项目和贷款贴息项目。财政补助资金使用范围依照《国家农业综合开发资金和项目管理办法》(财政部令第60号)有关规定执行。鼓励各地采取“先建后补”的管理方式。
但是，对申报项目的合作社也设立了相应门槛：要求具有法人资格;具有良好的诚信记录，具备相应的项目建设和经营管理能力;符合《农民专业合作社法》有关规定，产权明晰，章程规范，运行机制合理;持续经营一年以上，财务管理比较规范，示范带动作用强。
农业部等7部委决定，对适合农民专业合作社承担的涉农项目，将农民专业合作社纳入申报范围。涉农项目扶持类政策的扶持资金力度大，覆盖范围相对较小，需要在项目通知后申报争取。
我国专项扶持里涉农项目比较多，比如：农业综合开发贷款贴息项目，要求单笔贷款不低于100万，不高于6000万。农业综合开发产业化经营项目、土地治理项目，扶持资金80-160万。规模化养殖场、养殖小区、集中供气等沼气工程项目，扶持资金20-80万。“菜篮子”产品生产扶持项目，扶持资金100万左右。农业综合开发产业化经营项目财政补助项目、龙头企业带动产业发展和“一县一特”产业发展试点项目，扶持资金龙头企业100-300万，合作社50-150万。
鼓励和引导合作社与城市大型连锁超市、高校食堂、农资生产企业等各类市场主体实现产(供)销衔接。
从2011年起组织实施现代农业人才支撑计划，每年培养1500名合作社带头人。继续把农民专业合作社人才培训纳入“阳光工程”，重点培训合作社带头人、财会人员和基层合作社辅导员。鼓励大学生村官参与、领办合作社。
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