《水污染防治法》第五十条第三款和《城镇排水与污水处理条例》第三十四条均规定，生态环境主管部门应当对城镇污水集中处理设施的出水水质和水量进行监督检查。结合《水污染防治法》第八十三条第（四）项规定可以看出，生态环境主管部门的法定监管职责是负责“两头”，一头是查处“企业事业单位或者其他生产经营者违反本法规定，未按照规定进行预处理，向污水集中处理设施排放不符合处理工艺要求的工业废水的”违法行为；另一头是查处“城镇污水集中处理设施超过水污染物排放标准排放水污染物的”违法行为。
《水污染防治法》第九条第一款虽然规定，县级以上人民政府环境保护主管部门对水污染防治实施统一监督管理。但《水污染防治法》第九条第三款进一步规定：“县级以上人民政府水行政、国土资源、卫生、建设、农业、渔业等部门以及重要江河、湖泊的流域水资源保护机构，在各自的职责范围内，对有关水污染防治实施监督管理。”《水污染防治法》设专节对城镇水污染防治作出规定，明确县级以上地方人民政府统筹安排建设城镇污水集中处理设施及配套管网，提高本行政区域城镇污水的收集率和处理率。要求县级以上地方人民政府建设主管部门加强对城镇污水集中处理设施运营的监督管理。明确城镇污水集中处理设施的运营单位，应当对城镇污水集中处理设施的出水水质负责。环境保护主管部门应当对城镇污水集中处理设施的出水水质和水量进行监督检查。全国人大常委会法工委编写的《中华人民共和国水污染防治法释义》对第九条的解释为：环保部门的职责是对城镇污水集中处理设施的出水水质和水量进行监督检查。建设部门负责组织建设城镇污水集中处理设施及配套管网，并加强对城镇污水集中处理设施运营的监督管理。
《城镇排水与污水处理条例》第五十二条第二款规定：“违反本条例规定，城镇污水处理设施维护运营单位擅自停运城镇污水处理设施，未按照规定事先报告或者采取应急处理措施的，由城镇排水主管部门责令改正，给予警告；逾期不改正或者造成严重后果的，处10万元以上50万元以下罚款；造成损失的，依法承担赔偿责任。”所以，查处“城镇污水处理设施维护运营单位擅自停运城镇污水处理设施的”违法行为应是城镇排水主管部门的法定监管职责。生态环境主管部门对城镇污水处理设施维护运营单位擅自停运城镇污水处理设施的行为无权进行监管，更不能认定其为不正常运行污染防止设施逃避监管的方式违法排放污染物的违法行为进行行政处罚。生态环境主管部门应严格履行好对城镇污水集中处理设施的出水水质和水量的监督管理职责。需要说明的是，城镇污水集中处理设施的运营单位，应当对城镇污水集中处理设施的出水水质负责。而并未要求其对出水水量负责。因为城镇污水集中处理设施属于市政基础设施，承担着处理城镇生活污水的公共服务职能，而城镇生活污水产生量取决于城镇的社会经济发展等因素，不是城镇污水集中处理设施的运营单位能够控制的。因此，不能对城镇污水集中处理设施提出重点水污染物总量控制指标的要求。
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