根据解密档案中石井四郎等人的供述、美军的问讯记录、731部队成员提供的文件资料，以及驻日美军同美国国防部、联合参谋部之间的往来电文等500余页解密档案，2013年9月10日，哈尔滨市社科院731国际问题研究中心，披露了美军掩盖731部队的战争责任并与其开展秘密交易的过程，石井四郎等战犯未被审判确系美日交易。中国社科院刊物《抗日战争研究》不久前刊载了这项研究成果《掩盖与交易：二战后美军对石井四郎的调查》。
一、“1945年关东军防疫给水部的军方代号是‘满洲第659部队’，其下辖的‘满洲第731部队’是石井部队平房本部的代号。”
731部队是一支颇为神秘的部队，由于大部档案资料被销毁，致使对该部队设立时间的结论难以考证。杨彦君表示，731部队1936年成立的说法目前得到了学术界普遍认同，但1936年何月何日设立一直没有结论。
哈尔滨侵华日军第731部队罪证陈列馆中保存着一张照片，这是“满州第731部队高等官团”在本部大楼前后集体合影，落款处日文汉字写着“昭和十八年六月二十五日第八个创设纪念日”。日文“创设”即为初次设置、设立之意，“第八个创设纪念日”即“设立八周年纪念日”，昭和十八年即公历1943年。以此推算，1936年6月25日应是731部队的正式设立时间。
据美国国家档案馆馆藏英文档案《汤普森上校对石井四郎中将的问讯速记文稿》记载：“汤普森问：你在何时任哈尔滨研究所负责人？石井四郎答：1936年至1942年6月，第二阶段是1945年3月到二战后。”哈尔滨研究所即731部队，石井四郎认为是在1936年正式批准设立的“研究所”之后才是正式的“负责人”，1936年成为731部队设立的时间标志。
一份名为“关东军防疫给水部满洲第六五九部队留守名簿”的档案，是一名731部队成员的档案资料，1945年1月1日，该人当时在北安陆军医院工作。这份档案目前保存在日本厚生劳动省。
石井四郎离哈时拥有百万日元现金
1946年2月5日，美国人在石井四郎家中对其进行了第一次问询。随后，美国汤普森中校多次问讯石井四郎，并撰写了48页的报告。
目前美国国家档案馆里保存着一份名为“石井四郎卷宗”的解密文件，石井四郞是731部队首任部队长。在档案中看到，1945年12月28日情报记录：石井四郎离开(哈尔滨)时拥有大约100万日元的巨额现金。
日本无条件投降后，石井四郎等人逃回日本，极力掩盖在731部队的经历。但二战结束前，美国已得知日本在中国进行了细菌战。1945年9月，美国细菌战专家桑德斯中校开始调查日本细菌战情况。他从被问讯的731部队重要成员那里调查到了731部队的核心机密：“进行大量努力把生物战发展为有实用价值的武器，至少实验了8种用于大规模散播细菌的特殊炸弹……”
1945年12月3日，驻日美军的情报线人提供了石井四郎，于1945年11月10日在老家千叶县山武郡千代田村举行了伪装葬礼并潜伏起来，此时距离东京审判开始只有不到3个月时间。
档案里记录，1946年2月5日，美国人在石井四郎家中对其进行了第一次问询。在随后的一个多月时间里，汤普森中校多次问讯石井四郎，并撰写报告记述了石井四郎的从军履历以及关东军防疫给水总部的体制、配置、任务和职责等情况，其中包括细菌武器的研制、对细菌战防御的研究、人体实验等信息。
2005年8月４日，当年日本７３１部队负责人石井四郎的两本笔记本在其原亲信的家中被发现。
两本笔记本的封面上，分别用铅笔写有“１９４５－８－１６终战当时笔记”和“终战笔记１９４６－１－１１ 石井四郎”等字样。据认为这是石井在日本战败后不久写下的备忘录。在“１９４５年”的笔记中，有关于苏联对日宣战后石井从由东京到新京（现长春）的司令官那里接到要求销毁一切证据物件的命令等记载：“司令官访问新京／决定全部炸毁焚烧，并认真防谍”。
据关东军司令部的朝枝繁春参谋回忆说，他飞往新京（今长春），在军用机场的一座机库里与石井四郎交谈了1小时左右，并传达了军部的详细指示：
1.贵部全体解散，让部队成员尽早返回日本本土，所有证据物品都必须永远地从地球上消失得无影无踪。
2.为此，我已经作出安排，调一个工兵中队携带5吨炸药归贵部指挥使用，必须将所有的设施炸毁。
3.建筑物内的“丸太”（俘虏），必须用电动机加以处理，再放进贵部锅炉内焚烧，然后将其骨灰等投入松花江冲走。
4.贵部53名具有博士头衔的军医，必须用军用飞机直接运回日本本土。
石井四郎听完命令就要回去时，忽地停下脚步，转过头来不甘心地追问朝枝：“研究资料也不能带回去吗?”
“不，不能带回去！”朝枝当即拒绝了。销毁所有证据是参谋总长的命令。
回到731以后，石井四郎集合下属训话：“731部队的秘密，要永远守口如瓶。如果有谁泄露了军事秘密，我石井就是追到天涯海角也要将他揪出来！”同时他向众人提出3点要求：
1.返回故里也要隐瞒自己曾在731部队服役的事实，掩饰自己的从军履历。
2.不得担任一切公职。
3.严禁部队成员相互联络。
尤其强调：“731部队的秘密要带入坟墓！”
石井之所以下达封口令，是因为他本人害怕成为战犯。石井四郎对731部队下达封口令，其实也是因为他接到了参谋本部的命令——上层担心731部队的秘密如让盟军发觉，可能会危及日本天皇。这项命令早在石井为自己可能会成为战犯而惶恐不安之前就下达了。
二、美日秘密交易 “731”战犯免于审判
当年美国掩盖了日本细菌战犯罪事实和战争责任，使得以石井四郎为首的731部队成员免于战犯起诉，对二战期间饱受日本侵略的人，是极大的不公正、不公平。
研究发现，1947年5月6日，美军远东司令部向美国国防部发了一封军事密电，编号为52423，电文分成5部分，其中第3部分第2条内容为：“3-B，其他包括从石井四郎那里获得的报告书等资料，可以通过告知相关日本人以下消息来获得，即相关资料将通过情报渠道进行留存，不会作为战争罪行证据来使用”。第5部分电文为：“远东司令部建议采取3-B所述的方法，请尽快回复”。
“这是驻日美军向美国国防部明确提出，为了得到细菌战、人体试验等数据资料，可以将此前和此后的问讯不作为战争罪行证据，并进一步提出了以书面豁免石井四郎及其同伙罪行的方式来获得。”这份电文10个月后得到回复。1948年3月13日，美国参谋长联席会议给麦克阿瑟下达了指示：“你所要求的必要信息和科学数据都已悉数获得。建议重新提交3-B和第5部分内容以便在你需要的时候进行深入斟酌。”
这份电文说明美国已经得到了日本细菌战的必要信息和科学数据，“这等同于以豁免石井四郎及731部队所有成员为条件，达到获取731部队全部实验资料的目的。上述电文可以作为美国同石井四郎秘密交易的最终认定文件。”
解密文档披露了此前不为外界所知的关于731部队的历史事实，这是对日本细菌战研究的重要补充，具有回击日本否认侵华历史的现实价值。当年美国掩盖了日本细菌战犯罪事实和战争责任，使得以石井四郎为首的731部队成员免于战犯起诉，这影响了东京审判的公正性和权威性，对二战期间饱受日本侵略的人，特别是被731部队用作人体实验的中国人、苏联人和朝鲜人及其家属是极大的不公正、不公平。
附：
石井四郎（1892年6月25日—1959年10月9日），日本陆军中将，医学博士，侵华日军731部队首脑。731部队的创办者进行许多人体实验，研制了细菌武器而知名。在中国等地对无辜平民进行活人细菌感染、解剖生化实验，残忍程度令人发指，致使不完全统计约有3000余名中国人、朝鲜人、苏联人、美国人、英国人被活生生的残害至死，犯下滔天罪行。第二次世界大战结束前夕，石井四郎诈死脱过东京军事法庭的审判，并企图销毁所有的罪证。日本战败后，他用残杀万余人生命代价获得的细菌杀人方法，私下同美国进行阴谋交易，逃避了战争法庭的审判。 1959年石井四郎患喉癌病逝于老家千叶县，终年67岁。
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