那日南京城破，朱棣有些颤抖，“我终究还是回来了，父亲！兄长！切莫怪我，是侄儿害我！”朝堂上，见到建文帝后，朱棣大哭，声泪俱下，面对建文帝，他反复诉说自己是清君侧，自己是逼不得已，是奸臣误国，是贼子当政。
建文帝还有些血性，他如同南朝梁武帝一般，大声斥责朱棣：“叔既忠臣，何以至此！”朱棣跪在堂下磕头再次辩解：“臣至此，实是道衍（姚广孝）害我，实是情势所逼，非臣所愿。”
建文抬手道：“既如此，叔且退下，有啥话明日再叙。”
很快，朱棣退朝，出宫跟手下人商量，如何解决当下局面，而建文帝则在宫中郁郁寡欢，他也曾饱读诗书，历史上的篡位之举多如繁星，被篡位者结局如何，他自是知晓。
建文帝毕竟没有经过多少历练，刚刚朝堂上的淡定，不过是靠着祖、父二人的余威，这会儿缓过神来，开始思虑出路。现在他的身边叽叽喳喳的群臣已然不见，唯有二臣一婢一太监。
“走吧，宫内尚有昔日诚意伯（刘伯温）秘密给先皇修建的暗道，直通都城之外，皇上速速遁去，云南，朝鲜皆有忠国之人，大业可再徐徐图之！”（编的，历史上并无此）
建文摆摆手，“算了，国事至此，吾之过也，当以死谢国。汝四人皆吾亲近之人，逆贼朱棣定不会饶尔等性命，逃命去吧。”四人磕头泣血。
军营中，朱棣正在苦恼，他本意是南京城破，以侄子年轻气盛的性格，定会遭受不住失国打击，从而自裁以谢天下，这样他便可以把罪责推到那些臣子身上，如此才是“清君侧”的最好结局。然而千算万算，想不到侄子竟然没有谢国。若亲自动手，可就真是行篡位之举了！名不正言不顺。苦恼之际，只听得姚广孝僧袍一挥：“主公无忧，我有上中下三计，可破今日之困局。”
“哦？军师速速讲来！”
“主公可暗中使人于宫内放火，然后杀而烧之，对外则言皇上失踪，此为下计。或可依山阳公旧事，逼皇上禅让，是为中计；或可围而不防，皇上若有乞活之心，便命人暗中放其出宫，然后密而杀之，神鬼不知，此为上计。”
朱棣略一思索，低声道：“下计太过明显，恐留人口实，中计虽好，然建文在侧，吾将来帝位恐不稳也。上计甚好，神鬼不知，深得吾心。”
然而，朱棣欲行上计前夕，南京城大火漫天，建文不知所踪，后一太监自往朱棣处，言天子已死。朱棣，姚广孝大惊，急入宫检查。硕大的皇宫经此大火，辉煌不再，太监领二人来到内宫，木梁崩塌处，有三具焦黑残骸，已不可辨认。太监道：“我是天子近臣，此三人正是分别是皇帝、皇后和皇子朱文奎。我劝天子出城避祸，奈何天子气盛，觉无面目见人，遂于昨夜自焚。天子曾留书一封，嘱我交予燕王。”
太监说完，掏出一封帛书，上书：“吾死。吾之大明亦叔父之大明，吾之百姓亦叔父之百姓。”
朱棣喜不自胜，“尔行此事，吾当重赏！”
“不用了，燕王，我虽一宦官，却也知君臣大义。太祖皇帝起于草莽，逐群雄如偃草，进而传下大明基业。后传位于当今天子，名正言顺，人心所向，你一藩王，也敢觊觎上位！我恨不得生痰你肉！今我无力杀贼，却也不肯奉你为主。”言罢，触柱而死。
燕王大怒，命人将太监尸首拖出去喂狗。
而地上三具焦尸，虽无法辨认具体身份，但能隐约看出是两男一女，再结合太监临死之行为，朱棣和姚广孝都认为这是真正的皇帝、皇后、皇子。
朱棣大笑：“军师，汝上中下三计，皆无用矣！”姚广孝扯了一下朱棣，然后赶紧扶住朱棣，“主公，天子驾崩！”姚广孝刻意加重的语气让朱棣醒悟过来，他收敛笑意，放声痛哭。
不久，朱棣即位，是为明成祖，因南京城被大火摧毁，永乐四年（1406年），朱棣诏建北京城宫殿，此后多住在此地。
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