《山海经－山经》中记录了大量的山、水、泽、海，还记载了一些山、水中的矿物、动物、植物等等，与现代中小学的地理教科书很相似，因此很多学者认为《山海经－山经》是一部地理书，并将《山经》与后面的《海经》和《荒经》区别对待。然而《山经》并非为地理而写，也是为原始宗教所写，也就是说整个《山海经》都是一部记录原始宗教的书。
在《山经》的最后有一段话：“禹曰：天下名山，经五千三百七十山，六万四千五十六里，居地也。言其《五臧》，盖其余小山甚众，不足记云。”这段话表明：《山经》收录的山乃是天下名山而不是所有的山。那么什么样的山是名山呢？古人云：山不在高，有仙则名。《山经》里的名山都是有神之山。在每个山系的最后，都有祭祠山神的标准——祭礼，说明这些山都是有神的。世上有没有神我不能断定，但是古人认为是有的，不仅山上有神，水里也有。
《山经》里记载了很多矿藏，主要的有玉、金、银、铜、铁、锡。请注意，这些矿产主要也是用于宗教目的，虽然也能用于战争和生产，但那是附带的。这里说的宗教目的并不仅限于祭祀仪式，还包括祭祀的各种准备，包括各种工具。《春秋左传》云：“国之大事，唯祀与戎。”在古代最重要的事就是祭祀和战争，最先进的生产工具也是首先应用于祭祀和战争，所以我们没有必要怀疑铁与宗教的关系。其它几种矿产与宗教的联系更为密切，往往直接用于宗教活动。在所有的矿藏中，最重要的是玉，而玉主要是用于祭祀的。
《山经》中的动物、植物有些是真实存在的，有些是虚构的，这些动植物要么是祭祀的对象，要么是祭祀的用品，其中虚构的动植物都是祭祀的对象。
在招摇山中：“有草焉，其状如韭而青华，其名曰祝余，食之不饥。有木焉，其状如谷而黑理，其华四照，其名曰迷谷，佩之不迷。有兽焉，其状如禺而白耳，伏行人走，其名曰狌狌，食之善走。...其中多育沛，佩之无瘕疾。”这里的“食之”不是吃，而是祭祀、供养。还有个例子也能说明这一点：“...基山，...有鸟焉，其状如鸡而三首、六目、六足、三翼，其名曰鞝駙，食之无卧”。这个鸟是虚构的，吃不得，但是能以雕像或画像的形式出现，接受人们的供养。“佩”也是原始宗教的一部分，相当于现代人佩戴十字架、护身符等等。
在羭次之山中：“有鸟焉，其状如枭，人面而一足，曰橐笆，冬见夏蛰，服之不畏雷。”这个鸟也是虚构的，这里的“服之”不是吃也不是喝，而是跪拜，是宗教活动中常见的动作，本意是服从、顺从。
在堂庭山中：“多棪木，多白猿”，书中并没有说明棪木和白猿的用途和用法，这种情况很多。可以肯定的是棪木、白猿并非只在堂庭山才有；堂庭山也不只是棪木、白猿多，但是这两样是宗教活动中比较重要的动植物，所以才会出现在《山经》中。
在《山海经-山经》中多次出现“无草木”的山，多达95座。这里的“无草木”不是没有草和木，比如发爽山：“无草木，多水，多白猿。”有白猿的地方肯定是有草木的。《山海经》中的“无草木”是指没有可用于宗教活动的草木。
《山海经》并没有真正意义上的医学。在古代，医巫往往不分，《山海经》中的治病的“方子”更多是巫术，对中医中药几乎没有任何贡献。迄今为止，巫术治病在很多少数民族和偏远地区仍然有很大的影响力，在《山海经》中出现巫术治病是很自然的，也更能证明《山海经》是记录原始宗教的“巫书”。
正如鲁迅先生所说，《山海经》确实是记载原始宗教的“巫书”。虽然原始宗教的大部分内容被贴上“迷信”的标签，但是不可否认的是，原始宗教是人类探索自身和世界的开始，是人类走向文明的第一步。《山海经》将古人的精神世界记录下来，是我们了解古代人类精神生活的宝典。
