2001年5月的宁波城市建设中，已经原地保护的药皇殿才显山露水。
2002年4月5日下午，在药皇殿墙外东南角发现宋元时代的二件石赑，出土于地下2米处。“赑屃”又称龟趺，原是帝王御赐的碑座，据宋《宝庆四明志》记载，出土之处原来最早的是唐天宝二年（743）诏告各州建造道观紫极宫。又曾是北宋大中祥符二年（1009），宋真宗赵恒敕赐改名的天庆观，因此，长达2.43米，宽1.5米，高0.83米的巨赑，可能为唐宋之物。
由于南宋绍定六年（1228）一场大火，赑屃倒入河中。在原废址上，元代泰定三年（1326）建造玄妙观。明代永乐年间（1403—1424）的火灾之后，宣德七年（1432）又再建的冲虚观。在明代嘉靖（1522—1566），又是一场大火，成为废墟。清代初年（1644）改作右营教场，康熙四十七年（1708），再建药皇殿等建筑群。
药皇殿历经近300年的沧桑风雨之后，逐渐废弃或改作他用，新中国成立之后，曾辟作咸塘街小学和医药仓库。
2000年冬，在宁波市城市建设中，幸存的药皇殿仅前后三个殿堂及西厢房占地1600平方米。但殿内外木雕、砖刻、石雕还十分完好，当有关主管部门作出“易地迁建”决定，而实则“就地拆毁”的处置时，笔者及王介堂等文保人士于2001年4月9日向市ZFLD和人民日报请求“原地保护”。
4月中旬，市ZF决定建设部门修改规划，实施“原地保护”，并投入500万元修复，建成宁波药业历史陈列馆和药业商店。原地保护整修后的药皇殿，在现代建筑的簇拥中分外引人注目。其中最有特色的朝南砖刻门楼，四围有高达8米的清水砖墙，仅开一道石库门，正面“尽妍而巧”的仿木结构雕刻墙檐斗拱保存完好，巧施刀凿的门额刻“峻极于天”四个大字。
走进药皇殿，迎面红漆贴金牛腿柱拱支撑起硬山式三间二层的前殿，这里原是药商们的待客仪事之所。中进的道地，左右二厢看戏的红漆厢楼，仍然原汁原味。后殿是当年药皇的神殿，中间高坐披发赤脚的药皇塑像，28根柱子承托这座气势恢宏的殿堂，殿堂中心的四条金刚柱。
