“根结”指经气的所起与所归，反映出经气上下两极间的关系。“根”指根本、开始，即四肢末端的井穴；“结”指结聚、归结，即头、胸、腹部。元·窦汉卿在《标幽赋》中指出“更穷四根三结，依标本而刺无不痊”，意为十二经脉以四肢为“根”，以头、胸、腹三部为“结”。《灵枢·根结》记载了三阴三阳的根与结。

　经脉 　　根（井穴）　　 结

　太阳 　　至阴 　　　　命门（目）

　阳明 　　厉兑　　　　 颡大（钳耳） 头

　少阳 　　窍阴　 　　　窗笼（耳）

　太阴 　　隐白　　　　 太仓（胃）………腹

　少阴 　　涌泉　　　　 廉泉……………头颈

　厥阴 　　大敦　　　　 玉英、膻中………胸

十二经脉的“根”与“本”，“结”与“标”位置相近或相同，意义也相似。“根”有“本”意，“结”有标”意。“根”与“本”部位在下，皆经气始生始发之地，为经气之所出；“结”与“标”部位在上，皆为经气所结、所聚之处，为经气之所归。但它们在具体内容上又有所区别，即“根之上有本”，“结之外有标”，说明“标本”的范围较“根结”为广。“标本”理论强调经脉分布上下部位的相应关系，即经气的集中和扩散；而“根结”理论则强调经气两极间的联系，反映出“根”与“结”之间经气流注较为集中。

标本根结的理论补充说明了经气的流注运行状况，即经气循行的多样性和弥散作用，强调了人体四肢与头身的密切联系，说明四肢肘膝以下的特定穴治疗远离腧穴部位的脏腑及头面五官疾病，头身部穴位治疗四肢疾病有其生理基础，为临床治疗“上病下取”、“下病上取”等提供了理论依据。