在《包氏医宗》里，包师强调学习研究运用《伤寒论》要遵循经方的整体效应。中医临床要以《伤寒论》为中心的“理法方药”的一脉相承。大家都知道，《黄帝内经》确立了中医学的基本理论，被称为医之始祖，《神农本草经》奠定了中药学的基本理论，被称为本草之鼻祖，但是于《伤寒论》里所涉及的中医医理、本草药理是不完全相同的，有的还有相矛盾的地方。所以理法本忠于内经，但用发于伤寒，方药始于本草，但活用于伤寒。因此包师认为中医临床要完全秉承于伤寒，可寻根追源于内经本草，但切不可拘泥死守内经本草。反对以“本草之主治，强和经方之主治”，主张以“内经的气味厚薄阴阳等理论来分析经方的效能”。《经》云：阳为气，阴为味，味归形，形归气，气归精，精归化，精食气，形食味，化生精，气生形，味伤形，气伤精，精化为气，气伤于味。此为药性循环生克之化机者也，即今之所谓中医以气化作用治病者，即根据此理而云也。
药为方之本，症为病之基。合多症始可断其为某病，犹合多药而可成其为某方也。医者见症用药，因病处方，为疗治病症之大法，不容糊乱将事者也。按：何以称为病？如太阳病、少阳阳明病之类是也。何以称为症？如头痛，恶寒，发热之类是也。故诊病必先明其症，合多症始可明其病，病已明，对症发药，合多药而始成其方。
阴味出下窍。凡药之有味者，其性必下达而走里，味愈厚，下达之力愈大。如麻黄、细辛之加五味子，则不发汗外达，而为破饮利小便矣。又如乌梅之收敛肝气，苦酒之消痈肿退热毒，芩、连、栀、柏之泻火，归、芍、参、地之养血，皆下达出下窍者也。
阳气出上窍。凡药之有气者，其性必上升而走上窍，气愈厚，上升之力愈大。如麻黄汤之用桂枝，欲其上升走表也，桂枝加桂，其走表之力更猛。如薄荷、荆芥、藿香、佩兰，皆有浓厚之气，故能走表。其橘、朴、香砂、姜、桂、芪、术，又皆能温中，外达而出上窍者也。更有气味皆备之药，如当归、吴萸，又臭又苦，故能人里走下窍，又能温散走上窍者也。须知气味必有多少之偏重，云味厚者亦有气也，气厚者亦必有味也，不过以其厚薄则走上走下之不同矣。
味厚者为阴，薄为阴之阳。如大黄、黄连，味厚走里为阴，必重用使其味厚则如是，若轻用数分，或水渍不煎，则为味薄而为阴之阳。阴之阳者，犹言其性虽走里下达，味薄则能治阳部之症，走上窍矣。故大黄浸水，可退胸腹身躯之热及头面诸热疮。黄连浸水或轻用，可治目赤喉口之热症是也。泻心汤之用大黄，即此理也。又如人参、熟地重用，味厚则人阴入血而下达，若轻用味薄，则胸痞胃呆，头胀，阴蒙清府，上达走阳份矣，故头胸反不快也。故用药之轻重，可能变更药性之上下，经方之轻重悬殊，即此理也。医者能洞明药性，颠倒用之，无病不治矣。
气厚者为阳，薄为阳之阴。如桂枝、黄芪、薄荷、荆芥，皆气厚之药也，桂枝、黄芪必微火煮，薄荷、荆芥后入，否则药气已散，不走上窍而入阳之阴矣。如小柴久煮，是不欲发表而欲和解也，亦即阳之阴之谓也。气药薄用，是治里症之法也。如青龙越婢，重用麻黄，欲其外达也。桂甘龙蛎、麻黄附子细辛少用麻桂，是气薄为阳之阴，一走少阳，一走少阴是也。观此四方，先师之用厚薄，一目了然矣。
以上所论为药性之总纲，经方所用，皆以此论而发挥，医者能明了此义，则经方所用之药，思过半矣。
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