1949-1978年，我国最早是由国家对资源进行统一调配，贷款也不例外，政府是所有工商企业的所有人，企业的一切投资都是由国家计划部门调配。就农村领域而言，当时的中国人民银行作为财政部领导的金融主管机构和唯一经营者，建立了遍布全国的农村存贷业务服务网点。与此同时，建立于20世纪50年代的专门为农户生产提供信贷服务的农村信用合作社，与人民银行的农业部及其分部一起，构成了农村金融组织体系。此时农村的两家金融机构，并无竞争的关系，更像是出纳与会计的关系。
1979年，恢复设立农业银行，农业银行作为农村地区唯一国有金融机构，领导信用社，其他专业银行不得在农村设立银行与之竞争。在1983年之前，信用社统一由农业银行管理。1984年，国务院开始对农信社改革，提出把农信社办成“自主经营、自负盈亏”的群众性合作金融组织，这种特殊关系使得农信社带上了官办色彩，1996年，信用社正式脱离农业银行行政隶属关系。2000年，开始试点成立省联社，对县级农信社进行管理。
随着县域农信社相继改制成具备独立法人治理结构的农商行，省联社的行政管理角色与县级农商行（信用社）独立经营之间的矛盾也越发凸显。信用社在县域都是独立的法人，而省联社是由辖内的县级信用社出资成立，这就使得“省联社——县级法人主体”二元管理模式的矛盾也越来越突出，主要体现在：
一是省联社对辖区内县级联社、农商行的人事任免以及任务管理带有越来越多的行政色彩，实际上通过人事管理权便已取得了对农信社的全面管理权，很大程度上影响了农商行的独立经营和公司化运营。
二是对于四大直辖市，主要通过建立统一的省级农商行来进行改革。对于非直辖市等省级地区，则在“省联社——县级联社”二元体制的基础上，通过地方金融监督管理局来代替省级政府履行职责，淡化省联社的行政管理色彩，不断增强辖区内农商行的经营自主性和运营独立性。
当然，现在也有成功的省联社，如宁夏黄河农商行，即通过整合省级联社和不同层级的市县级联社，来逐步改制成独立自主经营的农商行。这主要也是因为宁夏是一个省级架构、市级人口、县级财政的自治区。
大多数地区在推动辖区内农村金融机构改革的同时，更倾向于通过重组合并来提升辖区内农村金融机构的实力，如将规模较小、资质较弱、风险较高的县级（市级）农商行进行整合以成立竞争力更强的市级（省级）农商行。目前关于省联社改革，监管部门也一直在和各地方政府进行沟通，其具体路径也会有差异，但可以明确的是这一过程将较为漫长。
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