清朝入关后， 一开始打着“帮明朝报仇、剿灭流民军”的旗号，更冠冕堂皇宣布要“善待”和“恩养”明朝宗室。
然而，短短两年后，清廷眼看着李自成殒命，南京弘光政权同样轻易覆灭，八旗兵锋已经席卷了神州大片疆土，便认为明朝宗室再无可资利用的政治价值，便对他们开始了大肆杀戮。
公元1646年，清廷发动“金印案”，随口用了「私藏金银印信」「意欲勾结（南明）」「谋逆为乱」等借口，大肆株连，将被俘虏的弘光帝（福王）朱由崧，以及被羁押在京的所有明朝近支宗室，包括潞王朱常淓、衡王朱由棷、晋王朱审烜、荆王朱慈煃、周王朱绍烿、德王朱由栎、秦王朱存烳等，一共13名被羁押在北京的明朝藩王，及其子孙后人，尽数处决于京城菜市口！
同年，清廷更公开发布谕旨：【凡故明宗室……若穷迫降顺，或叛而复归，及被执献者，无少长尽诛之！】（明朝朱氏宗室，如果是迫于无奈才投降，或者反抗过满清却又投降，或者被属下挟制投降，无分年龄老少，全部斩首！）
公元1646年12月，清军攻陷广州，灭亡绍武政权后，制造了骇人听闻的广州大屠杀，在长达十二天的时间内，杀害全城妇孺老幼数十万人。
此外，清军将被俘虏的绍武帝朱聿鐭，以及「周王朱肃罒、益王朱思厶、辽王朱术雅、邓王朱器檙、钜野王朱寿锄、通山王朱蕴钺、高密王朱弘椅、仁化王朱慈魶、鄢陵王朱肃汭、南安王朱企垅、周王世子朱恭棎、辽王世子朱俨镣」等24名明朝藩王及其子孙，一并杀害。
在清军分兵攻略各地时，同样对捕获的明朝藩王大肆杀戮，根据《清实录》统计，遇害名单包括：
樊山王朱常阘、乐安王朱谊石、 曲阳王朱盛渡、西河王朱盛淦、松滋王朱演汉、西城王朱通简、瑞昌王朱谊氻、遂平王朱绍鲲、金华王朱由揾、高安王朱常淇、鲁王朱鼎兆、宜春王朱议衍、贵溪王朱常彪、郧西王朱常湖、南威王朱寅卫、长沙王朱由栉、延长王朱识駉、东安王朱盛蒗、楚王世孙朱盛治……
以及在清廷记载中，误记为“蜀王”的楚藩宗室朱盛浓、忽略了王号，只笼统称为“故明王”的朱常渶、朱由杠、朱常洊等人。
对明朝宗室在亡国时的悲惨遭遇，很多现代论者人云亦云，认为他们「吃垮大明朝，罪有应得」。
然而，明朝灭亡时，如万历帝的爱子福王朱常洵那样，自己肥的流油，却于天下大乱一毛不拔的朱姓藩王，其实只占宗室子弟的绝少部分，
而绝大部分宗室子孙，都是不许科举做官、不许经商营生，只能守着被官僚几经克扣那点禄米，勉强糊口的可怜人。
甚至贫困之极的远支宗室，上奏本想做小买卖贴补生计，皇帝都一边哀叹他们的遭遇，一边以祖制搪塞，不肯允许。他们本身就是明朝畸形宗室制度的直接受害人，又怎么能因明朝灭亡而批判他们呢？
即使是锦衣玉食的藩王，离开四方天的王府超过几里就被当做造反。这些被皇帝和官僚们以层层祖宗法度软禁的高级囚犯，他们除了欺凌小民、聚敛财富、混吃等死，又还有什么人生价值可言呢？
其实明朝一个很重要原因，就在于其彻底失败的宗室制度。朱元璋的宗室制度，相比于此前的汉唐宋各朝，最大弊端在于没有降等袭爵制，导致随着时间推移，每代帝王分藩各个皇子为亲王，每代亲王又分出许多郡王，枝繁叶茂下，给国家造成沉重的经济负担。
而明成祖朱棣以藩王之身夺取皇位后，为防止其他藩王效仿，更是采用以经济特权换取藩王军事和政治权利的方式来削藩，用通俗的话说，就是「国家出钱从生到死，大包大揽，把藩王和宗室都当猪养废。」
明英宗朱祁镇复辟以后，更有鉴于自己土木堡兵败被俘，在京城监国弟弟明代宗朱祁钰，被群臣拥立为帝的教训，从此对藩王更是严防死守。甚至到了连亲王的亲生母妃去世，想回京奔丧都不被允许的地步。
这样一来，明朝人数不断增长的众多宗室，既给国家财政造成了愈来愈重的包袱，又完全不能和此前各朝那样，成为皇权在政治军事上的助力，几乎是整个中国史上罕见的特例，即使是严防近支宗室参政、却重用远支宗亲（曹仁、曹真、曹休）的曹魏王朝，亦不能及。——而由此产生的最大弊端，便是让皇室孤弱无依。
从历史上的两晋南北朝一直到隋朝和唐初，以及北魏、北周、金、辽、蒙元、满清这些胡族王朝，宗王一直是各代皇室的最重要拱卫势力，出将入相，督军地方。
即使唐朝玄武门之变后，唐朝以及之后宋朝的宗室，也可以正常参政做官，入朝可为宰相，在地方可以做知州、刺史，在边疆甚至可为节度使，统领大军。
在唐朝，甚至那些争皇位失败者的子孙也可不被猜忌地得到重用，如废太子李承乾的孙子李适之，唐玄宗时为宰相，吴王李恪的长子成王李千里是禁军大将，孙子李祎更是唐玄宗时一代名将。而著名的权相李林甫，是李渊堂弟的后裔。
在宋朝，如宋太祖赵光义的八世孙赵汝愚，宣麻拜相；如宋孝宗的亲兄长秀王赵伯圭，担任明州知州十年，加馆职龙图阁学士，还曾带兵驱逐海盗。
历史上的明朝皇帝，正是相信了不欲宗室来分享权柄的官僚士大夫那套言辞，以为宗室就是皇权的天敌该被严防，更因此把外戚和武官勋贵的参政渠道也一一堵塞，代价就是朝堂上科举士大夫一家独大，最后皇帝却不得不依靠太监的内官集团来制衡。
可那些挨了一刀的太监们，寡廉鲜耻和聚敛财货原是理所当然，公忠体国才是凤毛麟角，他们连自己的身体和荣辱都不顾惜，又有多少会真心为皇帝不惜一切？
就算太监们忠于某个皇帝私人，也只是以天子家奴自居。明朝太监并不像唐朝宦官那样形成了宦官家族，世代掌有神策军兵权，成为王朝支柱，那他们又怎会真将国家社稷和王朝福祉放心上？
所以，无论汉晋隋唐宋，除了明朝皇帝外，还有谁将自己原本足可制衡士大夫官僚的依靠力量都一一废掉的？
宋朝允许宗室参政，除并无定论的”宋太宗烛影斧声“疑案，三百年内并没有一例宗王谋逆，大明朝从明成祖后严防死守，对宗室之打压纵观以往历朝皆不能比，
然则即使不算朱棣这个“合法转正'的前任燕王，其他公然称兵造反的宗王就有3个，汉王、安化王、宁王一一打脸，图谋不轨有谋逆之心的，还得再加10个不等，如赵王，荆王，辽王……这就是堵不如疏的道理。
根据满清官方档案资料，他们入关时八旗总人口不过区区34万，其中还有26万是历次战争俘虏投降的”汉军八旗”，真正的满洲八旗只有5万多人。而明末的宗室子弟丁口之兴旺，远比当时的满清八旗人数更多。
这些从明成祖朱棣起兵靖难后，就被打压了二百多年的天潢贵胄龙子龙孙，原本应该是明朝皇帝真正的统治基础，是明朝皇室的天然拥护者，也可能是如汉朝之刘秀、刘备那样，朱氏皇朝最后起死回生的备份。
只因为其他所有人都可以投满清，投李闯，只有他们在大明灭亡了，就是死路一条。
然而当明朝中原大乱时，唐王朱聿键（后来的隆武皇帝）率王府护军千人北上勤王，和农民军交锋数次，互有胜负，最后却被勃然大怒的崇祯帝废为庶人，囚禁凤阳高墙，折磨整整七年几乎被整死。
都死到临头了，还拘泥于所谓“祖制”，不肯放下对几十万宗室子弟的约束猜忌，不肯让他们和其他国民一样不受约束地为官从军，白白抛弃了这些皇室之屏藩，是不是明朝皇帝和大臣的责任呢？
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