五行学说和阴阳学说一样，不但是人们认识世界、改造世界的一种世界观和方法论，还是中医学的一个重要治疗依据，至今，五行学说仍然被中医学广泛应用。
(1)借五行“析”五脏。中医学利用五行这一分析工具，详尽解释了五脏之间的关系。五行学说认为，肝喜条达，因此与生发的木对应；心有温照的作用，因此与阳热的火对应；脾主运化，因此与生长的土相对应；肺有清肃的功效，与坚韧的金相对应；肾主水，与寒润、下行的水相对应。根据五行相克相生的关系，可以推出五脏之间的关系。例如根据五行相克，可以做出如下推断：肝主疏泄，可以有效抑制脾的郁滞；脾主运化，可以有效抑制肾水过多，正所谓“兵来将挡，水来土淹”；肾主水，可有效缓和心火过盛；心阳可有效抑制肺过于清肃。根据五行相生，可以做出如下推断：肾精可以养肝，肝血可以养心，心阳可以温脾，脾土可补肺，肺气可助肾水。
(2)观五行识病因。五脏同五行一样，是相克相生的，也表明人体脏腑处于健康状态，人体不会出现什么异常；但若五脏出现乘侮，即五脏中的某一脏在某种因素的影响下，过于充盛或者衰弱，则很有可能会导致其他脏腑出现异常。例如，若脾脏出现异常，有可能会影响肾脏和心，造成背脏、心脏功能素乱。脏腑中若有一个器官发生病变，其他脏腑未必一定会受到影晌。若其他脏腑功能正常、旺盛，则不会受发生病变的脏腑的影响，只有其本身较为虚弱时，才会受到攻击。中医学在应用五行学说寻找病因时，一方面要判断脏腑异常是否是由其他脏腑功能紊乱造成的，另一方面也要认识到脏腑发生病变也有可能是其他外在因素引起的，因此，一定要谨慎，不要“误判”。
(3)利用五行治疗疾病的原则。中医洽疗疾病，不是“一叶障目”，“头痛医头，脚痛医脚”，除了对发生病变的脏腑进行治疗之外，还要诊断是否其他脏腑也受到了影响，若受到了影响，也需治疗。外另五行学说不是万能的，它不能解释脏腑出现的所有问题，因此，在运用五行学说治疗疾病时，要注意其局限性。
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