明清建都北京，粮饷供应仍依靠漕运。通惠河作为南北大运河的北端，也是京城漕运的最重要的河道。
明代通惠河由于城内河段划入皇城，船只不再入城。明正统三年（1438年）五月，在今东便门外修建大通桥，成为通惠河新的起点，所以明代的通惠河也称大通河。明初大运河的漕粮至张家湾停泊，由陆运至京仓，到成化十一年（1475年），明宪宗诏平江伯陈锐疏浚通惠河，虽有所成效，终因水源不足，且河道狭窄，2年后，河道浅涩如旧。明代对疏治通惠河真正取得成效的是嘉靖七年（1528年），由巡仓御史吴仲主持修治的那一次。从嘉靖七年二月动工，3个月竣工。这次成功浚治成为明代漕运的重要转折期。吴仲针对水资源短缺的情况，采取“舟车并进”的措施。首先把码头从张家湾移到通州城北，改原旧土坝为石坝，省去从张家湾至通州的四闸两水关。其二，在通惠河上只保留使用“五闸二坝”，其余闸坝尽行废弃。其三，粮船不在过闸，漕粮由人工搬运到上游停泊的船中，运至上闸，依次办理。另外对闸坝管理也做了改进。这次浚治后，使通惠河“不四月而粮运通行，上下快之”。又称：“是年所费才七千两，运粮二百万石，所省脚价十二万两。”到嘉靖十二年四月工部尚书向皇帝奏表说：“数年以来，漕运通行，国计久赖。所据吴仲建白勤事之劳，似亦不可泯也。”（见吴仲《通惠河志》）
其后几十年通惠河漕运比较通畅。每年漕运粮食从5月至9月可达250万石。到隆庆四年（1570年）三月，御史杨家相主持修复朝阳门外旧河，使粮船可达朝阳门外东大桥。搬运漕粮入仓更加近便。明代末年，由于朝政腐败，水政不修，漕运时断断续续，运粮日艰。
清顺治中，修治通州石坝及通惠河上五闸，恢复了漕运，基本上沿用明代旧制。康熙三十六年（1697年），挑浚东护城河，于朝阳门、东直门两门增设水关，从通州到大通桥下的粮船沿东护城河北上至朝阳门和东直门减少陆运入仓的距离。另外在通惠河上修建滚水坝和月河改善蓄泄能力。清太平天国时漕运中断。漕运作为北京历史上水路运输动脉终于完成了它的使命。
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