唐高宗总章元年（公元668年），李率唐军攻下平壤城，擒高句丽王高藏及其大臣男建等以归，境内尽降，高句丽亡国。至此，高句丽军队也随之瓦解，不复存在。二在军队的指挥系统中，最高统帅是高句丽王。他总揽军事大权，发布战争命令，亲自率军或派遣将领率军作战。建国初期，邹牟王、儒留王、大朱留王率兵征服周边松让、荇人、盖马、句荼、梁貊等部落方国，同时袭取夫余、乐浪、沃沮等。东川王十八年（公元244年），在与幽州刺史丘俭战于沸流水时，高句丽王亲率步骑2万人。在著名的好太王碑中记载关于好太王时期的八次军事行动中，好太王亲率大军前往的就有五次：
永乐五年（公元395年），岁在乙未，王以稗丽不归##，躬率往讨。
六年丙申（公元396年），王躬率水军，讨伐残国。
九年己亥（公元399年），百残违誓与倭和通，王巡下平壤。
十四年甲辰（公元404年），而倭不轨，侵入带方界??王幢要接荡刺，倭寇溃败，斩煞无数。
廿年庚戌（公元410年），东夫余旧是邹牟王属民，中叛不贡。王躬率往讨。
根据《三国史记》的记载，高句丽国王一般要将军权委派给具有杰出军事才能的重要人物手中，如太子或是中央高级官员。“三十三年（公元!,年）春正月，立王子无恤为太子，委以军国之事。”（《三国史记·高句丽本纪第一·琉璃王》）“八年（公元25年）春二月，拜乙豆智为右辅，委以军国之事。（”《三国史记·高句丽本纪第二·大武神王》）“六十九年（公元121年），十一月，王以（弟）遂成统军国事。（”《三国史记·高句丽本纪第三·太祖大王》）“二年（公元166年），拜答夫为国相，加爵为沛者，令知内外兵马，兼领梁貊。”（《三国史记·高句丽本纪第四·新大王》）“三年（公元250年）春二月，王命相明临于漱兼知内外兵马事。”（《三国史记·高句丽本纪第五·中川王》）“十一年（公元280年）冬十月，拜达买为安国君，知内外兵马事，兼统梁貊。”（《三国史记·高句丽本纪第五·西川王》）高句丽后期，中央军事权力集中于大对卢和莫离支手中。
地方军事指挥体系大体与同一时期的地方行政体系基本一致。高句丽建国之初，先后征服了松让国、荇人国、东沃沮、句荼国、盖马国、梁貊国，或是以其地为城邑，或是以其王为当地之主，实行管理。好太王、长寿王时期，高句丽先后又占据了辽东、玄菟、乐浪、带方等地，在这些地方设立郡县，建立地方行政体系，对地方进行有效管理。据《两唐书·高丽传》记载，高句丽根据各州县大小不等，于大而重要的城邑设置褥萨，于一般州县设置道使，作为地方行政长官。除此之外，地方上还有五部部长、褥萨、太守、宰等官职。《三国史记》载，西川王“十九年（公元288年）夏四月，王幸新城，海谷太守献鲸鱼目，夜有光。”（《三国史记·高句丽本纪·西川王》）烽上王“五年（公元296年）秋八月??，王以高奴子为新城太守。”（《三国史记·高句丽本纪·烽上王》）烽上王“二年（293)年）秋八月，慕容来侵，王欲往新城避贼。??时新城宰北部小兄高奴子领五百骑迎王，逢贼奋击之，等败退。??”（《三国史记·高句丽本纪·烽上王》）《三国史记·高句丽本纪·美川王》中还出现有“鸭绿宰”之职。
高句丽在设置郡县的地方置太守，作为郡一级地方或城邑的行政长官，置宰于小的城邑。无论太守还是宰，抑或是五部褥萨，他们都既是地方长官又是军事指挥官。公元293年，在慕容进攻高句丽之时，新城宰高奴子率领五百名骑兵，前来退敌，迎接国王，就很好地证明了这一点。那时，高奴子作为西北地方的新城之宰，不但是地方长官，而且是军事指挥官。
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