五行学说在治疗上的应用是比较广泛的，它不但适用于药物治疗方面，也同样指导着针灸疗法或精神疗法等。
在针灸疗法上，针灸医家将手足十二经四肢末端的穴位分属于五行，即井、荥、俞、经、合五种穴位分属于木、火、土、金、水，临床根据不同的病情以五行生克乘侮规律进行选穴治疗。
精神疗法主要用于精神疾病。情志生于五脏，五脏之间有着生克关系，所以情志之间也存在这种关系。由于在生理上人的情志变化有着相互抑制的作用，在病理上和内脏有密切关系，故在临床上可以用情志的相互制约关系来达到治疗的目的。如“怒伤肝，悲胜怒……喜伤心，恐胜喜……思伤脾，怒胜思……忧伤肺，喜胜忧……恐伤肾，思胜恐。”（《素问·阴阳应象大论》）
悲为肺志，属金；怒为肝志，属木。金能克木，所以悲胜怒。
恐为肾志，属水；喜为心志，属火。水能克火，所以恐胜喜。
怒为肝志，属木；思为脾志，属土。木能克土，所以怒胜思。
喜为心志，属火；忧为肺志，属金。火能克金，所以喜胜忧。
思为脾志，属土；恐为肾志，属水。土能克水，所以思胜恐。
可以看出，临床上依据五行生克规律确定治疗方法，确有其一定的实用价值。但是，应当指出，并非所有的疾病都可从五行生克这一规律来治疗，有些疾病需要用的就用，不需要用的就不用，绝不要机械地生搬硬套。换言之，在临床上既要正确地掌握五行生克的规律，又要根据具体病情进行辩证论治。
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