今天主要介绍下easyTCGA
包的getmirnaexpr()
和getsnvmaf()
函数的使用,一个用来下载和整理miRNA
的表达矩阵,另一个用来下载突变信息的MAF文件
。
getmirnaexpr
TCGA project
名字即可;miRNA
的counts,rpm
2种表达矩阵;output_miRNA_expr
文件夹下,并且同时保存rdata
和csv
两种文件格式;临床信息数量以及顺序和表达矩阵完全一致,无序再次整理;GDC TCGA
官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)保持一致;getsnvmaf
TCGA project
名字即可;TCGA MAF
文件(masked annotated somatic mutation)以及对应的临床信息,并自动保存到当前工作目录下的output_snv
文件夹下;maftools::read.maf()
函数读取,无需再次整理我已经把视频版教程放在了bilibili,大家可以去查看更多细节:https://www.bilibili.com/video/BV1mP411m7Rc/。
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