石正丽团队合影
2002年底到2003年上半年，一场严重急性呼吸综合征（简称SARS）病毒的爆发，导致8000人被感染。这些病毒究竟来自于哪儿，又是怎么到果子狸身上的？
这场致命疫情成为石正丽带领其团队的“病毒猎人”们研究的对象。2004年，石正丽和当时还在中科院动物所工作的张树义研究员，踏上了追踪SARS冠状病毒源头的征程。
他们满世界寻找尚未感染人类的病毒，最终确认蝙蝠是SARS样冠状病毒的自然宿主，甚至不断聚焦——SARS冠状病毒起源于菊头蝠。十余年追溯，仅云南一处蝙蝠洞的采样工作，就持续了5年。
石正丽团队在野外作业
只要听说有蝙蝠的地方他们都会去，团队足迹遍布我国28个省市，像大海捞针一样。
白天，研究人员就悄悄进洞，在蝙蝠群下方铺好塑料薄膜，夜里或第二天来收集薄膜上的蝙蝠粪便，带回实验室冻存。一些烈性病毒潜伏在蝙蝠的尿液里。采集样品的研究人员总是要全副武装，穿连帽的防护服，戴手套，戴N95口罩。
“在它们肆虐之前，把它们研究清楚，阻击新发传染病。”
石正丽团队成员采集蝙蝠拭子样本
团队发现了完整的SARS样冠状病毒基因库，揭示了SARS病毒的蝙蝠起源与生态传播链，可以让疾控专家用软件提前模拟出还没有出现过、很可能出现的、能够感染人类的病毒，为提前研究疫苗、研究对策提供了理论支撑。
其中关于SARS病毒溯源的代表性研究成果发表在Nature、Science等顶级学术期刊上，此项研究开创了国内系统研究蝙蝠病毒的先河，石正丽被称为“蝙蝠女侠”，该研究团队也成为国际上蝙蝠病毒研究领域最有影响力的实验室之一。
石正丽在肯尼亚做进入蝙蝠洞穴采样前的准备
2013年，中-非联合研究中心正式成立，根据非洲资源分布特点和非洲国家实际需求，并整合中国科学院对非研究人才资源，确立了生物多样性保护、生态环境与水资源管理、微生物与流行病防控、地理与遥感信息技术、现代农业技术示范等五个科研合作方向。
石正丽研究员作为中-非中心微生物项目首席科学家，放眼全球，关注人类健康，以科学研究践行“人类命运共同体”思想，带领团队在非洲开展微生物和重要流行病学合作研究，努力为非洲关键性传染病控制作出中国科学家的贡献。
目前，石正丽团队已在中-非中心（肯尼亚总部）逐步建设非洲重要病原微生物检测和传染病诊断的基础研究平台，并开展了一系列非洲病原地理分布、遗传变异规律的研究，包括肯尼亚蝙蝠新型病毒的鉴定和骆驼与人MERS冠状病毒流行病学调查等。
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