天启皇帝临死前，叮嘱崇祯皇帝说，魏忠贤“恪谨忠贞，可计大事”。当时，魏忠贤以司礼秉笔太监提督东厂。魏忠贤的亲信田尔耕为锦衣卫提督，崔呈秀为兵部尚书。朝廷内外遍布魏忠贤的死党。
崇祯皇帝即位后，魏忠贤不敢公然加害。入宫当天，崇祯皇帝一夜未眠，取来宦官身上的佩剑以防身，又牢记皇嫂张皇后的告诫，不吃宫中的食物，只吃袖中私藏的麦饼。
崇祯皇帝像天启皇帝一样，优待魏忠贤和客氏。但一面将信王府中的待奉宦官和宫女逐渐带到宫中，以保证自己的安全。魏忠贤始终无法猜透崇祯皇帝的心思，于是，送一些美女给皇帝。但崇祯帝不好色，对美色毫无兴趣。又怕引起魏忠贤的疑心，崇祯帝将送来的四名女子全部留下，仔细搜身，发现四名女子的裙带顶端，都系着一颗细小的药丸，宫中称为“迷魂香”，实际上是一种能自然挥发的春药。
魏忠贤一计不成，另生一计，就派一个小太监坐在宫中的复壁内，手中持“迷魂香”，使室中自然氤氲着一种奇异的幽香，以达到催情的效果。这一招，同样被崇祯皇帝识破。皇帝对此大发感叹：“皇考与皇兄皆为此误矣！”
此招无效，魏忠贤干脆采用更露骨的试探方式。一些无耻的臣工们仍然不停地上疏，为魏忠贤大唱颂歌。崇祯皇帝读这些奏疏时，总是“且阅且笑”。
魏忠贤向皇帝上了一道《久抱建祠之愧疏》，向皇帝请求停止为他建造生祠。崇祯皇帝的批复不温不火：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”这种顺水推舟之举，抑止了朝野上下对魏忠贤的崇拜，又不致引起魏忠贤的恼怒。
崇祯皇帝还不断嘉奖魏忠贤、王休乾、崔启秀等人。崇祯皇帝正在等候时机，暗暗设法削弱魏忠贤的影响力。
当时，朝廷中的大臣们，都在寻保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有冒死直谏的。最后倒魏，竟然首先是由魏忠贤的党羽发动的。天启七年（公元1627年）十月十三日，御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀，却美化“厂臣”魏忠贤，“呈秀毫无益于厂臣，而且若厂臣所累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿。”崔呈秀在魏忠贤门下号称“五虎”，是魏忠贤的得力干将。由于是魏忠贤的亲信，崔呈秀的儿子崔铎虽然目不识丁，居然也中了进士。除去崔呈秀，等于断了魏忠贤一臂。朱由检免除崔呈秀兵部尚书一职，令他回乡守制。这掀开了倒魏的大幕。
官员们弹劾魏忠贤的奏疏，接二连三地出现了。崇祯帝一直不动声色，任由臣工们攻击魏忠贤的浪潮一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉。
十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏，列举魏忠贤的十大罪状：一、并帝；二、蔑后；三、弄兵；四、无二祖列宗；五、克削藩封；六、无圣；七、滥爵；八、掩边政、；九、伤民财；十、亵名器。钱嘉征此疏的十条罪名大都可以坐实。
于是，崇祯皇帝立即开始行动，召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读钱嘉征的奏疏。魏忠贤“震恐伤魄”，立即去找他的赌友原信王府太监徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤辞去爵位，也许可以保富贵。次日，魏忠贤请求引疾辞爵，得到崇祯皇帝的允许。
天启七年（公元1627年）十一月一日，崇祯帝斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤出京的时候，竟然还带着卫兵一千人、大车四十余辆，浩浩荡荡地向南而去。这无疑刺激了崇祯皇帝敏感的神经。于是，崇祯帝接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。
十一月六日，在阜城县（今河北阜城）南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在客栈中，听着旁边房间里一名书生的《桂枝儿》小曲，最后，自缢而亡。而清算魏忠贤余党的行动也很快着手进行。
此时，明朝中央政府机构中遍布魏忠贤的死党，甚至一批魏党人物以弹劾魏忠贤的功臣自居，以图混淆视听。为此，清算魏党刻不容缓。崇祯皇帝先后任命曹师稷、颜继祖、宗鸣梧、瞿式耜等人为给事中，任命吴焕、叶成章、任赞化等人为御史，以纠弹魏党为职责，掀起一场大规模的清算风潮。从天启七年（公元1627年）十一月至崇祯二年（公元1629年）三月，清查阉党逆案的罗网撒开。除首逆魏忠贤、客氏之外，共列七类：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，分别定罪处置。与此同时，崇祯皇帝下令拆毁各地为魏忠贤建造的祠堂，规定宫中内监不得擅自出京，并要求各地镇守的太监立即办理移交手续，火速返回京城。
在定阉党逆案的同时，崇祯皇帝逐步展开平反昭雪活动，为一些受阉党迫害的东林党人恢复名誉。除恶扬善，求的是上下齐心，一心向善。然而，结果却让崇祯皇帝品尝到了政治的苦涩。
阉党和东林党的斗争由来已久，用清初士人的话来说，“东林未必都君子，而阉党未必皆小人也。”所谓的清除邪恶一方，褒扬良善一方，也只能是相对而已。两党之间的明争暗斗一直持续到清朝统治初年，一心整饬朝纲的崇祯皇帝陷入了一场永无休止的争斗之中。
明朝自万历以来，党争不断，东林与宣党、昆党、齐党、楚党、浙党之间互相攻击，终于，导致天启年间阉党专政的局面。朱由检即位之后的首要举措就是清算阉党，但这只能说是第一步，进一步消除党争是更加令人头疼的大事。
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