讨董卓联盟成立后，针对董卓盘踞的京师洛阳做了军事部署。
东线联军：在酸枣会盟后，联军群雄商议决定，兖州士人武装（包括曹操）屯驻酸枣，豫州刺史孔伷屯驻颖川。酸枣在兖州的最西边，和京城洛阳所在的司隶邻接，驻扎在这里可以从东面压迫董卓。颖川在豫州的最西北，也和京城洛阳所在的司隶邻接，可以从东南方向压迫董卓。
北线联军：在漳河会盟后，袁绍带本部兵进屯洛阳黄河之北的河内郡，韩馥留在邺城供应军粮，另遣都督从事赵浮、程奂带兵一万人协助，与河内太守王匡屯兵河阳津。河阳津是黄河渡口，由此渡河可直逼黄河南岸的洛阳城。张杨和於夫罗刚刚投机过来，不想卖命，因此驻军在漳水河畔，没有赶往讨董卓的前线。
南线联军：南线的袁术此时自身尚且难保，还谈不上什么军事行动。
控制了朝廷的董卓看似强大，其实正陷入严重的危机当中。当然，这危机并不仅仅是因为群雄起兵，它们本来就存在，只是由于群雄起兵而突然严重起来。
危机之一：白波军对洛阳到关中交通线的威胁
白波军是黄巾余部，在188年兴起于并州西河郡白波谷，故得此名。189年灵帝死，何进和宦官争权，之后又是董卓进京，朝中大乱，没有能力派兵讨伐，因此队伍壮大起来，到189年底发展到十几万人，在11月的时候攻打司隶河东郡。董卓派女婿牛辅带兵讨伐，从11月打到第二年的1月，不能取胜，白波军有趁势南下的趋势。此时关东群雄起兵，董卓三面受敌，若白波军再南下渡过黄河切断洛阳和关中的交通线，董卓将被困在一隅之地的洛阳，四面受敌。而且董卓军队的精锐是凉州兵，凉州兵恋家情结很重，若西返凉州的交通线被切断，必然军心大乱，那时将会不战自败。
危机之二：皇甫嵩起兵的威胁
关于东汉末年第一名将皇甫嵩的情况前面已经交代过。凉州羌人在韩遂等领导下叛乱，攻掠关中，朝廷派他为主帅与董卓带兵4万前往讨伐，皇甫嵩用疲敌之计大破敌军，关中暂时平静。灵帝死后，董卓带三千亲兵进京，剩余兵力都归皇甫嵩统领，因此皇甫嵩有兵3.7万人，不仅兵力不少，而且都是久经战阵，战斗力很强。当时还有任扶风太守的盖勋及其部曲的支持，盖勋是刚刚崭露头角的一员名将。这两个人带重兵驻扎在关中一直是董卓的心头之患。在关东群雄起兵后，董卓对他们更不放心了，若皇甫嵩起兵响应，以皇甫嵩的用兵韬略他董卓根本不是对手，若如此，他将立刻面临灭顶之灾。
危机之三：士人里应外合的威胁
董卓掌权后，本来想通过和士人的积极合作稳固自己的统治基础，然后依靠士人的支持逐步削平地方势力，一统天下，因此在掌权后的四个月里对士人非常信任，却没想到他的信任换来的是士人起兵讨伐他的阴谋的顺利实施。关东群雄起兵后，董卓才意识到他受骗了，士人是根本不会同他合作的。
派兵讨伐士人的叛乱吗？对于以袁绍为首的士人武装，董卓自信有取胜的把握，因为那些士人都没有带兵经验，只会高谈阔论；所带之兵也都没有经过大战锻炼，不是他那虎狼之师的对手。但若要出兵讨伐，派兵少不够用；派兵多朝中那些士人怎么办？董卓虽然靠武力控制了朝廷，但他作为外来的武人，在朝中没有根基，相反倒是士人的势力盘根错节。若大军外出，朝中士人趁机发动叛乱，那他董卓将死无葬身之地了！
此时的董卓，可以说是内忧外患，朝不保夕。
面对如此严重的危机，恐怕即便是后来神机莫测的曹操和深谋远虑的诸葛亮都会感到束手无策，但董卓却轻而易举地解决了！是董卓的智谋更高吗？绝对不是，是他的对手们各自为战，不能团结一心，因此被他轻易地化解。
首先，白波军虽然打败了董卓派去讨伐的军队，但却没有南下，而是突然掉头向东，攻击士人势力统治的兖州东郡，如此一来，对董卓洛阳和关中交通线的威胁解除了，而且关东群雄不得不派兵和白波军作战，从而分散了对付董卓的兵力。
其次，为解除皇甫嵩关中军队的威胁，董卓以皇帝的名义诏皇甫嵩入朝为官。傻子都能看出来这是一个圈套，但一向受忠君思想毒害的皇甫嵩却抱着宁肯被杀也不能违抗朝廷旨意的愚忠接受了！
前面说过，早在皇甫嵩歼灭黄巾军之后，手握重兵，威震天下，有人劝他带兵杀奔京师，废黜昏君，自立为帝，皇甫嵩却以不想背负叛臣之名给拒绝了。后来朝廷征召董卓还朝，让董卓把本部兵交给皇甫嵩统领，董卓不从，有人劝他以不服诏令的罪名诛杀董卓，以除后患，他又以不能背负擅杀大臣的罪名为由给拒绝了。现在关东群雄起兵讨伐董卓，有人劝他起兵响应，和关东士人东西夹击消灭董卓，匡扶社稷，他却又拒绝了！皇甫嵩作为一代名将，不缺乏谋略和魄力，他所缺乏的是政治头脑，因此一再错失良机——董卓虽然是造成天下大乱的直接罪人，皇甫嵩的行为却无异于帮凶。
皇甫嵩应朝廷之命离开军队入朝，盖勋因势单力薄难以和董卓抗衡，只好也应命入朝了。在征召他们之前，董卓在关中设了一个汉安都护，总统西部军事，皇甫嵩等人前脚一走，董卓所设的汉安都护就接管了他们的军队，如此一来，西部的威胁解除了，不仅如此，还得到了一支能征善战的军队，上天真是太眷顾他董卓了！
皇甫嵩的下场如何呢？他刚入朝就被董卓投进了监狱，要不是董卓忌惮他的威名，肯定就把他杀了，最终给了他一个御史中丞的闲官做，受尽屈辱。
后顾之忧解除了，董卓可以腾出手来专心对付起兵的士人们了。他做了三件事。
一是杀了士人在朝中的谋主周毖和伍琼。《后汉书·董卓传》记载：卓因大怒曰：“卓初入朝，二子劝用善士，故相从，而诸君到官，举兵相图。此二君卖卓，卓何用相负！”遂斩琼﹑毖。董卓说：“此二君卖卓，卓何用相负！”（你们两个出卖我，我董卓哪点儿对不起你们了！）可见董卓受骗后的愤怒。
二是毒死了弘农王刘辩。这一招好像不起眼儿，其实却是很有政治意义的一招棋，因为士人并不承认汉献帝，那是董卓立的皇帝，他们心目中的皇帝是原来的少帝，也就是现在的弘农王刘辩，因为这个皇帝是他们过去同外戚何进共同拥立的。他们起兵，除了讨伐董卓，还有一个重要的目标就是扶弘农王刘辩复位。
关于这个问题，有以下两点史料很能说明问题。
一是士人为了使起兵有根据，让东郡太守桥瑁伪造了一份朝中“三公”给各州郡的文书，说我们受到董卓的逼迫，企望州郡起义兵相救。为什么是“三公”的文书呢？为何不伪造皇帝的密令呢？看看后来曹操挟天子以令诸侯之后，针对曹操的几次阴谋无一不假借皇帝的旗号，假借皇帝的旗号不是更有号召力吗？原因应该就是当时士人还不承认董卓所立的汉献帝，只好假托“三公”的名义了，“三公”是皇帝、董卓以下最大的官儿了，而且都是士人。
二来看看士人在酸枣会盟的誓词。誓词里说：汉室不幸，皇纲失统，贼臣董卓，乘衅纵害，祸加至尊，毒流百姓。大惧沦丧社稷，翦覆四海……注意这里面的“祸加至尊”，这指的是董卓毒杀弘农王一事，可以看出在士人心目中，被废的少帝弘农王刘辩才是他们心目中的至尊，而对于董卓不把献帝放在眼里专断朝政的事儿一个字儿没提，因为献帝不是他们心目中的皇帝。
董卓的这一招击中了士人们的要害，使他们的起兵失去了政治目标，从而加速了讨董卓士人武装的瓦解。
第三件事儿就是迁都，这是从根本上解除士人里应外合威胁的办法。你们士人的势力不是在朝中根深蒂固吗？那是在你们经营已久的洛阳，现在给你们迁到长安去，在那个偏远的人生地不熟的地方，看你们能掀起什么风浪！把皇帝和士人迁到长安之后，朝廷就被牢牢地握在手中，不怕士人武装给抢走。士人们在长安没有根基，无法图谋他董卓。长安和关东相距较远，很难和关东群雄联络共同对付他董卓。还有就是留在洛阳的都是他董卓的势力，他就可以专心和士人武装作战了。这可以说是一石数鸟的好办法，于是董卓当即就实行了。
董卓的这几步棋走的非常快，从190年1月群雄起兵，他1月中旬毒杀弘农王，2月初征召皇甫嵩、盖勋入朝，2月中旬开始迁都，前后也就是一个半月的时间。这是董卓的一贯作风，也是他作为武人较那些多谋少决、高谈阔论的士人们的优势所在。
这个时候，士人们在干什么呢？他们在置酒高歌，他们在内部猜忌，他们在观望不前，他们根本就没有好好利用董卓的危机，没有联络皇甫嵩的想法，因为董卓没有给他们时间，也因为士人们对武人的一贯排斥。于是在又一次的较量中，他们输给了董卓。当然，董卓也不是最终的胜利者。
