杨增新初掌新疆，开始迅速清除政敌及哥老会南疆的“戕官”暴动。
但是在哈密和吐鲁番又发生了反对王府的武装起义，很快形成燎原之势。
杨增新根据以往“调解查办”哈密事变的经验，深知单纯恃武力难于彻底解决。
于是釆取收抚之策。
7月间老杨派出通晓维语的都司张彩廷与起义首领铁木耳会面。
7月底哈密王呼吁省府派兵“剿灭乱民”。
但是当时老杨正忙于对付遍及南疆的哥老会“戕官”暴动，并借此机会收编，瓦解伊犁革命党。
他实在是没那个精力。
8月初，他函复哈密回王呼请的申诉，指出“大局尚在可危，斯嫉恶不宜太过。”
劝王爷接受其主张， “将各项差徭酌量减免以便安恍。
他希望哈密王家族能够以大局出发，不要压迫太过，希望能够减免各项徭役及供奉指标，让老百姓舒缓一下。
但回王与部下尚不理解其用心，仍积极准备“进剿'， 呼吁援军。
杨又向回王申明收抚之理，并严斥部下“进剿”非计。
老杨再次向回王申明以安抚为主的方针，同时对部下发兵围剿的计划给予痛斥。
老杨很清楚，谁才是真正的“敌人”，那个时候，哥老会已经和省府形成了东西对峙之势。
内部伊犁革命政府冯特民，李辅黄也在虎视眈眈 。
哈密，吐鲁番的暴动充其量就是“疖廯之患”而已。
9月间，杨又派出心腹营长李寿福与哈密绅耆携大批礼物，借着同为教门之人的名义与铁木耳见面。
在铁木尔的军营里，李寿福操如簧之舌，进行诱降，最后手捧古兰经盟誓，忽悠的铁木耳“涕泪交流”，深刻地认识到自己的错误，决定走正路，双方达成了招抚协议。
1913年初夏，铁木尔率120名精兵进入迪化接受省府招安。
随后哈密起义军被收编为“定边马队”第三营，铁木尔任营长，调驻迪化。
老杨不放心，把铁木尔放到眼皮底下看起来。
吐魯番义军首领穆依登也方式以同样的被收抚，调来省城。
但老杨预料二人不会从此就范，派出心腹到二人军营担任监军，监视二人的一举一动。
李寿福留驻哈密善后，把铁木尔残部遣散回家，查缴所有遗留民间及隐藏起来的军械，并将铁木耳委派的村长全部撤换掉。
就这样，老杨三板斧一下，哈密，吐鲁番的暴动军土崩瓦解，群众基础被破坏殆尽。
如此一来，哈密王又看到了希望，于是马上开始了“反攻倒算”。
大肆屠杀曾经参加暴动的维族农民，并大量加派各种苛捐杂税，意图弥补被暴动军造成的损失。
此时在迪化的铁木尔，日子并不好过，老杨的监军把他看的死死的，举手投足都要小心翼翼。
部下不停的在耳边煽风点火。
哈密的反攻倒算给了他借口，于是他和部下商量着，反出迪化，再树大旗，他们开始秘密向哈密运送枪械。
俗话说“家贼易防，小人难料”，他们中间就有老杨安插的维间。
他们的每次密谋及欲再次起义的计划，都原原本本地呈递到老杨案头。
1912年9月6日回队统领马福兴以开会为名把铁、依二人诱致统领署捕杀。
铁木尔手下120名精兵也被全部砍头。
8日省城贴出铁木耳等“谋逆伏法”的告示并将二人人头示众。
从1914年开始到1919年底，老杨完成了对哥老会，伊犁革命党的肃清与整合，完成了伊犁、塔城的统一，并把原直隶于中央的阿尔泰并入新疆。
老杨在新疆站住脚了。
再把目光回到科布多-援科之役失败
1911年外蒙古宣布独立，次年向西进攻科布多城〈今蒙古国科布多省省会）。
科布多参赞大臣溥润一面率兵抵抗，一面向中央告急。
北京政府即电令阿尔泰办事长官帕勒塔与新疆都督杨增新出兵增援。
6月15日，杨增新令古城城守尉忠赐招募流散旗兵，编为马队一营，与古城镇军协统王佩兰所属步队一营，于 8 月 14日携带三个月粮草由古城开拔赴科。
8 月下旬，杨增新又从省军中派出马步各一队并炮兵 50 人，由张鸿畴统领作为第二梯队援科。
同时，他又在迪化、古城一带招募流民组成步队一营，交由新任科布多参赞延年指挥， 支援科布多。
截至 8月, 新疆方面援科兵力总数在 1000 人以上 。
为解决兵力的不足, 杨增新还电请伊犁镇边使广福选拔步队一营, 由伊犁方面出人和武器装备, 省城方面准备军饷, 赴援科布多。
到9月下旬，援科的军事部署基本完成了。
杨增新根据新疆实际情况制定了高筑墙，缓进的进军战略。
当时新疆军队有步队与马队之分。
新疆缺粮，如果使用步队，每人只需一驼便可带足所需粮料， 而马队则需三驼才能带足。即同样数量的军队， 步队比马队可节省两倍的粮料和运费。
所以，杨增新主张尽量用步队代替马队。
为了给大军建立稳定的后勤供应基地，杨增新除命令北上的严保清、有世两营带足三月粮食备用外，还专门派出旗兵一队、步兵两队前往后路驻扎。
在元湖等地安设台站，由新疆陆军混成旅旅长蒋松林负责指挥。
每开始驻扎，都要向老杨电报请示，详细汇报驻扎地的地理地势，土壤水源等基本情况。
军队驻扎途中，必须修建坚固的营盘，甚至营盘的瞭望杆的高度，老杨都要一一过问。
他还指示蒋松林筹设电线至元湖以通信息。
这种缓进急战的举措，大大耽误了援科的进程，等科布多陷落的时候，大队兵马还在路上慢腾腾的行军。
沙俄的干涉：
除了老杨消极的援科态度之外，外部的国际环境也对此次援科行动添加了阻碍，尤其是沙俄的阻挠。
俄国千方百计阻止中国军队增援科布多。
8月，俄驻华公使库朋斯齐两次照会北京政府，就中国向科布多派出援军一事提出抗议，并声称如中国军队进入外蒙古，俄国必然进行干涉。
为此，俄国不仅向乌里雅苏台派驻了军队，还向科布多派出半连哥萨克骑兵，以协助外蒙军进攻科布多的中国守军。
同时，俄驻迪化（今乌鲁木齐市）领事也照会杨增新， 指责新疆出兵科布多和喀什噶尔将导致中俄重大冲突。
并声称如果造成地方混乱，应由新疆负完全责任等。
援科军队出发后，为了减少不必要的麻烦，杨增新专门给军队配备了俄语翻译，准备随时与俄国交涉。
1912 年 8 月 20 日，溥润在奋战两个多月之后，决定接受俄国领事的“调停”，交出城池，率领官民返回内陆。
科布多失守之时, 新疆派出的步兵严保清一营 、旗兵马队有世一营已行抵大营盘, 距离科布多5站。
此时俄国又开始干涉了, “ 劝令两相罢兵” 。
在这里，毛子开始装好人，规劝他那个傀儡干儿子-外蒙政府和老杨的军队，双方不要接火，各自退回驻地。
由于新疆后续部队未到, 严 、有两营兵力单薄, 而大营盘在军事战略上无险可据, 面对的又是占据优势的外蒙傀儡部队。
于是二人退扎察罕通古。
杨增新责令二人“ 稳守察罕通古,不可再退一步” 。
更严催后援部队快速开拔进扎锡伯图、察罕通古一带, 以期相机进取, 夺取科布多。
并要求前敌指挥蒋松林旅长大胆前进, 对俄国干涉“ 用文明手段以办交涉, 用权变方略以制喀匪” 。
这个时候，老杨倒是热血上头了，准备在大部队集中上来的时候，干脆一鼓作气把科布多夺回来。
不光是科布多，连同库伦也一起收回，连同那些“卖国割土”的反叛分子们给一勺烩喽。
实话说，老杨这个时候，还是真有这个实力，不光是他，当时的阿尔泰办事长官-帕勒塔亲王尚与杨增新同有收复科布多之心。
帕勒塔是土尔扈特部东路右旗第五代 郡王巴雅尔的独生子。
宣统三年二月四月（1912- 1. 22）,清廷委帕勒塔岀任科布多第三任办事大臣。
同年五月十七日袁世凯改科布多办 事大臣为阿尔泰办事长官，任命帕勒塔为第一任办事长官，督办西北边防,并以其“赞其共和”有功，晋升为亲王。
科布多失陷后,阿尔泰地区便成了军事第一线。
沙俄政府又驱使傀儡军乘胜迅速占领了阿尔泰东边的萨克赛等地方。
协迫阿尔泰所属蒙（古）、乌梁海诸部背叛祖国，接受库伦傀儡政府封号、印信和俄国的枪支。
10 月 21 日, 杨增新电请中央命令, 希望进军收复科布多:“ 俾得收回领土, 接续东图”
希望收复科布多之后继续进军库伦的愿望。
俄国驻乌里雅苏台领事向新疆方面表示 :
由于新疆援科部队的到来, “ 雅克台 、奇尔克台地方颇怀畏惧, 故暂归俄国保护… …若你们官兵前来, 我必有以回敬”, 并且“ 调兵千名接防乌库两处”
而北京对于新疆进兵科布多之举亦“ 屡屡电阻” 。
在沙俄的干涉下，北京政府方面怂了，开始命令新疆部队不得继续前进。
在此形势下, 杨增新只得电令援科军队不能冒昧前进, 以免“ 酿衅端”, 难以交涉 。
可以说, 收复科布多的计划在此已然破产。
新疆部队被迫折回，暂时在察罕通古驻扎。
察罕通古位于阿尔泰山南麓山口，战略位置很重要。
首先，察罕通古是科布多一古城驿道的中继站，与两者的距离大致相等。
其次，察罕通古水草肥 美,利于军队驻屯，而往南则多为不毛之地,不利 军队的休整与补给。
另外，察罕通古离新土尔扈特、 新和硕特、扎哈沁等部落的游牧地都很近，新疆军队的进驻有利于争取他们政治上的归附，进而获得 他们的支持，便于探取外蒙军的情报。
最后，察罕通古多山，利于步兵防守而不利于骑兵机动。
其往南 除北塔山外再无险可守，如果被外蒙控制，新疆则门户洞开。
阿尔泰之战
因此，察罕通古便成为双方军队争夺的焦点
1913 年初, 外蒙古部队 1000 余人进驻乌梁海大庙, 距科 ，阿门户布尔根河仅两站 。
同时, 乌梁海亦是通往阿尔泰地区的捷径, 形势骤然严峻 。
1913 年 3 月 31 日, 俄驻迪化领事发出照会威胁 :“ 中国军队万不可逾越阿尔泰山之北, 如果贵国军队调往萨克赛河, 我国自有对待之法。
其阿尔泰及沙拉苏美等处, 难免我国不发军队占据。”
而此时的外蒙古傀儡政权也在干爹的支持下, 于 1913 年 5 月 22 日照会中方前敌官兵。
颠倒是非, 言中方军队驻扎之察罕通古, 系蒙古地方, 口气十分狂悖。
杨增新令驻察罕通古团长张键回应:“ 蒙古地方本为中国完全领土……盖为保存领土起见, 自应不受他人干涉”, 若外蒙古“ 妄开边衅, 则我国领土所在, 我国官兵实难稍为退让” 。
然而库伦傀儡政权在俄国的支持下越来越猖獗。
限令我国军队于十日内退出察罕通古, 否则就要大军压境。
7 月 4 日夜, 约有四五千敌人袭击驻察罕通古新疆军营, 我军与库伦傀儡军战至天明,
敌军始退。
是役毙敌 200 余人 、战马 300 余匹, 夺获枪械数十支, 我军伤亡官兵 160 人 。
这是当地军队与外蒙古第一次正面交锋。
7 月 11 日, 两军再次交锋, 是战毙敌 100 余人, 击毙敌马 200 余匹。
我军营长马得贵阵亡, 其余各营兵丁伤亡 12 人。
小马队马匹因在营外放草, 被敌开花炮惊走敌境, 遗失40 匹。
这次战后, 敌人败退 20 余里, 我军因兵力单薄, 亦未远追 。
两次交逢, 我军均取得胜利。
停战
1913年8月，蒙军被迫撤退，双方议约停战。
1913年8月份，中俄谈判在阿尔泰正式举行。
中方代表是阿尔泰办事长官帕勒塔， 俄方代表是驻阿尔泰领事库孜敏斯齐。
10 月，双方协议草拟成《阿、蒙双方停战临时条约》。
是年12月21日，帕勒塔与库孜敏斯齐进行了第二轮谈判，最后签订了（《阿尔泰、 科布多中蒙军队驻扎界线临时停战条约》） （简称《阿科临时停战条约》）。
此条约较前拟草约，删去了有关科阿划界，哈萨克人可任便迁徙和自由通商等内容。
核心内容主要有两条
1，中国军队与外蒙古军队, 自此条约有效期内, 均以阿尔泰最高分水界自森( 圣) 彼得堡条约第八条内载之奎屯山起,
东至江哩什,顺布尔根河至济尔喀朗河口,再东南经察汗通古之西北陶甘策
至喀尔根图阿满止为界。
驻察罕通古一带中国军队, 于条约签字后三个月内, 退至新疆元湖一带地方。
此条约系指双方驻军地点而定, 不牵涉科 、阿疆界问题。
这样，中国遭受的损失相对要少一些。
2，在停战期内, 中方驻阿尔泰兵力维持现状, 在科布多的外蒙古军队, 亦不得增加 。,
据此协定, 杨增新要求部队在撤军过程中节节设防, 以防敌军偷袭。
虽然期间外蒙古军队不断暗袭我军, 甚至提出进驻哈布达盖山 ，白塔山等阿尔泰属内逼近新疆要地的要求, 但双方最终均在规定时间内撤军。
但此条约是沙俄侵略的产物，还是将阿尔泰所属的阿尔泰乌梁海部的牧地萨克赛等地.以及布尔根河以东新土尔扈特部牧地划在科布多库伦叛军驻军界线之内。
所幸的是第二年（1914）3月21日，双方遵照此条约退兵，科阿战争，方告平息。
其后，又经多方交涉，沙俄政府不得不指示其驻北京公使,于同年7月6日，复照中国外交部宣告： .中国所提议停战条约期满后，毋再续订 ……”段到此《科阿临时停战条约》便失去了效力。
但划在科布多库伦叛军驻军界线之内的牧地，并没有随着条约的废弃而归还阿尔泰地区。
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