袁世凯死于1916年6月6日，随后北洋军阀分裂为皖、直、奉三大派系，皖系段祺瑞在日本的支持下，控制皖、浙、闽、鲁、陕等省；直系冯国璋在英美的支持下，控制长江中下游的苏、赣、鄂及直隶等省；奉系张作霖以日本为靠山，占踞东北三省。另外仍有山西的晋系军阀阎锡山，徐州一带张勋的定武军，西南的滇系军阀唐继尧和桂系军阀陆荣廷等。
北洋军阀势力分布图
1917年7月，总统黎元洪与总理段祺瑞爆发“府院之争”，张勋应黎元洪邀请入京“调停”，赶走段祺瑞复辟帝制，不久段祺瑞回兵反攻重掌大权，张勋势力遂告竭。段祺瑞企图武力统一全国，激起南方革命派及西南军阀的反对。
1917年8月，第一次护法战争遭到北洋军武力镇压，1918年5月护法战争失败，皖系段祺瑞取得优势。1920年7月，直、奉两系击败皖系，控制北京政权，皖系军阀失势。
皖、奉、直主要军阀势力图
奉系张作霖极力推荐亲日派出任要职，导致亲欧美的直奉与之翻脸，至1922年4月底直奉爆发第一次大战，奉军各部几乎全线溃退，直系军阀取得优势。1924年9月，张作霖借口直、皖系江浙战争，引兵约15万人发动第二次直奉战争爆发，期间冯玉祥等人倒戈发动 “北京政变”，随后与张作霖勾连控制北洋政府，直系军阀随即失势。
奉军南下大举进攻，到1925年占领上海，同年10月孙传芳由江浙边境驱逐奉军，据有东南数省，且又有张作霖、冯玉祥反目，郭松龄倒戈反奉，奉系军阀势力大大衰退。
冯玉祥
此外盘踞西南的滇系、桂系、粤系、黔系、湘系和川军等军阀，也具备一定势力。滇系军阀早期以唐继尧为首，主要辖滇、黔两省，相对强势。1927年2月滇系内部发生政变，云南四镇守使倒唐，拥戴龙云为滇系首领，加入国民政府，内部较为统一。
唐继尧
桂系军阀早期以陆荣廷为首，最强盛时曾控制着两广地区，后来内部矛盾形成李宗仁、白崇禧为首新桂系取代陆荣廷。李宗仁和白崇禧此后加入国民政府，存在时间较长。
黔系军阀以刘显世为首，主要势力范围在贵州，军队实力较弱，加入国民政府后，于1935年2月被红军在遵义地区击败，被蒋介石直接收编，黔系军阀就此消失。
湘系军阀以汤芗铭为首，势力主要在湖南，护国战争中汤芗铭出逃投靠直系，湘系军阀就此消失。
粤系军阀早期以陈炯明为首，后以陈济棠为首，是民国初期的军阀之一，但存在时间较短，在北伐之前，国民革命军扫灭陈炯明，其后蒋介石与广东军阀陈济棠同床异梦。
川军势力主要在四川，彼此间多不相统属。
军阀乱斗
西北军阀中马家军势力较为强劲，其势力主要在宁夏、青海、新疆一带，主要由马步芳、马鸿逵和马鸿宾组成“西北三马”；
马家军
陕西各路军阀不相统属，先后出现过刘镇华、杨虎城、郭坚、党玉琨等多股势力；新疆军阀
与陕西的状况类似，先后出现过杨增新、金树仁、盛世才等势力。
这个阶段南方国民革命政府建立，并与中国共产党联合准备推翻军阀统治。1926年《中共中央局向中央执行委员会扩大会议的政治报告》：“军阀的势力已日就崩溃，皖系军阀已等于消灭，直系在表面上好像复兴起来，实际已成强弩之末，最有力的还是奉系军阀；军阀之致命伤要算是内部分化，最显著的如冯玉祥及郭松龄之倒戈，此外如方振武、唐生智均已归到革命旗帜之下，甚至于杨森、王天培等许许多多小军阀，都有离开军阀归到革命、离开帝国主义者接近苏俄之倾向。”
北伐军
1926年7月，国民政府成立国民革命军从广东起兵北伐，连克长沙、武汉、南京、上海等地，基本消灭吴佩孚、孙传芳的主力，之后在西北军冯玉祥、晋（山西）军阎锡山加入国民革命军队列，合力于1928年攻克北京，致使北洋奉系的张作霖撤往东北并被日本刺杀于皇姑屯，张学良于宣布东北易帜，至此北伐完成，北洋军阀统治覆灭，各地军阀改头换面在形式上渐次归服于背叛革命的蒋介石国民政府，继续阻碍中国革命的发展，等待着历史对其命运的最终裁决。
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