在结束了灭金之战后，窝阔台再也不愿承受亲征之苦，后续的蒙宋战争及西征都是交由宗室重臣与朝中大将负责，而他除了配合耶律楚材搞搞内政外，剩下的大部分时间都交给了醇酒与美色，且毫不节制，恣肆放纵。
原本强健的体魄，在酒色的腐蚀下，渐渐衰弱，直至彻底掏空。
公元1241年十一月，窝阔台游猎归来，进行了人生中的最后一次放纵，至此便再也没有醒来。终年56岁。
窝阔台并不喜欢长子贵由（自幼体弱多病，还有拘挛症，手脚不利索），生前一直想立三子阔出为继承人，可惜阔出在伐宋战争开始不久就染病而亡了。悲痛过后，窝阔台便准备立阔出长子失烈门为继承人，但未及立诏，便突然病亡。这给后来的汗位之争埋下了巨大隐患。
窝阔台的皇后是乃蛮部的大美女脱列哥那，史称乃马真后，他偏爱长子贵由。窝阔台死后，贵由尚在归途，乃马真并未遵照窝阔台的遗愿立孙子失烈门为汗，而是在未与宗王贵族商议的情况下，强行临时称制，史称“乃马真摄政”，其目的便是为儿子贵由的继位扫清障碍。
国相耶律楚材对此极为不满，但无力阻止，遂称病不朝。东道诸王之一的铁木哥斡赤斤（铁木真幼弟）见此情形，便决定起兵夺权。大军开至和林（1235年，窝阔台在此建城，并定之为蒙古帝国国都，今蒙古杭爱山南麓），适逢贵由东归，遂以奔丧为由糊弄了过去，不久便引兵回国。
蒙古的汗位是由忽里勒台（蒙古诸王贵族议事大会）决定的，为了确保儿子能顺利继位，乃马真推迟大会的举行，同时滥行赏赐宗室和大臣，以取得他们的拥护，并清洗朝中一切反对力量，连耶律楚材这样的能臣都未能幸免，最终抑郁而终。
公元1243年，拔都得知乃马真皇后要推举他横竖看不上眼的贵由为汗，便称病不再东归，而是令速不台与其他诸王继续东返。
由于拔都是宗王之长（铁木真长子术赤的继承人，西征统帅，在地位上相当于黄金家族第三代的大哥），所以乃马真皇后多次遣使催促拔都赴会，但拔都虽当面许诺，却压根儿没打算去，最终只是让弟弟别儿哥代为与会。
公元1246年8月，忽里勒台终于得以召开，此时距离窝阔台去世已经过去了五年。
乃马真皇后五年的准备工作没有白费，会上贵由顺利被推举为汗，在一番劝进表演后，贵由同意登位，并提出条件：未来的汗位必须由其子孙世袭。与会贵族对此宣誓同意。
贵由即位后，乃马真皇后仍在干涉政事，直至数月后去世，贵由才得以亲政。
品尝到权力的滋味后，贵由终于理解了那句箴言：爸爸的快乐你体会不到啊！什么勤于政事，什么整饬朝纲，这跟他有什么关系？沉溺于酒色之中，体会父亲的艰辛，这才是孝子的表现。
乃马真皇后称制的五年加上贵由亲政的两年一共七年时间，这对奇葩母子，生生把一个朝气蓬勃的大帝国搞得乌烟瘴气，奸佞满朝，统治腐败，法令不一，政出多门，整个国家机器运转失衡，而且搜刮无度，致使各族百姓生活困苦。同时宗王内部的矛盾愈加深重，蒙古帝国的分裂已经初现端倪。
公元1247年，贵由因拔都当初拒绝参加忽里勒台而怀恨在心，决定西征讨伐。
公元1248年春，进军途中，本就体弱多病，身子亏虚的贵由突然病情恶化，不久离世，时年43岁，在位不足两年。另有说法：贵由是被拔都所派的奸细毒死。
贵由生前并未确立继承人，于是其皇后海迷失在他死后，便向宗王之长拔都及唆鲁禾帖尼（拖雷的正妻，拖雷家族的掌权人）请求先由自己摄政称制，以等待新一届大汗的选出。拔都与唆鲁禾帖尼早已结盟，他们也想趁此机会，推选自己人上位，遂同意了海迷失后的请求，给双方都留足准备时间。
海迷失想效仿乃马真后立自己的长子忽察，或者是原先的继承人失烈门，总之还是要立窝阔台一系的后人为可汗。但拔都岂会让他如愿。
公元1250年，拔都邀请诸王在他位于中亚的领地召开忽里勒台，窝阔台系和察合台系两支诸王，多数拒绝赴会，海迷失后也只是派了一个大臣代为与会。因此这场大会其实就是术赤系与拖雷系操控的选举大会。
会上有人建议拔都为汗，但被他果断拒绝。由于术赤的出身问题，导致他们这一脉的继承资格始终不被承认，所以他也不屑去找骂，还是履行盟约，辅助拖雷系上位。拖雷作为成吉思汗的幼子，本就继承了成吉思汗的遗产，是符合蒙古传统的合法继承人。
最终在拔都的操控下，拖雷长子蒙哥被拥戴为蒙古新任大汗。
为了让蒙哥的继位更具合法性，拔都与唆鲁禾帖尼反复游说，最终获得了一部分窝阔台系和察合台系家族成员的支持。
公元1251年，正式的忽里勒台在蒙古本部召开，东西诸王宗室皆有代表参加，结果也未出意料，蒙哥的汗位被正式确定。
面对这样的结果，窝阔台系宗王多有不服，在海迷失的策动下，阴谋造反，后被蒙哥及时镇压。海迷失后还想搞巫蛊诅咒，被蒙哥下令逮捕，剥去衣服受审，继而缝入一口袋，投之河中溺死，失烈门被牵连，也被处死，长子忽察被流放。
自此汗位继承，便由窝阔台系转移到了拖雷一系，黄金家族内部出现巨大裂痕，蒙古帝国的分裂进一步被加速。
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