历史学的研究是立足于时间之上的，在关键时刻，某个时间点便意味着“划时代”。时间的重要性在此不言而喻。不同的时段具有明显的差异特征。永历朝共计十六年，中间经历了多次大的政治变局，在不同的时期，永历朝政治群体面临不同的政治形势，政治群体也存在很大的变动。例如隆武二年，永历帝“立百官，行监国事”，标志着永历朝政治群体的正式形成。永历二年，金声桓、李成栋相继反正，表明外部势力开始介入到永历朝政治当中，永历五年，“孙可望使其伪将吴都督至南宁，劫上求册宝专制，大学士严起桓死之，并杀给事中吴霖等十余人”，“冬，孙可望遣兵胁上居兴隆，百官虞卫死亡溃散，从上者百余人；永历九年，孙可望取给事中雷德复等十七人，杀之于贵州”。这两次事件标志着永历朝文官系统的彻底崩溃。永历十六年，吴三桂弑上于昆明，永历朝政治群体从此不复存在。
1、初创时期。《永历实录》载：“隆武二年八月丁酉，思文皇帝遇害于顺昌，全闽陷。”隆武帝的遇害标志着南明小朝廷的再次沦陷，由于南明仍然控制着湖南以及两广等相当广阔的一片区域，因此他们仍然有实力推举另一位明宗室担任新的领袖。按照封建序列，桂藩乃神宗嫡支。所以朱由榔成为了合适的人选，也得到了多数地方大员的支持。“十月丙戌，上即位于肇庆，奖励文武兵民，同仇恢复，改明年为永历元年”。尽管监国之初，丁时魁即劝阻朱由榔“亲行阵，慎赏爵，揽威福”，但朱由榔只是表示赞许，却未能实施。并且之后由于朱由榔的怯懦以及奸人的唆使，仅仅因为赣州失守的消息，永历小朝廷即逃往梧州。这种惊慌失措的举动，对于维系人心是极为不利的，其直接后果就是续封唐王在广州称帝，广东一省之内同时出现两个南明朝廷，同室操戈的闹剧再次上演。李成栋乘此良机占领广州，永历朝最为重要的军事、经济要地落于敌手。其后，湖南也相继沦陷。
永历朝的创立虽使抗清斗争又一次拥有了新的旗帜，它的存在标志明王朝仍然有中兴的希望，但在那样严峻的形势下，这面旗帜能打多久仍有很大的疑问。
2、重现生机。永历二年始，永历朝的前景十分暗淡，局势危急。湖南一地大部沦陷，此时永历朝已基本无法组织有效的反击。但偏偏在这样山穷水尽的时候，由于清朝方面的防制以及压迫，金声桓、李成栋等渐生不满，于是携江西、广东全省反正。何腾蛟也趁势收复全州、永州等地。船山先生称赞道：“自南方兴师以来，推麻河战功第一。”
反正浪潮的出现使得抗清局面为之一新，这无疑是实现中兴的绝好时机。“时江、楚、闽、蜀大镇数十，拥兵殆百万，四方绅士义民起义者接踵”。清政府为保长江防线，在四月就把孔有德、耿忠明、尚可喜三王的兵力全部撤到武昌、汉口，留守湖南的兵力十分薄弱。据《明纪》：“金声桓、李成栋之反也，清兵于湖南始退。”这也说明了其时清朝对于湖广的统治还不稳固，防守兵力也相当有限。永历政权此时可以投入的兵力已经远远超过当地清军，如果能够使湘、粤、赣连为一体，则在战略上抢得先机。只可惜这样的转机来得太突然，以至于永历朝君臣都无法作出及时的反应。加之群臣囿于门户之见，无法一致对外，以致坐失良机。如果永历帝能接受臣下的正确建议，整顿内政，严明军纪，有计划地展开反攻，争夺半壁江山也不是不可能的。而清军则不失一切有利时机地进行大反攻，金、王、李等反正军败没，何腾蛟、瞿式耜殉难，湘粤两地尽失，永历朝就这样使一次难得的恢复之机白白葬送。
3、低潮时期。永历三年，何腾蛟被执不屈，坚持了近一年的金声桓、王的仁反清斗争也遭到了血腥镇压，金声桓、李成栋相继战死。刚刚有所好转的战局转瞬间发生了变化。在如此危难的时刻，永历朝政治群体仍是不忘内斗，吴楚党争达到了一个高潮。“二月，吴贞毓、万翱、张孝起、程源等疏攻金堡、丁时魁、刘湘客、蒙正发、袁彭年，诏贷置彭年勿问，逮堡等下锦衣卫，拷之”。最后在瞿式耜、严起桓等多位大臣力谏之下，方才罢休。但这次事件的破坏性极大，政治团体间的争斗居然到了你死我活的地步，全然不顾大敌当前的局面。
此时，各地的抗清斗争仍在继续，譬如鲁监国在浙江，郑成功在福建。但当时的情况表明永历朝廷已经接近崩溃，坚守了四年之久的粤西枢纽重地——桂林也陷于敌手，瞿式耜、张同敞共同殉难。由于撤退时的漫无组织，从上到下一片混乱，不少官员从此脱离了永历朝，也逐渐拉开了永历朝政治群体消散的序幕，部分官员投降清朝，如袁彭年、丁时魁等人，部分官员避入深山之中，或隐居，或剃度，如刘远生、刘湘客、方以智等，王夫之即是在这时脱离永历朝返回故乡从此以遗民自居的。陈友龙、李元胤、焦琏等战将也相继战死。永历五年，“高必正为孙可望所劫，兵大溃，必正死”。从此开始，大顺军余部在川、鄂边界长江三峡地区组成了有名的“夔东十三家”。环顾中国，此时能够支持永历朝继续抗清的只剩下大西军队伍了，而孙可望、李定国等人也希望“凭藉大国”，获取正式的名号，于是永历朝与大西军渐渐走上联合的道路。
4、生机再现。永历六年，在确定联明政策之后，孙可望虽然未能获得原先期望的“秦王”封号，但仍然决定出兵抗清，于是遣李定国出湖广，“兵出，凡七月，复郡十六、州二，辟地将三千里，军声大振”。刘文秀出四川，“吴三桂驰救之，迎战大败，退师川南”。李定国屡克大敌，“桂林衡州之战，两赚名王，天下震动，此自万历以来全盛之天下所不能有也”。对于永历朝而言，这确又是一次难得的恢复之机。可叹的是永历朝的官僚们并未把农民军抗清的巨大胜利当作自己的胜利，因此他们不但不想为农民军抗清创造条件，反而从中破坏，制造孙可望、李定国之间的矛盾。马吉翔为了寻找靠山，献媚孙可望，就请人“画《尧舜禅受图》，欲以进秦王(可望)”，鼓动孙可望逼永历帝退位，自称皇帝。而永历帝及吴贞毓等大臣因不满孙可望对他们失礼不周的待遇，便以此认为孙可望试图篡位。于是以“血诏”予定国，命李定国救驾，这样也造成了孙李之间的矛盾。孙可望因此令马进忠、冯双鲤撤军，使处于激战中的李定国陷入孤军奋战的不利地位，被迫撤兵，使湖南复陷。
孙可望采取联明抗清的决策是正确的，在联络永历朝的初期备受刁难与欺骗也是事实。从他不失时机地派兵救出永历帝，安置于自己的辖区来看，表明他对永历帝的号召作用是有一定认识的。然而，在如何利用永历帝这面旗帜时，孙可望却犯下了致命的错误，“可望令上居于兴隆卫（安龙府），月进膳金二十两，米十石，宫眷内臣皆啜薄粥，内臣负薪汲水，宫婢自炊之。可望自构宫殿于云南，黄屋双阙，出入皆建葆羽、日月旗、孔雀扇、屈柄幢盖，乘金龙步辇，名其亲军曰扈卫，铸印仍献忠式，帝制自大。岁遣军戍兴隆，讥禁从官出入。李定国大恶之”。只可惜无论是永历朝君主群臣，还是孙可望本人都过于纠结于封王一事上，忘记了此时清军已是虎视眈眈，孔有德以及尼堪的被杀打破了清军不可战胜的神话，于是清朝决定派遣洪承畴“总督军务，经略五省”，同时抽调各地精锐进军西南。
不管孙可望有无篡位之心，但永历朝官员如此的行动无疑将孙可望迅速推向了清朝。黄宗羲在《永历纪年》中这样写道：“可望终翼秦王，言：臣惟一意办贼，成功之后，始敢议及封爵耳。”诚如学者翦伯赞所言:“初则逼之以贰，继则激之使叛，而终则迫之使不得不投降于满清。”于是孙李之间矛盾愈演愈烈，终至大动干戈。李定国虽然获胜，大西军队伍也开始四分五裂，实力遭受重创。
5、大势已去。永历九年，在如何对待永历帝的问题上出现了分歧，李定国与孙可望正式决裂，“孙可望举兵犯顺，攻云南，次高沙寺，李定国帅师御之”。孙可望的倒行逆施激起了广大将士的不满，尽管拥兵众多，但十几万大军顷刻瓦解.“永历十一年，李定国兵至贵州，大败孙可望之兵，可望弃贵州走武冈，降于清”。出于李定国对永历朝的再造之功，朱由榔给与了李定国最高的权威，“诏赐李定国上殿，行亲王礼，征讨付定国，余以敕旨行事”。
古语有曰：师克在和。定国与孙可望的武装冲突，使农民军元气大伤，在整个战略上由攻势转为守势，形势每况愈下，终致覆亡。大西军领导集团之间的内斗使得抗清最后的复兴良机化为幻影。恢复之机又一次为朱由榔为首的官僚们所葬送。困扰永历朝多年的纷争在此终于结束，虽然在最后的时刻获得了唯一的核心，但永历朝颓败的局势到此却难以扭转了。永历帝也不得不在清军的逼迫之下退入缅甸，“永历十三年，孙可望、洪承畴请兵大举攻云贵。……永历十四年，李定国之师溃，奉上居永昌。……永历十五年，清兵逼永昌，李定国奉上奔缅甸”。永历帝的这次播迁标志着彻底退出了政权的争夺。
永历十六年，“前平西伯晋封蓟国公吴三桂弑上于云南，及皇后王氏，世守云南黔国公沐天波死之”。尽管抗清斗争仍在延续，郑成功、夔东十三家义军依然在坚守，但朱由榔之死等于宣告了南明的结束以及永历朝政治群体的最后覆亡。
永历六年至十六年是南明的最后十年，在这十年中，原有的政治成员逐渐消失，或殉国，或隐去，或降清。无论是物质上还是精神层面，正规的政治体制几乎崩溃。从宏观上看，永历朝的走势如同一条蜿蜒的波浪线，有高潮也有低谷。由于缺乏正确的战略谋划，永历朝仅现的两次转机，其持续时间都很短暂，然而永历君臣未能把握时机。历史不允许假设，当机会摆在面前却不能够把握，失败也就不可避免了。
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