那么，所谓的盘古神话其本质是什么呢？其实这一神话的内容十分浅显明确，确切地说，盘古神话是一则天、地、人三皇起源神话，而不是盘古开辟天地的神话。后世对“三皇”的内含有不同的解释，但这里很明确，即天皇、地皇、人皇。这三者在《三五历纪》的“神话”中是同时出现的，一开始三者合而为一，混沌一团，像鸡蛋一样（值得注意的是“如”字，即像鸡蛋，但并不是鸡蛋）。18000年之后，这混沌开始分裂，阳清的部分开始上升变为天，成为天皇；阴浊的部分开始下沉变为地，成为地皇；盘古生在混沌之中，随着天地的分裂，盘古也开始长高，成为三皇之一，即人皇。
理解这一神话至关重要的，是“后乃有三皇”这几个字，它直接而明了地点出这段文字的性质就是解释三皇的起源。与《三五历纪》中的描述相比较，《五运历年记》对天地形成以及盘古诞生的理解记述得更为清晰，文中直接点明了天与地是由元气形成的：“元气蒙鸿，萌素兹始，遂分天地，肇立乾坤。”《三五历纪》中“天地混沌如鸡子”一句在这里用“元气蒙鸿”四字代替，虽然“蒙鸿”两字没有“如鸡子”那么具象直观，但其对主语“元气”二字则十分明确地记录下了人们对天、地、人形成的理解，即天、地、人是由元气演化而来的。元气包含着阴与阳，阴阳分化为天地，同时中和化为人。
从以上分析可以看出，顾颉刚的层累说不仅适用于故事的演变规律，同时也适用于对故事的研究现象，人们不断受到前人观点的影响，并将其观点继承下来，在这些观点的影响下，人们不仅容易忽略对原文的仔细解读，甚至会丧失对原文解读的能力。
水孕育了万物
盘古无疑是一种巨灵，在纬书中就有巨灵的观念，《路史·前纪》卷三引《遁甲开山图》云：“灵与元气同生，为九元真母。”《太平御览》卷一也引《遁甲开山图》云：“有巨灵者，遍得元神之道，故与元气一时生混沌。”这些观念，与盘古出世是如此相似。
三皇是哪三皇？历史上有不同的解释，顾颉刚对三皇进行了一次很好的梳理，写下了著名的《三皇考》，但他对一种三皇感到莫名其妙，不知道是指的什么：“有一种三皇，我们不晓得他是什么意义；不仅我们不晓得，连黄帝也须来问人。”这种三皇出现在《阴符经·三皇玉诀》中黄帝与广成子、天真皇人的对话：
黄帝曰：“天皇者何也？”广成子曰：“天皇者，先天之前，五劫开化，混沌之始也。天皇一气圣化万象，主天圣玉虚圣境明皇之祖炁也。”
黄帝曰：“地皇者何也？”天真皇人曰：“地皇者，天皇一气下降于地，地炁受之，二炁相合，主生化金光之炁，乃是洞神真境真皇之祖炁也。”
黄帝曰：“人皇者何也？”广成子曰：“人皇者在天地之间，虚无至理，为天皇一炁地皇一炁太空虚中相合化，金、木五星为中宫，合乾坤八卦，保护化神，乃仙境主中元人皇之祖炁也。”
这一段话看似玄妙，但如果结合《三五历纪》、《五运历年记》盘古神话的那两段文字来看，它们是相通的，都是道学的宇宙生成观的美学化表达。
盘古神话说的是三皇与阴阳二气的关系，这里也是一样。《五运历年记》认为是阳为天，阴为地，阴阳二气化为人，这里则认为人皇是天皇一炁（即阳）与地皇一炁（即阴）相合化而成，这与阴阳二气中和为人是一致的。这里说“人皇者在天地之间”，与盘古生长于天地之间又是何等相似。
《三五历纪》论盘古
《三五历纪》还有一处论及三皇，《太平御览》卷七十八“皇王部”引《三五历纪》云：
溟悻始牙，濛鸿滋萌，岁起摄提，元气肇启。有神灵人十三头，号曰天皇；有神圣人十二头，号地皇；有神圣人九头，号人皇。天皇、地皇、人皇为太古。
前面几句同样是叙述宇宙起始之时的状态，然后叙述三皇，值得注意的是，这里说三皇是“太古”时候出现的，而在上文引述的盘古神话里，太古时候只有天、地与盘古。因此人们推测，三皇便是天、地、盘古的对应形态。
盘古神话原本是古代对三皇即天皇、地皇、人皇一起诞生的“科学”解释，陈建宪先生将盘古神话的开辟部分视为宇宙卵母题，并追溯其根为太极阴阳学说，张文安先生同样也认为盘古神话的根源可追溯到《易经》。
《易经》的卜辞里说：“易有太极，是生两仪”。太极相当于盘古神话的“如鸡子”，两仪指的是阴与阳。《艺文类聚》卷一所引《三五历纪》后面的文字也已经显露出这种思想的来源，即“数起于一，立于三，成于五，盛于七，处于九，故天去地九万里。”有的学者认为这是受到《易经》哲学观念而作了加工，只有前面才保留了比较原始的面貌。
盘古身化万物，道人身化虹光。
其实整段盘古神话是一个完整的整体，反映的正是古代人们对天、地、人形成于元气的阴阳思想，本非神话。“数起于一”之“一”便是元气，“立于三”之“三”便是所谓的天、地、人。《三五历纪》的表述虽然模糊一点，但也是基本一致的，所谓的混沌如鸡子，恰如太极图的形象，是一个圆形，即所谓的“元气”。在这个圆形之中，包含有阴阳两极，是形成天、地、人的基础，故云“立于三”。
由于《三五历纪》与《五运历年记》已经遗失，不知道这两部书是什么性质的书籍，其实从这两本书的书名，依然可以看出一点易学的痕迹。《史记·天官书》云：“为国者必贵三、五。”“为天数者必通三、五。”这与“数起于一，立于三，成于五”的观念应该是一脉相承的。“三”奠定了物质世界的基础，而“五”指五行，是物质世界的运行机制，早期的五行并非指金、木、水、火、土五材，只是指气的五种不同运行方式，五行即五运。
盘古神话所表现的观念出现在春秋战国时代，其文本的雏形也可以追溯到春秋时期的《老子》，其中就有与盘古神话在某种意义上相似的文字：
有物混成，先天地生。寂兮寥兮，独立而不改，周行而不殆，可以为天地母。吾不知其名，强字之曰“道”，强为之名曰“大”。大曰逝，逝曰远，远曰反。故道大，天大，地大，人亦大。域中有四大，而人居其一焉。
这先天地而存在的混成之物，即被命名为“道”的，与盘古神话中天地未开之前的如鸡子般的混沌实为一物。这混成之物“可以为天地母”，即天地是从这混成之物变化而来的，这即盘古神话中的“阳清为天，阴浊为地。”在以上这段文字里，道与天地人并列，可是道是一切之始，理应在天地人之先。于是，到了后来，天、地、人脱离开来，形成三皇。《三五历纪》里的盘古神话无疑是秉承了这一文本的思想与论述。
到了西汉时期的《淮南子》，其论述逐渐趋于类同《三五历纪》里的盘古神话。
《淮南子·天文训》云：“太始生虚廓，虚廓生宇宙，宇宙生气，气有涯垠。清阳者薄靡而为天，重浊者凝滞而为地。”
而《淮南子·精神训》中还有与盘古神话更为接近的描述：古未有天地之时，唯像无形，窈窈冥冥，芒芠漠闵，澒濛鸿洞，莫知其门。有二神混生，经天营地，孔乎莫知其所终极，滔乎莫知其所止息，于是乃别为阴阳，离为八极，刚柔相成，万物乃形，烦气为虫，精气为人。
五行生克
《五运历年记》中的盘古神话几乎是对这一段话的完全继承：天地一开始是鸿蒙混沌一团，后来阴阳分离，形成万物与人。不过，《三五历纪》里盘古神话已经有了一些变异，即盘古是一开始就“生其中”的，而非由于“精气为人”。从以上这则记述也可以看出，古人具有一切起源于阴阳的思想，但其具体的起源程序如何，却是各抒己见。先有天地，后有人，或人与天地一起诞生，不一而足。
盘古神话所反映的是古代中国的阴阳学说，这种学说至少从春秋战国时期就已经出现，最具有代表性的著作就是《易经》。显然，这是对天地的一种探索和认识，在当时的人看来，这并不是什么神话，而是一种“科学”的认识。
神话其实是遭到后人否认的哲学或科学。每个时代的人都在探索世界，每个时代的人们都会以自己当时的知识结构来解释一些未知事物，这些解释在当时可能就是最先进的理论，但多年过去后，后人在发现了真实面目之后，便会将这些原来流行一时的理论视为神话。
自然壮美
现在依然在对宇宙的形成进行探索，目前最先进的理论是宇宙大爆炸，这一理论告诉人们，宇宙是由一颗高密粒子大爆炸形成的，到目前为止仍然在不断膨胀。虽然这一理论不断得到证实，但是这一理论没有回答一个问题：这颗高密粒子从哪里来的，在爆炸之前放在哪里？即使大爆炸理论是正确的，那也很可能是人们只看到了自己所处的宇宙，没有看到自己所处宇宙之外的宇宙。现在很多人越来越相信这样的理论，就像古代中国人相信天地是由元气分离而成的，一旦这种理论被其它理论所代替，它便会具有盘古神话一样的结局，成为一则神话。
中国在探索天地面貌的过程中，主要提出过三种理论：盖天说、浑天说与宣夜说。宣夜说形成的年代天文学家也无从考查了，据传说起源于商代。这种理论主张没有什么固体的天，天也没有什么形状，也没有边界。这种学说的提出，肯定是出于少数的古代天文学家，而且这种思想没有在民间流传开来。起源于战国时期的浑天说，是否会成为盘古神话的理论根据呢？张衡所著的《浑天仪图注》对浑天说理论作了详尽的解说：
“浑天如鸡子，天体圆如弹丸，地如鸡中黄，孤居于内，天大而地小。天表里有水。天之包地，犹壳之裹黄。天地各乘气而立，载水而浮。”
与盘古神话一样，浑天说也是用鸡蛋来比喻浑天的模式，可是，浑天说与盘古神话所表现出来的思想有本质的区别：它主张天比地大，把地包在中间，就像鸡蛋壳包蛋黄一样，天内充满了水，天靠气支撑着，地则浮在水面上。盘古神话所体现的思想与盖天说最为接近，盖天说在周代的时候就已经形成，而且这种思想不仅仅停留在少数的天文学家身上，在民间也极为普及。盖天说一开始以为地是平的、方的，天就像一个锅盖一样将地盖住，所以天有一个高度，天与地都是固体的。其实盘古神话所表现出的就是盖天说的思想。
当然，盖天说只是一种关于天地形状的理论，而非天地形成的理论，盘古神话即关于盖天形状之天地的形成理论。盘古神话所体现的天地形成理论与阴阳学说有关，这种学说在中国十分流行，所以用来解释天地的形成，也是十分自然的。
一些学者倾向于用楚辞《天问》来证明盘古神话出现时间很晚，认为如果很早就有了盘古开天辟地的神话，屈原就不会提出“圆则九重，孰营度之？”的问题了。这两句诗的意思是：天有九重，是谁经营它，度量它？
这恰恰证明了是人们误读了盘古神话，认为天地是由盘古开辟的。屈原并不认为是盘古或其它的人开辟了天地，正因为他认为天地是自然形成的，他才像牛顿一样，要寻找这第一推动力。屈原当时所掌握的知识，与盘古神话所体现出的阴阳观念是一致的，屈原问：“阴阳三合，何本何化？”便显示出了当时阴阳化生万物的观念。他还问道：“冯翼惟象，何以识之？”意思是：大气弥漫景象混沌，凭借什么识别清晰？这与《淮南子·天文训》所说的“天地未形，冯冯翼翼”是一致的，都是说天地未形成之前是一团大气。与《五运历年记》的“天地混沌如鸡子”同样没有什么二致。“圆有九重”也与“天去地九万里”是一脉相承的。
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