1368年，大元退出中原地区，回到原来的草原，成为北元，后来经过明朝的一再打击，北元瓦解，逐渐变成部落联盟状态。明末清初蒙古分化成了三大部，分别是漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古。
其中漠西蒙古中又分和硕特部、准噶尔部、土尔扈特部、杜尔伯特部。其中实力最强大的是准噶尔部。
准噶尔部不甘心只做一个游牧部落，过着每天沐浴蓝天阳光，看着牛羊骏马奔跑的生活，他们的梦想是恢复昔日蒙古帝国的荣光，统一蒙古，吞并中原。因此准噶尔部历代首领都致力于扩大势力兼并其他部落，到了著名的噶尔丹时，准噶尔汗国已经完成了对天山北麓的统一，并且控制了南麓的回部，势力触及西藏，在这种情况下，噶尔丹认为自己羽翼已经丰满可以和清朝较量一番了。由此准噶尔部成为了清朝的一大威胁，谁都没想到准噶尔从此和清朝开始了长达七十多年的较量，在耗尽三代人的心血后，最终被乾隆平定。
噶尔丹梦想击败清朝，实现自己一统天下的美梦，可惜的是噶尔丹遇到了康熙皇帝，遇到了走向强盛的清朝。
康熙十分重视对准噶尔部的征讨，他决定御驾亲征，在他的带领下清朝士兵士气大增，经过三次征讨较量，噶尔丹众叛亲离，兵败身死，准噶尔部濒临灭亡，大部投降。众所周知康熙是位仁慈的皇帝，在剿灭噶尔丹后，他认为准噶尔部彻底臣服，于是没有进一步处置，他没想到他的这个举动给儿孙带来了不断的战争。
康熙晚年雍正初年，准噶尔部经过休养生息再度强大起来，他们不甘心失败，于是又一次掀起叛乱。
雍正皇帝是坚定的主战派，他数次派大军前往西北，经过长时间的战争，最后换来的仍然是准噶尔部暂时臣服。不过经过康熙雍正的打击，准噶尔部虽然还有实力，但是早已经不是那个所向睥睨的噶尔丹时代的准噶尔了，这为乾隆彻底平定准噶尔，为自己再立两大武功垫下基础。
准噶尔部一直是清朝的心腹之患，乾隆登基后一直没有忘记这个准噶尔，他梦想彻底消灭准噶尔，实现父祖未完成的愿望，但是自己刚刚登基事情太多实在无法出兵，而且此时发生了大小金川之战，清朝将精力都投入到其中，实在抽身无术，因此就将准噶尔计划搁置起来。
乾隆十年，准噶尔汗噶尔丹策零（不是之前的噶尔丹，全名噶尔丹策零，是噶尔丹的侄子）去世，之后十多年，准噶尔陷入了贵族争夺汗位的斗争，这场内乱使得准噶尔部实力严重受损，变得一盘散沙。
乾隆十九年，准噶尔部贵族达瓦齐联合阿睦尔撒纳发动政变，杀死了噶尔丹策零的儿子达尔札登上了汗位。不过阿睦尔撒纳也有心汗位，因此二人爆发战争，结果阿睦尔撒纳大败，为了求生和夺取汗位，他带领剩余人马投降了清朝，并表示此时清朝如果进军一定可以大获全胜。
阿睦尔撒纳的投降使得乾隆如获至宝，他的投降表明准噶尔部已经内乱，实力削弱，这是天赐良机，不可再失，他决定趁这个机会彻底消灭准噶尔部，接触这个几十年的心腹大患。
乾隆二十年，乾隆不顾大臣的反对，坚持出兵，并且阿睦尔撒纳成为了引路人，因此清朝大军进展顺利。并且因为连年战争，当地百姓厌恶战争，因此沿路准噶尔部军队百姓纷纷投降，清朝大军很快就到达了伊犁。
面对进展神速的清朝大军，准噶尔部顷刻土崩瓦解。达瓦齐兵败如山倒，看到大势已去，于是逃亡南疆。但是南疆各部一直痛恨准噶尔部几十年的控制压榨，如今看到落魄的达瓦齐然不会收留他，于是抓起来就交给了朝，顺便一提雍正年间造反的罗卜藏丹津在逃亡了二十多年后也被抓了，至此乾隆第一次出征准噶尔部以胜利告终。
胜利后的乾隆认为这次出征彻底平定了准噶尔部，为了避免以后再出现准噶尔部独霸西北的情况再出现，于是他将准噶尔部分为四部，任命四个大汗，各管一方，互不统领以达到“众建以分其力”谁也无法造反的效果。
同时对阿睦尔撒纳，乾隆并没有亏待，他册封阿睦尔撒纳为亲王，赐给双俸的待遇，但是这样的封赏阿睦尔撒纳十分不满意。
阿睦尔撒纳本来是走投无路同时谋求当大汗才投降清朝并且带领清朝进攻准噶尔的，本以为自己这番功绩，在平定后会弄个大汗当当，可是乾隆只给了他一个亲王，准噶尔部没自己事了。
不满的阿睦尔撒纳根本就不顾乾隆的圣旨，他整合旧部，独霸了准噶尔部，暗中扩充实力，不穿清朝官服，不用清朝印章，始终以准噶尔大汗自居。
乾隆要的是彻底平定准噶尔，不希望像父祖那样在平定之后又冒出一个新的造反的，这样循环往复，因此他决定除掉阿睦尔撒纳。
乾隆原本想擒贼先擒王，在避暑山庄召见阿睦尔撒纳。没想到阿睦尔撒纳识破了乾隆的阴谋，于是趁机逃跑，公开造反。阿睦尔撒纳的造反使得本来就不稳定的准噶尔部立刻大乱，“伊犁诸喇嘛、宰桑劫掠军台，蜂起应之”驻守伊犁的清军统帅班第在混乱中被杀害。
乾隆二十二年，乾隆命令兆惠等将领兵分两路出征，第二次出征准噶尔。这次乾隆是真的发怒了，他下达了最严厉的军令 “必应全行剿灭，不得更留余孽”“此等贼人，断不宜稍示姑息”，甚至到了“凡山陬水涯，可渔猎资生地，悉搜剔无遗”的程度，务必这处出征彻底平定准噶尔部。正是在这种严厉的军令下，清军一路势如破竹，在库陇癸山口阿睦尔撒纳大军死伤过半，元气大损，阿睦尔撒纳根本无力阻挡，同时准噶尔地区突发瘟疫，一时间“瘟疫流行，死亡相望”。阿睦尔撒纳看到大势已去逃亡哈萨克。
不过哈萨克汗自知自己的实力难与清朝对抗，因此拒绝接纳阿睦尔撒纳，并且想把阿睦尔撒纳抓起来交给清朝，阿睦尔撒纳见状于是逃到了俄国。
俄国一直对中国西北虎视眈眈，眼见西北混乱这正是他浑水摸鱼的大好机会，于是他收留的阿睦尔撒纳企图利用他实现自己的阴谋。
乾隆认为“游魂远窜，将来必不能久甘穷困，势必滋生事端，为患边境。逆贼一日不获，西路之事一日不能告竣。”因此他要求必须抓到阿睦尔撒纳，以避免以后出现不必要的麻烦。
俄国面对清朝的一再交涉，实在没有理由拒绝，只能说阿睦尔撒纳在俄国已经“落水身死”，但是清朝并不相信，提出活要见人死要见尸，俄国一再拒绝，毕竟这个时候阿睦尔撒纳就在他们境内活得好好的，这个人还有用，实在不舍得交给清朝。不过最后俄国居然主动交出了阿睦尔撒纳，当然不是俄国有觉悟了，而是阿睦尔撒纳死了，他在俄国得了天花死了，一个死人还有什么用，俄国见无利可图，阿睦尔撒纳的尸体交给了清朝。
阿睦尔撒纳的死标志着乾隆第二次出征的彻底胜利，也表示困扰清朝三代，长达七十多年的准噶尔部彻底被平定，同时乾隆为了防止准噶尔部再起叛乱，执行了严格的管理制度，派遣驻兵，设置伊犁将军，从此一直到清朝灭亡，准噶尔部本土再也没有叛乱发生。
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