1862年，太平军与湘军争夺皖南，但连年征战，带来了各种天灾人祸，因为死人太多，来不及掩埋，白骨蔽野，长江南北自安庆至天京，瘟疫大发，蔓延不散。
曾国藩的幕僚甘普曾前往宁国府调查，当时宁国发生了重大疫情，甘普给曾国藩的书面报告上写得非常惨，城河三里许，漂尸蛆生，兵民疫者二三万人，城内外五里臭腐不可勘忍。当时医疗水平落后，官府基层组织连年战争基本瘫痪，疫情一来全靠命硬抵挡，真似人间地狱。甘普回安庆不久，也染上了瘟疫不久就病死了。
当时李秀成李世贤正在为解救天京之围与曾国荃在鏖战，而在皖南，护王陈坤书，堵王黄文金，孝王胡鼎文和匡王赖文鸿等部正在攻打金柱关，但受疫情影响，这几路人马基本都失败了，陈坤书的水师在金柱关溃败，甚至把当涂大官圩都弄丢了。
大官圩是个集镇，是一个非常丰厚的米粮仓库，它的丢失使各支太平军的粮食供应受很大影响，也影响到了李秀成李世贤等军。太平天国的地盘不断缩小，但最重要的还是粮食，于是1862年11月，从天京城围撤下来的李世贤攻打金宝圩，经过人海战术强攻，到了次年2月终于攻下金宝圩，暂时解决了李世贤军队的粮食供应问题。
而盘桓在皖南一带的太平军其它几路大军，如刘官芳，古隆贤，赖文鸿和黄文金、胡鼎文等，在四府一州之间奔走，来回作战，但败多胜少，其中时任孝王的胡鼎文，还被地方武装给击毙，胡鼎文是一名勇将，虽已封王，但上阵杀敌依然冲锋在前，所以在阵前被清军给击毙了，由此也可看出此时此刻太平军的高级将领很多还是身先士卒冲锋一线的。
在此之际，清廷再次下谕旨宽容降人，所谓“勿论其从贼之久，暂均一律准其投诚”，也就是说之前不得赦免的广西籍太平军战士也既往不咎了，允许其投降。
如此政策的改变，极大动摇了太平天国当中的一些不坚定份子，其中还包括一些资深的军事领袖。太平天国这两年日渐式微，很多人开始为自己打算，有些广西籍的老兄弟也在开小差，但是清廷之前是政策不允许，现在放开了，不得不要重新考虑将来的事了。
奉王古隆贤就是在这样的背景下决定投降的，他是老广西，部众有7万多人，1863年9月中，古隆贤因全军缺粮，人心涣散，向湘军总兵朱品隆乞降，经过一个多月的来来回回谈判，古隆贤全军剃发，献出四州县。
朱品隆将古隆贤部仅留用千余人，其余尽数遣散。古隆贤主动投降，又起了一个带头作用，此后就有广德州守将率万人投降，建德守将杀跟王蓝仁得投降。太平军皖南就此几乎全部沦失，湘军再一次在区域争夺上获得了胜利。
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