一、土地增值税清算中存在的问题：
（一）关于房地产开发企业成本分摊问题
1、非可售面积的成本分摊问题。
不可售面积的成本因为属于全体业主所有，成本应该可以扣除。目前，土地增值税清算工作中人为将项目分为普通住宅和非普通住宅两部分清算。成本一般也用普通住宅和非普通住宅的比例来进行分摊。对没有单独计算成本的部分，例如人防工程、不能确权的车库、地下储藏室等直接计入建房成本，按比例在普通住宅和非普通住宅间分配。对单独计量的非可售面积，例如非营利性的社会公共设施（包括变电站、热力站、水厂、派出所、托儿所、幼儿园、医院、公共厕所等）这部分设施的成本单独计量，根据国税发「2006」187号文件第四条第三款的要求，他们的成本、费用可以扣除，具体如何扣除，文件没有明确。我们目前是，如果清算项目中，既有非普通住宅也有普通住宅，对这部分公共设施的成本我们采取的是应在已经销售面积与未销售面积进行分摊；然后已经销售房地产成本在普通住宅和非普通住宅项目之间进行划分，对于划分方式，我们采取的省局的规定：土地成本按收入，其余费用按面积在普通住宅和非普通住宅的面积比例来划分这部分公共设施的成本。实际上这些公共设施成本，无论该开发项目是否销售40%，50%，80%，90%也好，都已经实际被部分业主使用了，应该一次性摊入达到清算的已经销售的85%较好；剩余未销售的部分不分摊此公共设施成本，这样合理又省去了工作负担。
2、非可售面积的收入问题。现实情况中大量存在房地产开发企业将开发建造的与清算项目配套的非可售配套设施销售的情况。例如：部分开发商将停车位的使用权、物业管理用房单独进行了销售，虽然理论上这些公共配套属于全体业主所有，但就开发商取得的使用权销售收入，我们认为也应计入整个清算项目收入中。如：兴鹏房地产出售了业主的物业用房给物业管理公司，我们予以确认收入。
（二）关于利息支出扣除问题的税务处理。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条第四款指出“开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之五以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之十以内计算扣除。”在实际清算过程中，这两种方法计算得出的结果经常存在差距，有时会被房地产开发企业作为税收筹划的依据或则私营企业没有利息或则利息很少采取第二种方式扣除。
（三 ）建筑施工成本的确认问题
建筑施工成本（包括前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用等）是房地产开发中最大的一项支出，也是土地增值税清算中存在问题最多、涉及内容最繁、查证难度最大的项目。这方面最突出的问题就是人为增大建筑成本，主要表现在：①开发企业与建筑企业互相利用多开建筑安装发票；②重复列支建筑材料发票；③虚构工程项目、工程量。通过清算发现，建筑施工企业是其关联企业，工程采用包工包料形式，但最后经审计部门审计确定的工程结算款项远远超过招投标时合同签订的价款。往往通过审核原始凭证，发现帐面列支有钢材、水泥等发票且不包含在工程结算价款内；对这种材料发票不包含在建筑工程成本预算之中，我们只能按3.3%税率补征营业税，但无法查实建筑材料的真实性，这也说明管理分局日常跟踪房产公司材料进出管理，建立项目台账的重要性，如果没有管理分局的项目施工的管理资料无非辨别真伪，就会导致虚增成本。如：仙都房地产开放公司，井福苑、台州地产开发项目都有大量自购材料。但由于税务干部对纷繁复杂的建筑施工知识匮乏，无法一一分辨各施工项目所需的材料、设备、构件、人工等，基本没有办法去核实真实的建筑施工成本。建筑材料市场管理又比较混乱，现金交易居多，部分企业舍近求远到外地去购买，税务人员核实的难度很大；再加上单位有审计部门的最终审计报告，税务部门也没有足够的依据去调整。
建议：在工程造价的核实方面应该引入中介机构审核机制，由税务部门委托有资质的中介机构对房地产开发企业的建筑施工成本进行全面审核，并出具工程造价的审计报告书作为税务部门进行土地增值税清算的参考依据。对于房地产开发企业报送的相关成本资料不全或不实的，依照国税发［2006］187号文件规定，可以参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定部分开发成本的单位面积金额标准，具体办法由省级税务机关确定。
（四）明显不合理低价的确认与调整问题
在开发产品的销售过程中，肯定会出现由于人情关系、商业促销、质量问题等原因而给予一定的销售折扣。对于销售折扣，在营业税、企业所得税的政策中都有较为明确的规定，即只有将折扣与价款开具在同一张发票上，才允许在营业额中予以扣除，否则不论在财务上如何处理都不予扣除。土地增值税的政策中并未明确规定，而且房地产企业的销售折扣一般都直接体现在发票上，但这种销售折扣肯定要有一个合理的控制范围，否则将直接影响到土地增值税的税基。另外，近两年房地产销售市场又出现了“一房一价”的销售方式，即对同一房地产开发项目内的开发产品，在销售时根据楼位、层次和户型等因素，确定不同的销售价格。如果销售时间跨度长，价格差距拉大，比如目前市场房价是2200元/平方米；常常有1600元/平方米销售收入，价格偏低，房地产开发公司理由是这是早些时候定购的房子，早些时候预收的房款，如今才来办理登记；有时候发现房产局出具的合同预订销售价格偏低而且合同很容易更换，这与房产部门执法不严有很大关系。压低销售收入有利于销售双方加上现金补偿交易，给税务部门确认销售收入带来了更大的难度与不确定性。
（五）账目不全，资料混乱，收入确定的房地产开发项目税负问题。
对于这一部分房地产开放项目，虽然有房地产开发的“四证”资质，但是成本、费用很难核算，这些多半是小企业和私营企业；按税法采取核定征收率方法征收土地增值税，发现税负比正常销售的房地产开发项目更低，这就为合理避税找到了理由。清算的税率最低档是30%，在当前房地产暴利时代，清算必然税负更加高，如果无账可查核定征收率，平均税负才5%。如：在凯信长义岭商住楼清算过程中发现无账可查，只能采取核定征收。
（六）土地增值税核定征收率的时间问题。
我吉安市局采取的是3%，5%，7%；以前是1.3%，4.3% ，6.3%，
如果房地产项目是在以前销售完毕，将要销售完毕，对其进行土地增值税清算，发现账目混乱，无法核定成本、费用；其收入都大部分开具了不动产发票，确认了收入，试问这部分以前的确认收入是否按以前是1.3%，4.3% ，6.3%补征税款呢，文件说3%，5%，7%是2011年3月执行，如今执行未销售完部分收入不会引起争执。关键是对已经销售完毕的收入部分按新政策执行核定补征增值税，开发商意见比较大；以前的项目普通住宅较多。如：锦绣花园小区在初步土地增值税清算过程中，发现该区账户也不很健全，正在查证资料，与开发商交流沟通，如果资料不能及时补正，按最新政策核定征收，税负更重，开发商意见比较大，责怪税务分局为什么不早点进行土地增值税的清算辅导。
我们小组清算4户开发商，3户已经完成，1户正在进行中，清算土地增值税、建筑营业税等各税累计256.33万元。其中土地增值税32万元。
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