谈到明代政治最黑暗的一面，莫过于厂卫制度，即东厂、西厂、锦衣卫以及内行厂，合称为“三厂一卫”，而锦衣卫、东厂、西厂的恐怖，大家常常听说，其实最为可怕的不是这三个，而是内行厂。
明武宗时，太监刘瑾专权，廷臣们不断上书攻击刘瑾在内的八虎，为了加强自己的权力，刘瑾直接设立了内行厂，这是一个独立的机构，比东、西二厂权力都要大，可以监视其他三个特务机构。通过这个手段，刘瑾进一步实现了自己的专权，也就是从这个时候开始，他才是八虎之中权力最大的领导者。
当时刘瑾专权，各个机关办事处的奏章都需要先准备一份红本给刘瑾，在准备一份白本给通政司，递交皇帝，而内阁决策建议都要揣测刘瑾的意思再下笔。
在刘瑾控制下的内行厂，直接凌驾东西二厂以及锦衣卫，刘瑾借此打击同僚、压迫群臣。即便是像王时中、汪澄这样仗义执言并无大罪的御史，也在内行厂的迫害中死去。内行厂时刻监视者民间的舆论动态，全国百姓都在侦查缉捕的范围中，因此一时间也没人再敢揭露刘瑾、武宗的荒唐事。
而刘瑾还开创了一种新的刑罚方式——立枷，这是他根据南朝的“立测”而设计的，笼顶有口，套在犯人颈部，昼夜站立，直到死亡。原本按照《大明律》，所有的刑狱诉讼都应该由刑部、都察院、大理寺三法司一起受理，但是内行厂破坏了这个规矩，直接逮捕，动辄就严刑拷打，不管是什么罪行，都直接打板子，或者流放戍边。刘瑾的内行厂让明朝社会陷入了一种紧张压抑的氛围中，而加上他改革失败，清理军屯得罪了大批权贵，最终导致矛盾激化，逼迫安化王造反，直接将他自己推入了死亡的边缘。
不过和上层刘瑾大肆打压忠良的黑暗氛围不同，明朝的基层政治虽然压抑，却因为厂卫制度的协同运作，也算得上吏治清明，这是因为东西两厂稽查官民、锦衣卫稽查文武百官、平民百姓，而内行厂则直接侦查东西两厂，形成平衡之态。
刘瑾垮台之后，内行厂、西厂也被撤销，从此明朝只剩下了东厂、锦衣卫。明朝末年，魏忠贤利用东厂审查官员，而后将他们丢入锦衣卫大牢，严刑拷打，酿成一桩又一桩惨案，一时间厂卫遍布全国，甚至差点激起民变，因而也有人说“明朝亡于厂卫。”
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