万州真原堂一生历尽磨难。真原堂1908年由法国巴黎外方传教会神父主持修建，1930年开始，一直是万州教区主教座堂。1929年真原堂钟楼曾被英国炮艇击塌，通过法国领事交涉，英国政府赔款修复。1938年，教堂又遭日本飞机轰炸，屋顶被毁，教堂徒剩四壁残垣。1947年重新修复。
        真原堂原在二马路一个小巷里。 因三峡工程建设，真原堂于2000年开始搬迁。由于天主教徒人数大量增加，真原堂迁建后一分为二，一座是主教府(圣母无原罪堂)，已于2004年竣工投入使用；另一座即现在的真原堂，因资金缺口一度拖延工期，受到境内外天主教界的关注。在政府有关部门大力支持下，广大天主教徒热切期盼的新教堂终于在2007年6月29日（当日是天主教圣伯多禄·圣保罗瞻礼日）举行天主教万州真原堂竣工圣堂典礼，并对教徒开放。新建真原堂位于万州区申明坝，占地面积4460平方米，建筑面积3650平方米，总投资735万元，除教堂自筹和教友奉献一部分外，接受境外天主教人士友好捐赠300余万元，中央和重庆市政府先后补助资金共计325万元。新教堂建筑宏伟壮观，哥特式建筑风格，殿堂华丽，环境幽雅，面貌一新，并设有来自西班牙的精美圣母亭供教徒崇拜。