东北匪患由来已久，在日本统治时期，也未能完全肃清，1947年4月10日，中共东北中央局在《关于东北剿匪工作报告》中统计，全境土匪约10万人，经过几年的剿匪斗争，东北各地匪情已全面清楚，暴露无遗。东北公安部于1949年6月25日拟出《关于东北三年来的公安工作的报告》判明全东北公开和秘密的土匪武装约有20万人，特别是北满、西满区域，为土匪重灾区。
与以往各个历史时期的土匪本质差异，这时的土匪大多与国民党有联系，属于政治土匪性质。且以“先当八路，后当中央”相伪装，骗取中共信任，利用合法活动，取得武器弹药，极力扩充队伍，然后伺机叛变，到处残杀中共干部，抢占城市，截断交通，扰乱社会秩序，与北进的国民党正规军相呼应。
我军初到东北的时候因为力量不足，每个县只能派出几名干部去接收，只得采取加编收委的方法，对伪满官吏，抗联叛徒都加委，致使大量伪满军、警、宪、特人员混入部队于政权内部。在国民党特务拉拢下，迟早倒向国民党方面，充当内应。
这些土匪最主要有两大危害：1、杀害中共干部，制造恐怖事端，如1945年12月24日嫩江省政府代秘书长马识途在齐市被暗杀。1946年1月31日中共合江省工委委员佳木斯地区专员兼佳木斯市副市长孙西林和公安局副局长高英杰被杀害等等。2、煽动暴乱攻打城镇1946年4月19日曹兴武以东北保安军松江地区指挥所名义，调集土匪攻打哈尔滨。5月1日，东宁县保安大队叛变，占据县城。6月17日，杨青山匪部攻打黑河县城等等。当时土匪以谢文东，孙荣久，李华堂，张雨新4大股匪，人数众多，声势浩大，装备精良最为猖獗。12月20日至28日，中共合江省工委召开扩大会议,新任省军区司令员方强做了军事问题的报告，决定暂时放弃松花江北岸，集中兵力于江南，开始剿匪，要在6个月内做出相当成绩，至少要基本上消灭土匪。随后开始布置剿匪作战。1947年1月26日开始合江军区集中全部主力2000余人，在依兰之三道岗子和几个主力土匪7000余人进行会战，激战几日歼敌千余人，扭转了被动的局势。经过4个月的频繁战斗，合江军区的部队扩充到5900余人，并整编为第四、第五支队及炮兵团、骑兵团、警卫团，战斗力大为增强。乘势对周边的土匪继续围剿，直至48年4月底，合江军区经过近1年半的剿匪，战绩可佳。大小战斗近200次，境内40余股土匪全部消灭，毙敌2179人，俘虏4976人，缴获各种火炮52门，重机枪40挺，轻机枪159挺，掷弹筒68具，冲锋枪51支，步枪11863支，短枪349支，炮弹900发，子弹8万余发，战马1417匹。
松江以哈尔滨市委政治力量转换为中心，自1945年11月22日，中共方面退出哈市，各县叛乱相继滋生蔓延，先遣军、挺进军、忠义救国军等名目繁多，到处作乱。11月24日晨，中共北满分局机关进驻宾州城之前就有土匪袭击该地，同时延寿、方正、通河、木兰、东兴等县先后发生叛乱事件，总数达到1.2万人以上。12月12日，松江省军区组织野战军剿匪司令部在军区司令聂鹤亭的指挥下，3000余官兵分路出动剿匪，对宾州城附近匪部进行攻击，首先击溃左建堂部，18日击溃土匪王正午部，毙伤敌270余人，俘虏参谋长以下357人，缴获轻重机枪20余挺，步枪300余支，掷弹筒10余具。30日兵围阿城之张家油房，激战一昼夜打散了挺进军第二师王正午部，击毙67人，打伤40余人，俘虏66人，缴获重机枪2挺，轻机枪6挺，步枪147支。此战威慑群匪，影响周围村屯群众政治转变，石槽村各屯均派代表与我军接头愿意归顺。对于不愿归顺的，继续清剿，据统计，5个月的剿匪战斗，哈南有38次，哈东有23次，哈西有21次，哈北有8次，哈市有4次，野战军8次，除了牡丹江及友军战斗不计外，共进行10次，我军伤亡1900余人，其中受伤800余人，阵亡官兵400余人，冻伤700余人，严重冻伤20余人，取得击溃土匪1.2万余人，其中毙伤俘降6000余人，逃散4000余人，收复城市12座，缴枪2万余支，子弹无数。
东北民主联军主力自长春吉林后撤时，北进的国民党已到达松花江上游两岸，这是散藏土匪乘机蜂起，复集小股，四处袭击农民自卫队，摧毁区乡政权，残害百姓，扰乱后方。松江军区于6月6日决定分区剿匪，经过几个月的清剿46年全年战斗297次，毙敌2508人，伤敌4877人，俘敌9015人，收降5399人，缴获步枪5808支，轻机枪216挺，重机枪32挺，短枪396支，冲锋枪6支，迫击炮5门，小炮1门，土炮60门，炮弹282发，子弹12.5万余发，手榴弹550颗，大车850辆，电台2部，马匹1308，全省境内土匪基本被肃清。
黑龙江省的剿匪作战是从拜泉保卫战开始的1945年12月12日，尚其悦匪部调集1400余人围攻拜泉县城，省军区副司令员于天放，省工委书记王鹤寿先后赶到指挥，打退土匪。27日开始进行剿匪，经过5个月左右时间比较大股的土匪基本被歼灭，合计1.2万余人。省军区经研究各地匪情，判断全省现有土匪数人至百日以上的共39股，共约2540人左右，于是6月9日下达剿匪命令，继续清剿。7月初，西满军区第三师副师长洪学智率领特务第一团进入黑河，增强了剿匪力量，并重点追剿刘光才匪帮。7月6日晚，特一团、第九团一部及黑河军分区2个营由逊河南进，至张格达兵分2路。7日晨一路到达开拓团，俘虏留守土匪10余人，一路迂回蒲拉口，歼敌一部。8日中午，特一团与奇克松树沟溃退之敌300余人交战，击溃该敌，追击10余华丽，毙伤俘团长以下近百人，缴获步枪30余支，短枪1支，轻机枪2挺，重机枪2挺，迫击炮2门，机关炮1门，大车14辆。仅在10月、11月作战62次，毙伤敌210人，俘敌530余人，包括大小匪首37人，缴长短枪739支，轻机枪6挺，掷弹筒3具，冲锋枪4支，马800余匹。整个黑龙江省一年多剿匪，主要战斗321次，歼匪4000多名，其中击毙团以上匪首34名，击伤14名，俘虏团以上匪首46名，缴获8400余支枪及大批战利品。
嫩江省土匪多由伪满警察、特务、地主组成，最盛时期将近2万人，且以骑兵为主，配属有坦克、装甲汽车、平射炮、迫击炮、掷弹筒等轻重武器。1945年12月11日晚上，军区司令员王明贵亲自率第一旅经2天行军，兵围甘南，分别从东、南两个方向冲进城内仅过3小时就攻占甘南，生俘土匪300余人，缴获步枪500余支，轻机枪10余挺，重机枪5挺.接着东进占领平阳镇，歼灭土匪数百人，缴获步枪300余支，轻机枪10余挺，重机枪3挺，战马381匹。直至1947年3月，嫩江省土匪基本被肃清，据统计，剿匪部队进行大小524次战斗，收复城市10座，消灭土匪1.5万余人，缴获坦克9辆，装甲车1辆，各种火炮30门，轻重机枪420挺，长短枪5100支，各种炮弹和子弹25万余发，马匹3000，大车1200辆。
合江之牡丹江地区，因我军力量弱小，先采取收编加委的办法控制局面，短时间内即收编地方武装1.8万余人，变成12个团。但1945年12月开始，各地相继发生叛乱事件，除了14团和15团外，起义皆叛变。参加叛乱人员达到1.16万余人。干部被害40人，除了牡丹江市和宁安县城以外的所有城镇都被叛军占据，形势极为严峻。1946年2月2日，田松支队3000余人到达海林，开始剿匪。连续作战20余天，大小战斗10多次，歼灭郑云峰，马喜山匪部4000余人。3月中旬挥师北上，扫平了北甸子、桦林、五河林、柴河镇、杏树底等地土匪，消灭1000余人。据不完全统计，半年左右时间剿匪战绩：消灭土匪4800余人，其中生俘3000余人，溃散1000余人，缴获步枪5100余支，轻机枪107挺，重机枪52挺，炮56门，收复绥宁、东安、绥阳、东宁等县。1947年继续清剿，全年共消灭土匪7155人，其中击毙2179人，生俘4976人。
直至1947年4月东北解放区内大股土匪已肃清，重要的匪首姜鹏飞、谢文东、李华堂、孙荣久、张雨新、张乐山、刘光才、王乃康、曹兴武等均被捕获。其余匪首或潜逃长春、沈阳敌占区，或藏匿民间及深山不出。据当时不完全统计主要作战1303次，毙匪12539名，伤匪18568名，俘匪36601名，降匪11782名，合计歼匪近8万名。如顺延至东北全境解放时，当在10万人以上。同时缴获步马枪51836支，轻机枪1129挺，重机枪301挺，短枪2807支，掷弹筒414具，迫击炮216门，山炮32门，野炮15门，平射炮34门，小炮18门，马6009匹，汽车134辆。
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