忽必烈在争夺汗位、与阿里不哥内战的时候，主要依靠汉族士大夫的帮助，蒙古贵族支持他的不多。忽必烈建立元朝、实行中央集权制度，又触犯了蒙古贵族的利益。因此，蒙古贵族们不断发生叛乱，其中海都叛乱长达三十余年。
海都是窝阔台的孙子，聪明能干而又狡诈。成吉思汗把窝阔台指定为继承人，并且说，只要窝阔台家族有一个吃奶的后代，就比其他人有优先继承权。可是，拖雷家族的蒙哥却夺走了汗位，窝阔台家族对此十分怨恨，海都更是愤愤不平，发誓报复。
蒙哥死后，他的弟弟忽必烈和阿里不哥发生内战。海都幸灾乐祸，他支持阿里不哥，希望战争打得越大越好。忽必烈打败阿里不哥以后，宽大为怀，没有追究海都，还封他为王。可是，海都依然对忽必烈怀恨在心，他暗地里联络一些宗王贵族，积蓄力量，准备对抗忽必烈。
公元1268年，海都联络钦察汗国、察合台汗国和一些宗王贵族，召开联盟大会，指责忽必烈被汉族同化，背叛了蒙古，宣布出征讨伐。海都在会上被推举为盟主。
宗王联合出兵，势力也不少，曾经一度攻占了都城和林。忽必烈先后派儿子那木罕、大臣伯颜为统帅，率军讨伐海都。海都的联军人心不齐，难以协调一致，被元军打败。海都便带领自己的部队，与元军开展了多年的游击战，最终被消灭。
在平定海都叛乱的过程中，忽必烈派侄子昔里吉率军参加平叛。昔里吉是蒙哥的第四子，在两个叔叔内战的时候，蒙哥的儿子们全都支持小叔阿里不哥，昔里吉也不例外。不料，阿里不哥却失败了，昔里吉只好表示归顺忽必烈，忽必烈封他为河平王。
可是，昔里吉仍然对忽必烈心怀不满，趁此出兵之际，突然发难，拘捕了忽必烈的两个儿子那木罕、阔阔出以及右丞相安童等人，也举兵叛乱了。昔里吉叛乱震惊了朝廷，两个皇子被拘，平叛元军面临崩散的危险。
忽必烈闻讯大惊，急忙派出他最得力的大将伯颜主持平叛。伯颜有勇有谋，在军中有着崇高威信，很快稳定了军心，击溃了昔里吉叛军。之后，元军通过数年征战，平定了昔里吉叛乱，解救了皇子那木罕、阔阔出和安童等人。昔里吉被擒后，流放致死。
在海都、昔里吉叛乱不久，第三任大汗贵由的儿子也发动叛乱，叛军控制了河西走廊，严重影响了元朝对西北地区的统治。忽必烈从南方调来军队，攻打河西，最终平定了贵由儿子的叛乱。
西北诸王纷纷叛乱，北方的宗王也不甘落后，辽东的乃颜公开举兵，反对忽必烈，元朝北部也燃起了战火。
乃颜是成吉思汗的幼弟铁木哥的玄孙，他继承了祖上的爵位和封地，在辽东为王，称霸一方。忽必烈建立元朝以后，实行中央集权，限制地方权力，引起一些宗王不满。乃颜野心勃勃，又急躁轻率，于是产生了反心。
忽必烈得到密报，与大臣伯颜商议。因为乃颜谋反的证据不足，伯颜自请前去观察动向，并进行安抚。伯颜临行时，带了许多上好的皮衣，沿途送给驿站的官员，驿站官员无不感激称谢。
伯颜到了乃颜营地后，见乃颜态度傲慢，反心十分明显。伯颜以好言相劝，根本无济于事，而且感到杀机四伏。伯颜察觉到危险，当机立断，不辞而别，乘快马连夜潜逃，乃颜立即派兵追杀。伯颜每到一处驿站，驿站官员总是拿出最好的马给他换骑，所以追兵始终没有追上。
乃颜追杀朝廷大臣，反心已经完全暴露。乃颜干脆一不做二不休，联合一批北方宗王，举兵十万，公开叛乱，准备南下攻打忽必烈。可是，忽必烈早就有了准备，做好了部署，并决定御驾出征，一举击垮北方诸王的势力。
忽必烈调集大军，兵分两路，一路由蒙将玉昔帖木儿率领，一路由汉将李庭率领。两路大军从上都出发，日夜兼程，直扑辽东。乃颜没想到忽必烈已有准备，更没想到元军来得这么快，仓促应战，屡战屡败，不到半年，就被消灭了。乃颜被擒，忽必烈下令将其处死。此战以后，北方宗王的势力大为削弱，只得接受朝廷设置的行省节制。
忽必烈具有非凡的军事才能，面对诸王叛乱，他沉着应对，指挥有方，将叛乱一一平定，维护了元朝的稳固和统一。可是，忽必烈对海外用兵，却屡遭失败，损失了大量兵力。
这其实不是忽必烈的失误，而是有猫腻的。究竟是怎么一回事呢？请看下一集，忽必烈海外用兵屡遭失败。
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