巴拿马最早的原住民是奇布查、加勒比等印第安部落。1513年哥伦布的助手到达了今天巴拿马境内的一个小渔村并将其命名为巴拿马（意为渔乡、渔港）。1519年这个渔村被正式成为巴拿马城，现已发展成为巴拿马的首都。率先发现巴拿马的西班牙人在这里建立起了殖民统治，当时巴拿马在行政上隶属于西班牙在美洲的新格拉纳达总督辖区（包括今天的巴拿马、哥伦比亚、厄瓜多尔、委内瑞拉以及巴西和秘鲁的部分地区）。1806年新格拉纳达总督区爆发了独立运动：当时弗朗西斯科·德米兰达在纽约纠集200多人的队伍返回委内瑞拉发动革命，革命失败后米兰达逃亡国外。1810年已占领西班牙的拿破仑将自己的弟弟加冕为西班牙国王，加拉加斯的独立派人士趁机废黜了委内瑞拉总督并召开市议会宣布委内瑞拉独立，米拉达回国成为革命领袖。与此同时波哥大也爆发了大规模反对西班牙殖民统治的暴动并逮捕了新格拉纳达总督。1815年卷土重来的西班牙殖民者开始镇压新格拉纳达的独立运动，新格拉纳达重新成为西班牙殖民地。1819年8月7日有着“南美解放者”称号的西蒙·玻利瓦尔在博亚卡战役大败西班牙殖民军，3天后西蒙·玻利瓦尔攻克波哥大，哥伦比亚宣布独立。1821年6月西蒙·玻利瓦尔又解放了委内瑞拉。同年巴拿马也在西蒙·玻利瓦尔的领导下获得解放。1822年西蒙·玻利瓦尔攻入厄瓜多尔境内，至此昔日的新格拉纳达总督辖区已完全被西蒙·玻利瓦尔解放。由于作为解放者的玻利瓦尔始终秉承南美统一的理念，于是哥伦比亚、委内瑞拉、厄瓜多尔和巴拿马组成了大哥伦比亚共和国。
大哥伦比亚共和国自成立之日起就潜伏着解体的隐患：组成大哥伦比亚共和国的哥伦比亚、委内瑞拉、厄瓜多尔和巴拿马都具有相当的自主性。1826年4月以派斯为首的委内瑞拉地方执政者要求单独成立国家，在西蒙·玻利瓦尔的调解下分裂活动暂时被制止，但大哥伦比亚共和国的内部矛盾依然存在并相当尖锐。1828年5月8日哥伦比亚国民代表会议在奥卡尼亚召开，在这次会议上以玻利瓦尔为首的中央集权派同以桑坦德尔为代表的联邦派在会议上发生了尖锐冲突，此后大哥伦比亚共和国内部各地方的分裂倾向日益明显。1829年11月委内瑞拉退出大哥伦比亚共和国。1830年5月31日厄瓜多尔退出大哥伦比亚共和国。哥伦比亚及巴拿马地区随即于次年更名为新格拉纳达共和国。1856年新格拉纳达共和国更名为格拉纳达邦联，1863年又改称哥伦比亚合众国，此后直到1903年巴拿马一直处于哥伦比亚合众国治下。然而巴拿马独特的战略地位很快就引起了外部势力的觊觎：巴拿马尽管只有7.55万平方公里，但这里却地处国际贸易的关键节点——早在大航海时代西班牙殖民者就利用巴拿马地峡作为联接大西洋和太平洋的交通中转站，然而这样做存在的问题在于：大西洋上的船队无法直接进入太平洋，而只能将货物经由地峡中转后再在太平洋起航，反之太平洋上的船只自然也无法通过巴拿马地峡进入大西洋，在那个年代国际海运还不得不从南方的麦哲伦海峡绕一个大圈，而在那个交通条件落后的年代里经过巴拿马地峡的陆路交通基本完全依赖于人力，其运力远远无法和海运相比，因此很早就有人构思在巴拿马地峡开凿一条联接大西洋和太平洋的运河。
进入19世纪后随着技术手段的提升就使这一构思日渐清晰成熟起来：1879年曾在埃及主持开凿苏伊士运河的法国外交官斐迪南·德·雷赛布出任巴拿马运河公司董事长，两年后巴拿马运河工程正式开工。然而这一工程从一开始就困难重重：巴拿马地区潮湿的气候带来的疟疾、黄热病肆虐造成大量工人死亡，与此同时巴拿马运河公司内部还存在着资金账目不清的问题。1889年公司高层挪用工程款的丑闻被揭露出来，此时法国人已在巴拿马运河工程中投入20亿法郎，却不得不眼睁睁看着巴拿马运河公司因缺乏资金周转而破产。巴拿马运河工程就这样在法国人手里成了一项烂尾工程，然而另一个国家正跃跃欲试想要取代法国人在巴拿马运河区的地位——这个国家就是美国。长期以来美国就推行将美洲各国纳入自己势力范围之内的门罗主义政策。所谓门罗主义是因1823年美国第5任总统詹姆斯·门罗在国会的演说而得名——在这次演说中门罗提出“我们对欧洲国家将其制度扩张到西半球任何地区的所以企图都视为对我们的和平与安全的危害。我们不曾也不会干涉任何欧洲国家的现存殖民地或属地，但对那些已宣布独立并在维护其独立，而我们基于伟大动机和公正原则承认其独立的国家，任何欧洲国家为压迫它们或以任何其它形式控制它们命运而进行的任何干涉，我们不能不视为对美国不友好的表现”。门罗主义承诺美国不干涉欧洲各国的现存殖民地事务（包括欧洲国家在美洲的殖民地），但与此同时要求欧洲各国不得再在美洲进行殖民扩张活动或干涉已独立的美洲国家事务，这其实是美国将美洲视为自家后院的宣言。巴拿马运河一旦建成可以大大缩短美国东西海岸之间的航运距离，这不仅将带来可观的经济效益，也将扮演美国控制美洲各国的中枢角色，具有无比重要的战略意义。正因为如此，所以美国极力想要将巴拿马运河区控制在自己手中。然而哥伦比亚方面对美国试图控制整个美洲的野心有所忌惮，为实现制衡美国的意图竭力引入英、法等国势力介入这一地区。于是美国决定踢开哥伦比亚，转而支持巴拿马独立——显然在美国眼中作为小国的巴拿马比哥伦比亚更好控制。1903年11月3日美军在巴拿马登陆，只用了几小时就迫使当地的哥伦比亚军队放下武器，巴拿马的独立派人士随即在美国的策动下宣布成立巴拿马共和国。
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