树化玉的颜色通常有白色、灰色、黄色、褐色、红色和绿色，按其矿物质可分为石英树化玉、玉髓树化玉和蛋白石树化玉，由于成因复杂，和翡翠一样，没有完全相同的二个树化玉，因此，每一件藏品都是举世无双的！
一、白色树化玉
矿物纯净度高，粒度均匀，组成单一，细胞残留色浅，细胞壁残留物极少，细胞形态主要从石英、玉髓交代、充填、堆积形成的细胞轮廓判断。树种多数以水杉银杏等非产树脂性植物为主，后期浸染作用微弱。白色树化玉较少见。
二、灰色树化玉
矿物纯净度高，粒度均匀，组成单一，细胞残留色深，细胞壁残留物较多，细胞形态主要从石英、玉髓交代、充填、堆积形成的细胞轮廓及明显的细胞轮廓判断。树种多以水杉，银杏等非产树脂性植物为主，后期浸染作用较强。灰色硅化常见。
三、黄色树化玉
矿物纯净度高，粒度均匀，组成单一，细胞残留色深，细胞壁残留物较多，细胞形态主要从石英、玉髓、蛋白石交代、充填、堆积形成的细胞轮廓及明显的细胞壁判断。树种多以松，柏等产树脂性植物为主，黄色在硅化木可分布均匀，里、外一致，与原始木质相关，黄色硅化木常见。另一种黄色硅化木，由于是三氧化二铁黄色矿物质的浸染作用，使硅化木呈显黄色是不均一的，有浅深之分。
四、褐色树化玉
矿物纯净度高，精度均匀组成单一，后期氧化铁质浸染并深入细胞，残留色浅-深，细胞壁残留物少-较多，细胞形态主要从石英、玉髓、蛋白石交代、充填、堆积形成的细胞轮廓及明显的细胞壁判断。各树种均有。受三氧化二铁的褐色矿物质浸染，使硅化木呈显褐色。在树化玉中整体呈褐色者少见，大多数呈斑块状、花斑状或一团团的分布。
五、红色树化玉
矿物纯净度高，粒度均匀组成单一，后期氧化铁质浸染并深入细胞，残留色浅一深，细胞壁残留物少一较多，细胞形态主要从石英、玉髓、蛋白石交代、充填、堆积形成的细胞轮廓及明显的细胞壁判断。各树种均有。受三氧化二铁的红色矿物质浸染，使硅化木呈显红色。在树化玉中整体呈红色者少见，大多数呈斑块状、花斑状或一团团的分布，当硅化木中充填物为玉髓质时，常展现一种似玛瑙状的外貌。
六、绿色树化玉
矿物纯净度高，粒度均匀组成单一，后期碳酸铜质浸染并深入细胞，残留色浅一深，细胞壁残留物少—较多，细胞形态主要从石英、玉髓、蛋白石交代、充填、堆积形成的细胞轮廓及明显的细胞壁判断。各树种均有。受碳酸铜浸染，使树化玉呈显绿色。孔雀石呈薄膜状附着于硅化木表面及裂隙中，在硅化木中常成片分布，也呈斑块状、花斑状出现。
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