治疗慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染的主要目标是预防肝硬化、肝功能失代偿、肝细胞癌（HCC）和HBV相关肝病死亡的发展。
尽管数十年来HBV治疗已有长足发展，肝内HBV病毒至今仍无法彻底根除。而达到HBsAb血清转换、肝损伤消退和HCC风险降低，获得功能性治愈是可以实现的。
慢性HBV的治疗依据为肝病的临床评估和疾病进展的风险。最新治疗指南建议，患有急性肝功能衰竭、失代偿期肝硬化或慢性HBV重度恶化的患者应及时治疗。对于尚未发展为肝硬化的患者，需要确定乙型肝炎e抗原（HBeAg）存在与否、HBV DNA水平和丙转氨酶（ALT）升高的程度。
目前，已批准两类抗病毒药物用于治疗HBV：干扰素（IFN）和核苷（酸）类似物。
IFN-α是第一个被批准用于慢性HBV感染的治疗药物。聚乙二醇化（PEG）IFN-α优于标准IFN-α，因为半衰期更长，给药频率更低，并且疗效更持久。
与核苷（酸）类似物相比，IFN治疗的优点为：治疗持续时间有限，持久应答率更高。然而，与核苷（酸）类似物相比，IFN治疗在抑制病毒复制方面效果较差，需要胃肠外给药，并且妊娠、失代偿性肝硬化或肝炎重度恶化的患者禁用。此外，IFN还受到不良事件的限制，包括流感样症状、骨髓抑制以及自身免疫性疾病的恶化等。因此，IFN未被广泛用于HBV治疗。
核苷（酸）类似物靶向病毒聚合酶逆转录酶结构域，是目前唯一获批针对HBV的小分子直接抗病毒药物。
该类药物包括拉米夫定lamivudine（LAM）、替比夫定telbivudine、恩替卡韦entecavir（ETV）、阿德福韦酯adefovir dipivoxil（ADV）、替诺福韦（TDF）和最近获批的替诺福韦艾拉酚胺（TAF）等。
总体而言，核苷（酸）类似物是口服给药，副作用较小，可用于失代偿性肝硬化或急性肝衰竭患者，在大多数情况下疗效优于PEG-IFN。然而，无限期治疗会伴随长期成本、不依从性风险及不良反应。
与其他核苷（酸）类似物相比，替诺福韦和恩替卡韦效力更高，耐药发生率相对较低，被推荐作为一线疗法。
由于有充分证据表明恩替卡韦和拉米夫定之间存在交叉耐药性，因此对于既往使用拉米夫定的患者，恩替卡韦不是首选。在拉米夫定耐药的HBV患者中，恩替卡韦治疗5年后，恩替卡韦耐药率可达51％，而初治患者仅为1.2％。
替诺福韦自2008年获批以来，临床应用已充分证明其抗病毒活性，使用长达8年而不产生耐药，已成为拉米夫定或恩替卡韦耐药后的首选。
最近的一些随机对照试验表明，与替诺福韦联合恩替卡韦用药相比，替诺福韦单药治疗对耐药HBV患者的抗病毒效果相似。但是，长期使用替诺福韦治疗与肾功能障碍、骨密度降低和范可尼样综合征（Fanconi‐like syndrome）的发展有关。
TAF（替诺福韦艾拉酚胺）在2016年获得美国FDA批准，用于慢性乙型肝炎患者的治疗，TAF各方面均优于替诺福韦，改善了替诺福韦的副作用，被誉为"有史以来抗病毒效果最强的乙肝药物"，"久违了十年之久的乙肝新药"，"乙肝患者的新希望"，TAF（替诺福韦艾拉酚胺）代表了目前乙肝治疗的最高水平。
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