你们对ggtree都有很大的误会,觉得是系统发育树才用得上,这是错误的,只要是树状结构,你就能用。当然包括层次聚类,而层次聚类,你们天天用,难道你画个热图,不聚个类?当然像这种情况,你们的聚类从来不看,只不过是让热图聚类后,想看看热图上有没有pattern而已。你们不看,也是有原因的,因为像干这个事的工具都是关注热图的。但我们关注树呀。树+各种你想要看的(包括热图),对于ggtree来说,都是简单的事情。那么你对样本聚类,样本的各种信息,是不是可以和聚类树一起画?你对基因聚类,基本的信息,是不是可以和聚类树一起来?
除了你看到的树的画法之外,树本身也是个网络,所以也能够用网络图来画。这样的画风,大家估计也少见,而这个在ggtree里早已支持。但我一直没说,因为我要让我自己的文章先用。
这篇文章,是首次使用的,大家喜闻乐见的生信数据挖掘。
图2中的B和D,分别是样本和基因的聚类图,用ggtree画的。
这个微生物组数据分析的R包,我们演示的实例里面也用到了ggtree来画层次聚类。
一模一样的套路啊,样本信息和OTU的聚类,耳目一新啊,胖友们。
我生怕你们不会用啊,专门搞个扩展包,一步到位来画。第三作者是今年毕业的本科生,加入YuLab,人手1+N个包。
各种各样的聚类树,你都能画,如果你遇到不能画的,一个github issue,马上支持。
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