自噬 lncRNA文章解读

在手册中我们从lncRNA的角度大量介绍了分子机制的研究模式，今天我们通过这篇NCB的文章看lncRNA与自噬AMPK通路的调控关系，这篇文章是精选出来的。LncRNA NBR2 engages a metabolic checkpoint by regulating AMPK under energy stress.Nat Cell Biol. 2016 Apr;18(4):431-42.

文章的思路非常清晰：

1. lncRNA NBR2与AMPK通路的正反馈调节机制：葡萄糖饥饿激活AMPK通路，AMPK通路上调lncRNA NBR2表达，而lncRNA NBR2与AMPK直接结合并提高AMPK激酶活性；

2. lncRNA NBR2是一条抑癌RNA，在多肿瘤中低表达，调控细胞周期、细胞凋亡和自噬，抑制肿瘤发展。

为什么选这篇文章？

1. 学套路：关于lncRNA的研究套路我们讲了很多，这篇文章涉及到的有：

（策略篇）反馈回路：基金和文章装逼利器

（文章篇）S3E7：一文掌握lncRNA研究的套路和创新点

（文章篇）S5E13: 一文了解lncRNA、DNA以及蛋白作用关系

（策略篇）S5E56: 大名鼎鼎的Rescue挽救实验，是个什么鬼？

（文章篇）S3E9:lncRNA研究，做到什么程度才能发Cancer Cell?

文章中AMPK对NBR2的调控用的AMPK激活剂、抑制剂、AMPK siRNA等手段是研究通路对下游分子调控的模板；lncRNA NBR2与AMPK蛋白之间互作用的RNA pulldown、体外结合实验、RIP和结构域预测是研究RNA与蛋白结合模板；研究lncRNA对AMPK激活用的体外激酶实验、lncRNA功能部分依赖AMPK的表型和表达挽救实验、以及分子间调控的反馈回路模式我们都可以借鉴。

2. 文中的一些观点：

• 条件作用理论：lncRNA NBR2在正常培养条件下不影响细胞凋亡，却在葡萄糖饥饿条件下影响凋亡。大家常遇到lncRNA功能做不出来的情况，是不是没有考虑lncRNA的作用条件呢？比如这里的葡萄糖饥饿、缺氧、细胞因子诱导等等。或者时间因素：

  

• 分子定位对功能机制的推测：定位于胞浆和胞核对于考虑lncRNA的作用机制有什么帮助？lncRNA预测的直接靶蛋白与该lncRNA定位是否一致？
  

• lncRNA的不同异构体功能是否有区别？

• 如何确定lncRNA NBR2对AMPK调控时是独立/依赖于AMPK上游的LKB1分子的？

  
  
  

  
  

  
  

That’s all. Thank you!

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