超级方便的TCGA数据下载工具

2017-04-06 sxr 生信人

先上软件截图：

软件的功能简介如下（手机的话就将就放大看吧，相信你下载数据肯定是用电脑的）：

从功能简介上可以看出软件支持TCGA新版所有数据（有下载权限的）下载，然后还提供临床随访信息提取（就是那个Clinical解析按钮啦）；

大家都知道新版数据中把原来的GeneSymbol换成ENSG了，有时候感觉好不方便啊，还是GeneSymbol看起来比较舒服一些，这个软件也提供了转换的功能（就是那个ENSG_ID转换按钮啦）；

该软件考虑到菜鸟和老鸟的使用感受，原汁原味的从TCGA下载数据保存起来，以便老鸟自己基于这些原始数据进行处理，对于菜鸟则可以使用软件提供的简单的数据功能将这些数据转换成表格形式（就是那个合并文件按钮啦）。

软件使用及其简单，一眼就会，推荐一个快速上手的步骤：

首先左侧双击想要下载的癌型，等待右侧检索提示（这里得保证你电脑能够上TCGA, 毕竟软件只是帮你冲TCGA获取数据；当然你浏览器挂了VPN能上TCGA,软件也上不了。。。），等检索完右侧检索中就会出现该癌症类型下的所有可以下载的数据类型及样本量，这时你点击下载选择数据保存的目录（Tips:一个数据类型单独放一个目录，重复下载除外）；等待下载完毕。然后使用合并按钮进行数据合并，这样多个样本就能合并成一个表格了。然后如果你要转换ENSG ID就选择转换按钮，如果你下载的数临床数据要解析成表格就选择Clinical解析。大概的步骤是这样，不要奇怪三个按钮的顺序为啥是从右到左的，我猜作者可能是个左撇子！

重点提示：

1、  这个软件支持***断点续传***，怎么传：假如网速慢共有三百个样本，只下载了100个，没时间等了，没事！！！你大可以关掉，下次下载时你只要选择上一次同样的下载目录，软件会根据已下载的文件来判断和继续下载未下载的。

2、  这个软件360是报毒的，所以你要使用得添加信任，至于为什么会报毒，问过360了，交钱给360买证书，这是一个简洁的不能再简洁的软件，所以大家方便用用就好。

3、  别忘了看菜单栏，随时查阅更新TCGA相关教程