收藏｜常用生物信息学软件及参考文献
2017-04-16 生信人 生信人
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功能介绍 共同学习生物信息学知识，共同探究生物奥秘。
小编从网上摘录的别人汇总的常用生物信息学软件及参考文献，参考文献均来自于NCBI PubMed数据库：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=
只需要输入ID即可获取文献。
名称
简介
参考文献
ALINE
一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器
AMDA
用于自动微阵列数据分析的一个R包
AmiGO
访问本体论和注释数据
AnnotationSketch
基因组注释绘图库，基因组特征可视化
Arcadia
代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示
ArchTEx
下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化
ArrayExpress
将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中
ArrayExpressHTS
用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程
arrayMagic
双色cDNA微阵列质控和预处理
arrayQCplot
用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件
BALL
生物化学算法库
BALLView
用于分子建模研究和教育的一个工具
BamTools
分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包
Batch Blast
Extractor
批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序
BayesPeak
分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别
BEDTools
比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，
GFF格式文件
BEST
结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序
BIGpre
一个下一代测序数据质量评估程序包
BiNGO
一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件
Bio++
用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库
BioCoder
一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言
BioJava
Java语言编写的一个生物信息学开源框架
biomaRt
生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析
（bioconductor）间的强力连接
Biopython
适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具
BioRuby
适用于Ruby编程语言的生物信息学软件
BioWarehouse
一个生物信息学数据仓库整合工具包
birgHPC
为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版
Biskit
python编写的一个结构生物信息学软件平台（库）
BisoGenet
一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件
BlastR
非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索
Bowtie
比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、
内存高效的程序
Bpipe
一个运行和管理生物信息学流程的工具
BRAT
重亚硫酸盐处理的片段分析工具
BRAT-BW
重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对
Brian
一个Python编写的脉冲神经网络模拟器
BSMAP
全基因组重亚硫酸盐测序比对程序
BugView
用于比较基因组的一个浏览器，Java编写
Caryoscope
在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个
开源Java应用程序
CEAS
顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释
CentiLib
网络中心性的综合分析和探索
Cerebral
一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件
ChemmineR
一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架
ChIPDiff
从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别
的一种HMM方法
ChIPMunk
ChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘
ChIPpeakAnno
一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包
ChIPseqR
核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析
Chipster
用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件
CisGenome
一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统
ClutrFree
聚类树可视化与解释
COBrA
一个生物本体论编辑器
Cobweb
一个网络浏览和可视化Java小程序
ComBat
使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响
coMOTIF
一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架
ContEst
评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染
Conscript
RasMol到PyMOL的脚本转换器
CoXpress
基因表达数据中的差异共表达分析（R包）
Cytoscape ESP
使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物
网络的Cytoscape插件
Cytoscape Web
一个交互式基于网络的网络浏览器
DAnTE
一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具
DBChIP
用ChIP-seq检测转录因子的差异结合
Dendroscope
一个交互式大型系统发生树查看器
DIME
基于一套混合模型的差异ChIP-seq结合位点识别R包
DendroPy
一个系统发生计算Python库
DrugViz
一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的Cytoscape插件
dsrc
FASTQ格式中DNA序列片段的压缩
EagleView
一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器
EASE
在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释
Easyfig
基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形
EMBOSS
欧洲分子生物学序列分析开放软件套件
EnzymeTracker
一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统
Eoulsan
一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架
ESBTL
用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构
Expander
一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据
分析的所有阶段
ExpressionPlot
一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架
EZ-Viz
用标签和按钮简化PyMOL中分子查看
FIMO
扫描一个给定motif的出现
Flapjack
图示的基因型可视化
flowViz
一个可视化流式细胞仪数据的Bioconductor包
FPV
使用Java 3D进行快速蛋白质可视化
FunNet
一个探索转录相互作用的整合工具
FX
一个云端RNA-Seq分析工具
GaggleBridge
协作的数据分析
Gap5
编辑数十亿的片段序列装配
GBParsy
一个高速的GenBank平面文件解析器库
Generic HTML
Form Processor
一个保存网络收集的数据到一个MySQL数据库中的多功能PHP脚本
GeneNotes
第一个允许用户收集和管理有关基因/ESTs的多媒体生物
信息的应用程序
GeneTrack
一个基因组数据处理和可视化框架
GeneTUKit
一个文档水平基因标准化软件
GeneXplorer
微阵列数据的可视化和分析
GenomeView
使用动态导航和语义缩放动态地浏览高容量的比对短片段数据
GenomeViz
可视化微生物基因组
Genomorama
基因组可视化和分析
GenoViewer
一个高度用户友好、易于操作的SAM/BAM查看器和比对器工具
GenPlay
一个多用途基因组分析器和浏览器，识别各种微阵列和测序数据格式
GEOquery
基因表达综合数据库（GEO）和BioConductor间的一个桥梁
GIMP
一个跨平台的处理数字图像的免费、开源软件
GLITR
基于对照数据的随机采样计算一个倍数变化以从ChIP-Seq
数据中提取转录因子靶点
GO::TermFinder
访问基因本体论信息并找到与一列基因相关的显著富集的基因本体论术语
GoBean
一个GO术语富集可视化探索Java GUI应用程序
GOGrapher
一个GO图形展示和分析Python库
GOlorize
一个带有基于本体论的布局和着色的Cytoscape网络可视化插件
gputools
使得能够在R中进行GPU计算的一个包
graph2tab
一个转换实验流程图为表格格式的程序库
GReEn
一个基因组重测序数据高效压缩工具
GRiP
一个模拟原核生物中转录因子结合的计算工具
GSEA
基因集合富集分析：一种解释全基因表达谱的基于知识的方法
HilbertVis
用希尔伯特曲线来可视化基因组数据
i-cite
一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的导航，及链接术语到
相应的非文本数据
IGB
整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化
Interpol
一个蛋白质序列预处理R程序包
interPopula
一个访问HapMap计划数据集的Python API
IntervalStats
ChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估
IVEE
用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感
病毒的传播和重组事件
J-Express
使用Java来探索基因表达数据
Jalview
Java多重序列比对编辑器
Java Treeview
微阵列数据可视化，树状图查看
JBrowse
下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释
jClust
一个聚类和可视化工具箱
JColorGrid
生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等
Jetset
挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因
JSBML
一个处理SBML的灵活Java库
jSquid
一个图形化在线网络浏览Java小程序
JViz.Rna
一个RNA二级结构可视化Java工具
KEGGgraph
一种用R和bioconductor绘制KEGG PATHWAY的图形方法
KEGGtranslator
可视化并转变KEGG PATHWAY数据库为各种格式
KGML-ED
KEGG通路图的动态浏览和编辑
LeARN
检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台
limmaGUI
一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面
LogoBar
带有空位的蛋白质logos柱状图可视化
MACS
基于模型的ChIP-Seq峰识别软件
MAGIC Tool
整合的微阵列数据分析工具，开源，多平台
MAnorm
一个鲁棒的ChIP-Seq数据集定量比较模型
MapView
台式机上的短序列比对可视化软件（大规模并行测序）
Mayday
一个微阵列数据分析工作台
medpie
一个医学留言板帖子信息提取程序包
MeQA
一个MeDIP-seq数据质量评估和分析流程
MethLAB
一个基于阵列的DNA甲基化数据分析的图形用户界面程序包
Methyl-Analyzer
一个分析全基因组DNA甲基化数据的Python包
Mfuzz
一个微阵列数据软聚类软件包
MicroRazerS
小RNA片段的快速比对
miRExpress
分析高通量测序数据以绘制microRNA表达谱
miRDeep-P
一种分析植物中microRNA转录组的计算工具
miRDeepFinder
一个植物小RNAs深度测序分析工具
miRNAkey
一个microRNA深度测序分析软件
MochiView
用于基因组浏览和DNA motif分析的多功能软件
MOF
微阵列异常值过滤R函数以辅助不成功阵列的识别
Mosaic
获得有生物学意义的复杂网络
MutationFinder
一个从文本中提取点突变提及的高性能系统
NGS QC Toolkit
一个下一代测序数据质量控制工具包
NGSView
一个开源、可扩展的下一代测序数据编辑器
NLProt
从论文中提取蛋白质名字和序列
NMPP
用户可定制的NimbleGen微阵列数据处理流程
NPS
用人类中的表观标记，从ChIP-Seq中识别定位的核小体
NTAP
NimbleGen嵌合阵列ChIP-chip数据分析
OBO Explorer
一个网络本体论语言中开放生物医学本体论编辑器
OMERO
灵活的、模型驱动的实验生物学数据（图像）管理
OMPC
一个开源的MATLAB到Python编译器
OpenStructure
一个C++编写的灵活的计算结构生物学软件框架，带有Python接口
Osprey
一个复杂相互作用网络可视化和操作软件平台
p3d
用于结构生物信息学的Python模块
PathBuilder
注释和开发通路资源的开源软件
PathCase
在不同水平上存储、查询、可视化和分析代谢通路的系统
PatMaN
快速比对短序列到大型数据库上
PaVESy
生物通路编辑和可视化数据管理系统
PDB Editor
一个用户友好的、带有图形用户界面的基于Java的PDB文件编辑器
PeakRanger
一个可在云计算上运行的ChIP-seq峰识别器
Phybase
一个使用物种树（species trees）进行系统发生分析的R包
PileLineGUI
一个处理下一代测序研究中基因组位置文件的桌面环境
PIQA
Illumina G1基因组分析器数据质量评估流程
PRIDEViewer
一个可视化PRIDE XML文件的新的用户友好的界面
ProbKnot
包含假结的RNA二级结构的快速预测
PsychoPy
一个Python编写的心理物理学软件
PURE
一个基于内容过滤的PubMed文章推荐系统
Pybedtools
一个操作基因组数据集和注释的灵活Python库
PYCHEM
多变量分析Python包
pymzML
质谱数据高通量生物信息学Python模块
pySolo
一款完整的果蝇睡眠分析套件
QuEST
ChIP-Seq转录因子结合位点的全基因组分析
R453Plus1Toolbox
一个分析罗氏454测序数据的R/Bioconductor包
RefPlus
扩展RMA算法，消除因数据集变化而探针集信号变化的影响
RGG
一个适用于R脚本的通用GUI框架
rHVDM
一个预测转录因子活性和靶点的R包
RightField
将本体论注释嵌入到电子表格中
Ringo
一个分析ChIP-chip数据的R/Bioconductor包
RINS
高通量测序数据集中非人类序列的快速识别
rMAT
一个分析ChIP-chip试验的R/Bioconductor包
RNA-SeQC
RNA-seq质量控制和过程优化度量
RNAmute
RNA二级结构突变分析工具
RNAplex
一个RNA-RNA相互作用快速搜索工具
Robin
一个基于R的表达微阵列定量评估和分析的直观安装向导应用程序
rpy2
使用Python方便地调用Bioconductor处理注释数据，
微阵列数据和下一代测序数据
RseqFlow
RNA-Seq数据分析流程
Ruffus
一个轻量级的计算流程绘制Python库
S-MART
一个辅助RNA-seq数据分析软件工具箱
SAMStat
下一代测序比对SAM文件结果统计，监测下一代测序数据中的偏差
SAMtools
处理序列比对结果SAM格式的软件
SBML2LaTeX
将SBML文件转换为人类可读的报告
segemehl
重亚硫酸盐处理的测序数据的快速且敏感的比对
Sequence to Structure
从序列到结构显示、操作和互相连接RNA数据
Sfixem
用Java进行图形化序列特征展示
ShortRead
一个对高通量测序数据进行输入，质量评估和浏览的Bioconductor包
SICER
一种识别来自组蛋白修饰ChIP-Seq数据富集区域的聚类方法
sigterms
链接基因表达谱结果和microRNA靶点预测公共数据库
Simrank
快速且敏感的通用k-mer搜索工具
SOAP
短寡核苷酸比对程序
SOAP2
一个改进的超快的短片段比对工具（SOAP改进版），更快，
更少内存使用
SOAP3
超快的基于GPU的短片段并行比对工具
SpotXplore
在基因调控网络中进行热点（差异表达子网络）表达的可视化探索
Stampy
Illumina测序片段的敏感且快速比对
STE
浏览系统发生树和进化枝的交互式可视化软件
STEM
一个短时间序列基因表达数据分析工具
STELLAR
快速且准确的局部比对
SVA
序列变异分析器：注释和可视化测序的人类基因组
T-PIC
基于形状的ChIP-Seq峰识别
tacg
一个适用于DNA的模式匹配软件
Tabix
从通用TAB分割的文件中快速检索序列特征
Tablet
下一代序列装配可视化工具
TabSQL
基于MySQL的应用工具，查看、过滤和查询多行数据文件，
并连接到公共数据库
TileQC
基于tile的Solexa数据质控系统
TileShuffle
嵌合阵列数据中差异表达片段的检测
TimeClust
一个基因表达时间序列分析聚类工具
TimeView
高效比较和可视化来自微阵列实验的多个时间数据集（MATLAB)
Tmod
整合12种motif发现程序为一体的motif发现工具箱
TreeViewJ
一个查看和分析系统发生树的应用程序
Treevolution
进化树的可视化分析
UMLS-Query
查询UMLS（统一医学语言系统）的一个perl模块
Unipro UGENE
一个协助分子生物学家管理、分析和可视化数据的统一
生物信息学工具包
uShuffle
一个洗牌生物序列而保留k-let计数的有用工具
VANTED
一个在生物学网络背景中进行高级数据分析和可视化的系统
VARNA
RNA二级结构的交互式绘制和编辑
VennDiagram
一个高度可定制的文氏图和欧拉图生成R包
Velvet
操作de Bruijn图进行从头短序列基因组装配
VennMaster
广义的文氏图，一种可视化复杂遗传集合关系的新方法
ViTO
蛋白质序列-结构比对精化工具
WordCloud
一个创建网络可视化语义概要的Cytoscape插件
XYLab
一个混合多元数据观察和解释的交互式绘图工具
Zerg
一个非常快速的BLAST解析器库
ZFIQ
ZFIQ（斑马鱼影像定量器）：一个斑马鱼生物学软件包
ZOOM
快速比对大量短片段到参考基因组
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