当然,你可能会觉得这些个神器其实没什么用。和别的miRNA工具其实一样,这个也是预测miRNA的靶基因的。和普通的miRNA预测搜索差不多,就直接输入miRNA的名字,这里是可以选择模糊搜索的:
为啥要模糊搜索呢?因为miRNA名字实在太多了,比如会有3p、5p、*等等各种不同的描述,所以模糊搜索应该最不过时。接着你就会得到一版模糊的结果:
选择你要的那个miRNA,然后显示Target就可以了:
这个Target中,当然回有这些RNA的ID,也会有Alignment比对的结果,就是看这个miRNA能结合到什么位置上:
具体的结合位置都显示出来了,其实也和普通的miRNA工具没什么区别嘛。唯一独特的,其实是这个神器,除了能分析miRNA的靶标外,还能分析miRNA的表达:
单个miRNA在不同细胞系的表达,当然,多个miRNA甚至还能出一张热图:
当然也能反过来,选择不同的组织后,分析miRNA的表达:
把这个表达显示成柱状图来分析:
李莫愁博士:其实对于这样的工具而言,我们要分析的,首先是组织中特异性表达的miRNA,然后找出这些miRNA的靶基因,再对于这些靶基因对于表型来进行进一步的研究,这样一个课题就出来了:
举个简单的栗子,分析一下肝癌(表型)组织中特异性表达的miRNA,然后分析了这些miRNA的靶基因,接着分析这些靶基因所处的通路是否对于肝癌(表型)起到的关键作用。当然,简单的分析的话,做不做实验的,反正也未必重要了(所以人家发0.75分的去灌水也是情有可原的吧)。好吧,今天就先策到这里吧。回复“抢救性挖掘”,就告诉你网站。
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