发文章,上传原始数据到NCBI的SRA数据库是必不可少的步骤,但是有时候原始数据过于庞大,上传速度让人急得难受,文章迟迟不能够发表!
面对如此尴尬的速度问题,小编今天给大家推荐急速上传的方式,保持每秒数M级别网速上传,而且是断点续传,不用担心断电造成的影响奥!
小编推荐用Aspera进行上传,同时应对数据压缩成gzip或者bzip2后上传。当然Aspera之前小编介绍过数据极速下载,见下面链接:
那么如何利用此工具上传呢?
首先进入NCBI下面上面的SRA数据递交页面:
https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/
1.Linux命令行版本的上传
点击上图中的Aspera Command-Line upload,可以采用Aspera命令行进行上传。
ascp -i
##其中红色部分是每个人不同的部分,这代表每个人在NCBI服务器数据上传的路径。注意这是每一个人根目录,后面可以继续加一个文件夹的名字,方便数据分类。
##上传之前首先下载key文件,上面也给出了链接。然后每个参数的意思是:
-l100m :表示带宽100Mb,可以默认采用,数值越小越慢。
注意上传数据的文件夹是临时文件夹,上传完毕后NCBI会自动清除掉。
2. Window电脑上传
下载 Aspera Browser plugin,在数据递交页面选择通过 I will upload all the files now via HTTP/Aspera递交即可。
最后还是要了解一下大家递交数据的困难情况,方便后续详细叙述递交步骤,欢迎大家投票、留言!
SRA递交数据难吗?
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