入门生信一定要学的一门编程语言，你觉得是啥

作为一名合格的生信工作者，至少都要符合以下几个条件

• 熟练使用Linux

• 熟练使用高通量分析工具，如BWA, SAMtools等

• 至少熟练使用一门编程语言，C/C++, Python, Perl, Go

• 熟练使用一门统计工具且有着良好的统计素养，如R

• 生物学基础扎实

• 有自己对生物学问题的见解

这是我在生信技能树写了好多篇招聘工作发现一些共同点。学习Linux其实是理解一种哲学思想，分解任务各个击破，所以我写了为什么生信入门一定要熟悉Linux。 当你学会了Linux之后，那你就开始在命令行下使用Bwa, samtools这些已有的命令行工具， 这样子你已经可以走标准化流程了。

那么你该学习哪一门编程语言呢？那么给你一些条件语句，你判断一下

• 先看你实验室传统，他们用什么语言，你就用什么，刚开始的时候不要标新立异，不然出现了问题并且困扰你好几天的话，可能对你的自信心是巨大的打击。当然杀不死你的会让你更强大，也有可能进步飞快。

• 如果你是实验室里第一个折腾生信的学生，那么优先学Python。别跟我说Perl不Perl，目前网上资源最多的就是Python了，各种版本的入门文章还有漫画，要是太小白，还能看视频如何“开始”学Python

• 在学会了第一门编程语言后，开始学习第二门，比如说Perl。编程语言都是解决问题的工具，每个工具都有其不同的使用范围，多学一门总是好的。并且学习N+1门的所需要的时间是学习N门的1/2。没事就学一门新的编程，回字有四种写法，Hello World可就多了去了。

假设你已经决定好用什么编程语言了，那么下一个问题就是该怎么学，是不是先买个十几本书，系统的了解一下这个编程语言的方方面面。

当然不是，难道你学习中文的时候，还得看各种语法，思考每一句用什么词最合适嘛？谁不是学会了几个最基本的结构，然后就开始去啃书，拿着本字典，看啥不会就去翻嘛？

因此，我推荐你去 http://rosalind.info 里面去刷题目，比如说我在学Go的时候做的一道题目”Introduction to Protein Databases“

蛋白质数据库中心UniProt提供了蛋白详细的注释，如功能描述，功能与结构，翻译后修饰。它还支持蛋白相似性搜索，分类分析和文献引用等。

已知给定一个uniprot id,可以通过链接 'http://www.uniprot.org/uniprot/uniprot_id.txt' 或 'http://www.uniprot.org/uniprot/uniprot_id' 获取关于该编号的详细描述。 通过编程的方式根据一个uniprot ID获取其参与的生物学进程(biological processes)

我使用Go的os.Args读取命令行参数中的编号，使用'net/http'获取响应, 使用'ioutil.ReadAll'获取响应中主体，返回字符数组。利用正则表达式进行解析，然后使用for循环提取出目标区段。

1. package main

5. import (

7. 'net/http'

9. 'fmt'

11. 'os'

13. 'log'

15. 'io/ioutil'

17. 'regexp'

19. )

23. func main(){

25. id := os.Args[1]

27. link := 'http://www.uniprot.org/uniprot/' + id + '.txt'

29. resp, err := http.Get(link)

31. if err != nil{

33. log.Fatal(err)

35. }

37. content, err := ioutil.ReadAll(resp.Body)

39. resp.Body.Close()

41. if err != nil{

43. log.Fatal(err)

45. }

47. re := regexp.MustCompile('P:(.*?);')

49. BP := re.FindAllStringSubmatch(string(content[:]),-1)

51. for i,n := 0, len(BP); in; i++{

53. fmt.Println(BP[i][1])

55. }

57. }

程序员面试的时候靠刷题，我们也算半个程序员了，算法题刷不了，生信题还可以考虑的