RNAseqViewer-更方便的可视化工具

今天给大家介绍的是 RNAseqViewer，可以很方便地把来自RNA-Seq分析过程的各种数据可视化。

网址：http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/RNAseqViewer/index.html

目前，RNAseqViewer支持7种常用的RNA-Seq分析的数据（见表一）。每种数据都可以呈现不同类型的可视化图，使得他可以同时展示几十个样本。

RNAseqViewer支持使用鼠标，键盘或界面上的按钮进行动态缩放和平移。通过指定坐标或基因名称可以直接访问特定位置。

同时，也对内存管理给予了特别的关注，以便可以在不超出内存限制的情况下可视化非常大的数据集，不会影响流畅性。

快速上手

sample data：http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/RNAseqViewer/download/sample_data.zip

首先我们需要添加注释文件，点击Datasets，选择Add Genome Annotations，然后将例子中的hg18.txt添加进去。就获得如下界面。

• 注：注释文件hg18.txt可以在UCSC（http://genome.ucsc.edu/）下载到：

• 点击 Table Browser:

  

• 选择 refFlat 和对应的参考基因组，接着输入输出文件名，点击“get output”即可~

  

现在，在左边的列表中出现了新的轨道，就是刚刚加入的注释文件。 默认位置是轨道最开始的位置，在本例中为chr1：1-32。 你也可以搜索基因，输入坐标来查看其他区域。

比如，尝试在搜索框中输入 SLC25A6：

我们在hg18.txt中找到了两个注释。 选择Y染色体上的一个，然后单击“See >>”按钮，然后可以关闭搜索对话框。现在我们可以在染色体Y上看到基因SLC25A6。

我们也可以通过“Datasets”菜单添加更多的数据。 例如，我们可以通过AddRead Alignment添加SRR057629.bam文件和对应的可变剪切文件SRR057629-junctions.bed。

通过点击“Track list”中的图标可以更改不同的视图类型。

• 参考：

• http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/RNAseqViewer/doc/manual/index.html

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