细胞标志物(Marker)是我们用来对细胞定义和分选的重要标志,特别是随着单细胞测序技术的普及,当我们对组织内的细胞进行检测并进行TSNE聚类后,我们通常会面临一个问题:特异性表达某些基因的这类细胞有什么特性?或者我要看一下上皮/内皮/B细胞/T细胞/干细胞/成纤维细胞等不同类型细胞的Marker的表达情况,可是这些细胞的Marker基因是什么呢?这时如果有一个列表或者数据库告诉我们哪些细胞的标志物/基因是什么,我们就可以很方便的了解了。
小张最近就遇到过很多同学在要问这个,下面我们就来介绍这个细胞标志物数据库——CellMarker:http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/
数据库使用简单,物种包括了人和小鼠,可搜索,可浏览,可下载:
比如我们可以看一下肿瘤干细胞的Marker:
人血管组织中内皮、干细胞等的Marker:
搜索功能也是:
另外还可以直接下载:
下载后的结果:
是不是很好用?
最后要感谢哈尔滨医科大学研究团队发表的这篇文章:CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse.Nucleic Acids Res. 2018 Oct 05
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