大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!
大年初三,加油油。
首先搞清楚R包的来源及对应的安装方式:
来自CRAN:install.packages()
来自Biocductor: BiocManager::install()
来自Github:devools::install_github()
cran_packages <>'tidyverse',
'ggpubr',
'ggstatsplot')
Biocductor_packages <>'org.Hs.eg.db',
'hgu133a.db',
'CLL',
'hgu95av2.db',
'survminer',
'survival',
'hugene10sttranscriptcluster',
'limma')
先设置镜像,然后将向量作为循环的输入,逐个执行安装
if(length(getOption('CRAN'))==0) options(CRAN='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')
for (pkg in cran_packages){
if (! require(pkg,character.only=T) ) {
install.packages(pkg,ask = F,update = F)
require(pkg,character.only=T)
}
}
# first prepare BioManager on CRAN
if(length(getOption('CRAN'))==0) options(CRAN='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')
if(!require('BiocManager')) install.packages('BiocManager',update = F,ask = F)
if(length(getOption('BioC_mirror'))==0) options(BioC_mirror='https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/')
# use BiocManager to install
for (pkg in Biocductor_packages){
if (! require(pkg,character.only=T) ) {
BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
require(pkg,character.only=T)
}
}
无需理会中间的报错,挨个加载(library)看是否报错(这个不能用循环),不报错就是安装成功。报错说不存在什么包,就到回头去安装什么包。以加载时的报错为准。
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