万事开头难

以下是中文

前几天看了生信技能树老师的推文，关于曹雪涛老师课题组在Nature Medcine杂志上发表的题为“Tumor-educated B cells selectively promote breast cancer lymph node metastasis by HSPA4- targeting lgG”的最新研究成果，由于之前看过这篇新鲜出炉的文章，不久前还听过曹老师的学术报告，所以对这篇推文的关注度很高，再加上推文里有老师重复文献时整理的一整套R代码，如果至宝，于是就操刀实干起来。

万万没想到，第一行代码就报错了，果真是万事开头难！！！

具体的报错如下：

提示我第19行没有3个元素，不服气的我在GEO官网上手动下载文件，打开发现文件正常，不存在第19行没有3个元素的问题。于是我上网搜索了很久，发现大家都是在read.table 或者类似的读取函数中出现了类似的报错，而且提出的解决办法对我没有帮助，我只好向撰写推文的老师发了求助邮件，没想到老师很快就回复了我，老师建议我找一个网络速度快的地方运行代码，或者翻墙下载。我照做了，可是还是报错，我又和老师沟通，老师给我发来了他运行程序的最原始R代码文件，可是结果还是不可以。在老师的再一次建议下，我换了一台电脑运行，令人心碎的是，还是报错。再换别的电脑结果肯定还是如此，于是我及时止损。最后我尝试在实验室的服务器上运行代码，结果跑通了。于是我在想，在普通R上是仅仅下载这个GEO数据跑不通，还是都不行？于是我又尝试了别的GEO文件，结果一样的语句，只是文件编号不同，程序跑通了。可是对于这个GSE113249为什么在服务器上能跑通，在普通的R上就不行呢？难道是这个文件本身某处藏着玄机，使得它更适合在服务器上运行？

万事开头难，但是办法总会有的，看看程序通顺了之后制作出来的热图，如十里春风，暖人心房。

后记

小作者其实并没有彻底解决问题，亲爱的读者们，你能帮帮她吗？

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