各种我们常见的有益微生物的种类主要有如下：
芽孢杆菌
芽孢杆菌，主要由枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌成分。芽孢杆菌能够分泌胞外酶系，降解淀粉、葡萄糖、脂肪、蛋白质、纤维素、核酸、磷脂等大分子有机物和小分子有机物及无机物，适应性强，咸淡水环境、PH3~10、温度5℃~45℃均能繁殖，兼好气和厌气双重代谢机制，产物无毒害。
1）放苗前使用芽孢杆菌放苗前施用芽孢杆菌，通过芽孢杆菌降解转化池塘中的有机物，提供营养元素培养浮游微藻，优化水环境和培养活饵料，促使有益菌繁殖为优势菌群，并且有效抑制有害菌繁殖。
2）养殖过程定期施用芽孢杆菌养殖过程所产生的代谢产物，尤其大分子有机质，如对虾的粪便、残饵、浮游生物尸体等要依靠化能异养有益菌进行降解转化，所以要保持有益菌的优势地位，需要定期施加芽孢杆菌。
光合细菌
光合细菌是一类有光合色素，能进行光合作用但不放氧的原核生物，能利用硫化氢、有机酸做受氢体和碳源，利用铵盐、氨基酸、氮气、硝酸盐、尿素做氮源，但不能利用淀粉、葡萄糖、脂肪、蛋白质等大分子有机物。在养殖池塘中使用光合菌能够吸收养殖水体的氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害因子，减少水体富营养化程度，平衡单胞藻类藻相，调节PH。
1）养殖过程中有效使用光合细菌
养殖过程中出现浮游微藻繁殖过度、氨氮过高、阴雨天气等情况时，使用光合细菌，光合细菌能通过光合作用可以吸收利用水体营养，在浮游藻类过度繁殖时能与浮游藻类争夺营养来防控微藻过度繁殖，减少水体富营养化，在阴雨天气时，可以替代浮游藻类进行光合作用来净化水质，并且光合细菌可以快速利用氨氮，水体氨氮过高时使用光合细菌能够起到缓解作用。、
乳酸菌
以乳酸菌为主导菌群，乳酸菌可以降解、转化大分子有机物，也可以吸收小分子有机物和无机物，在养殖池塘使用，可以分解有机物，平衡浮游藻类繁殖，吸收水体氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等，起净化水质作用。
1）养殖过程中使用乳酸菌作用
养殖过程中，水质老化，有机物多，亚硝酸盐高、PH过高等，养殖过程水体泡沫偏多使用乳酸菌可以有效降低水体泡沫。使用乳酸菌可以利用溶解态有机物，如有机酸、糖、肽等，而且可以降解亚硝酸盐，使水质清新，乳酸菌代谢过程产酸，可以降低水体PH的作用。
硝化细菌
硝化细菌在养殖过程中可以吸收、利用池塘中的氨氮、亚硝酸盐，针对性的解决因有机物过多引起的氨氮、亚硝酸盐超标的问题。
1）养殖过程中硝化细菌的作用
养殖到中后期，含氮的有机物积累，在溶氧不足的情况下，水体氨氮、亚硝酸盐升高，使用硝化菌可以降解有机物，使硝化、反硝化过程顺利进行，能够从源头控制氨氮、亚硝酸盐的含量。
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