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恒远房地产公司2014年在A市通过招拍挂获取一宗1000亩土地，在办理土地使用权证时，A市国土局、税务局要求其按照每亩1.5万元缴纳耕地占用税，约计1500万元。该公司提出疑问，招拍挂建设用地属于“净地”，土地出让金都缴纳了，怎么还要缴纳耕地占用税呢？退一步说，缴纳了耕地占用税之后是否有说法可以一年之后才开始缴纳城镇土地使用税呢？
这个问题不止一家企业提问，税企可谓众说纷纭，难道这两个税种也要重复征税吗？
耕地占用税该谁缴纳？
根据《中华人民共和国土地管理法》和《国务院关于促进节约集约用地的通知》（国发〔2008〕3号）的有关规定，未利用的土地出让前，应当完成必要的前期开发，经过前期开发的土地，才能依法由市、县人民政府国土资源部门统一组织出让。这里必要的前期开发即应包括征用耕地时应当缴纳的耕地占用税，根据《中华人民共和国耕地占用税暂行条例实施细则》（中华人民共和国财政部国家税务总局令第49号）第四条规定，经申请批准占用耕地的，纳税人为农用地转用审批文件中标明的建设用地人；农用地转用审批文件中未标明建设用地人的，纳税人为用地申请人。未经批准占用耕地的，纳税人为实际用地人。根据《财政部、国家税务总局关于耕地占用税平均税额和纳税义务发生时间问题的通知》（财税〔2007〕176号）第二条规定，经批准占用耕地的，耕地占用税纳税义务发生时间为纳税人收到土地管理部门办理占用农用地手续通知的当天。未经批准占用耕地的，耕地占用税纳税义务发生时间为实际占用耕地的当天。恒远房地产公司直接从A市国土局手里拍下的建设用地，不是农用地转用审批文件中标明的建设用地人，也不具备耕地占用税的纳税义务发生时间，为什么还要缴纳耕地占用税呢？
目前，地方土地储备中心征用耕地后，对应缴纳的耕地占用税有两种处理方式，一种方式是由地方土地储备中心缴纳，作为土地开发成本费用的一部分，体现在招拍挂的价格当中；另一种方式是由受让土地者缴纳耕地占用税。第一种方式没有争议，另一种方式即是恒远房地产公司取得土地的这种形式，在恒远房地产公司招拍挂土地前，A市国土部门代表政府统一办理农用地转用批准文件中无法标明建设用地人。因此，应认定A市国土部门为用地申请人，即为耕地占用税的纳税人。恒远房地产公司通过公开拍卖出让方式竞得该宗地土地使用权，成为占用该地从事非农业建设的实际用地人，属于该宗地耕地占用税的实际税负人，即作为该宗土地受让人代国土局缴纳了耕地占用税，国土局应为恒远房地产出具收款凭证。
可一年免征城镇土地使用税吗？
假如恒远房地产公司缴纳了耕地占用税，是否一年之后缴纳城镇土地使用税呢？《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》（国务院令第483号）第九条规定，新征用的土地，依照下列规定缴纳土地使用税：（一）征用的耕地，自批准征用之日起满1年时开始缴纳土地使用税；（二）征用的非耕地，自批准征用次月起缴纳土地使用税。问题是，耕地在这里并非恒远房地产公司征用的，征用也是国土局土地储备中心先行征收而后出让，能适用上述规定吗？
要回答这一问题，还要分析一下土地出让的历史进展，上述规定是基于上世纪八十年代由土地使用人直接征地的情形所做的规定。随着我国土地使用制度改革的深化和土地管理方式的逐步规范，目前土地出让的主要方式是，由地方土地储备中心征用土地，经过前期开发，然后以招标、拍卖、挂牌等方式出让给土地使用人。因此，《财政部、国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2006〕186号）第二条关于有偿取得土地使用权城镇土地使用税纳税义务发生时间问题明确，以出让或转让方式有偿取得土地使用权的，应由受让方从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税；合同未约定交付土地时间的，由受让方从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。房地产开发企业有偿取得的出让土地，理应按照财税〔2006〕186号的规定开始确定城镇土地使用税纳税义务发生时间。但是这样处理也导致了税企争议。
2014年的最后一天，《国家税务总局关于通过招拍挂方式取得土地缴纳城镇土地使用税问题的公告》（国家税务总局公告2014年第74号）对此问题进行了明确，通过招标、拍卖、挂牌方式取得的建设用地，不属于新征用的耕地，纳税人应按照《财政部、国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2006〕186号）第二条规定，从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税；合同未约定交付土地时间的，从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。即恒远房地产公司招拍挂的建设用地，不属于耕地，不能在缴纳耕地占用税起满1年才开始缴纳土地使用税。
另外注意，该公告自2014年12月31日发布之日起施行。
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